Но, несмотря на просьбы верующих, вопрос о вскрытии мощей преподобного Сергия был решен на пленуме местного Совета 1 апреля 1919 года, который признал необходимым вскрыть мощи преподобного Сергия. Решение местного Совета было подтверждено Московским губисполкомом 4 апреля 1919 года.
Вскрытие мощей преподобного Сергия произошло 11 апреля 1919 года, накануне Лазаревой Субботы. С утра в храмах была отслужена литургия Преждеосвященных Даров, затем днем читали правило исповедникам и была исповедь. В исполкоме было решено провести вскрытие вечером, когда в Лавре будет меньше молящихся. В исполком были вызваны церковные старосты из близлежащих приходов по «срочному делу». Из Вифании был вызван иеромонах Порфирий, из Гефсиманского скита — иеромонах Ионафан (Чистяков). Ввиду опасности волнений была мобилизована рота помещавшихся в Лавре курсантов. В шестом часу вечера, для предупреждения набатного звона, ими была занята колокольня, у всех ворот расставлены патрули, находились красноармейцы и на стенах Лавры.
В шесть часов вечера были закрыты ворота Лавры, но народ продолжал прибывать, и вскоре вся площадь была заполнена верующими. Позади людей стала конная милиция. На площади слышались плач, стоны, молитвы. Во все время вскрытия мощей преподобного Сергия на площади перед святыми вратами непрерывно пелся молебен с акафистом.
В Троицкий собор вошел наместник архимандрит Кронид с некоторыми из братии. Было зачитано постановление исполкома о вскрытии мощей преподобного Сергия. Отец Кронид тихим голосом сказал в ответ:
— Я должен предупредить, что никто из нас не знает, что лежит в святой гробнице. Это — религиозная тайна, проникнуть в которую никто не смеет, мощи никогда не свидетельствовались, с самого времени их открытия. Но и я сам, и отец… — наместник указал рукой на рядом стоящего плачущего монаха… — были свидетелями самых разнообразных чудес от гроба Преподобного. Ровно восемь лет тому назад в эту самую Лазареву пятницу ко гробу приползла не владевшая ногами женщина. Отслужили молебен, и вдруг по всему храму пошел треск как бы от ломающихся человеческих костей. Женщина встала и пошла из храма совершенно здоровая.
— Но вы не отказываетесь, конечно, вскрывать мощи? — спросил председатель исполкома.
— Сам не могу; вскрывать мощи будет иеромонах Иона, благочинный Лавры.
—Однако чем мотивируете вы свой отказ?
Наместник после минутного молчания тяжело произнес:
— По нравственному чувству не могу… Страшусь…
—Но как же Иона? Он не страшится? — допытывается председатель.
—Отец Иона должен исполнить это за послушание.
Отец наместник отошел в сторону. Иеромонах Иона облачился в богослужебные ризы. Два иеродиакона в синих стихарях подошли к раке и совершили каждение. Покадив, отходят. К раке подходит отец Иона, падает ниц, совершает перед гробницей три поклона, затем кланяется отцу наместнику. Братия начинает петь величание преподобному Сергию, но председатель исполкома обрывает их.
Вскрытие мощей продолжалось с 20 часов 50 минут до 22 часов 50 минут. Все это время шла киносъемка. На раку была положена крышка из толстого зеркального стекла, скрепленная с ракой сургучными печатями Наркомюста.
В начале 1919 года вышло постановление президиума Московского Совета о передаче монастырских помещений Отделу народного просвещения. В Лавре была создана трудовая артель. Духовный собор подал комиссару Лавры именной список артели в количестве 224 человек, но 3 ноября 1919 года ночью лаврских монахов неожиданно выселили в Гефсиманский скит. Все храмы и келии в Лавре были опечатаны. 26 марта 1920 года вышло постановление Президиума Мосгубисполкома «О закрытии ТроицеСергиевой Лавры и передаче мощей Лавры в Московский музей». Закрытие Лавры произошло 7 мая 1920 года.
Патриарх Тихон 10 мая 1920 года выступил с обращением в Совнарком в связи с закрытием монастыря и предполагаемым увозом из Свято–Троицкой Сергиевой Лавры святых мощей преподобного Сергия для показа их в качестве экспоната в одном из московских музеев. В обращении говорилось: «…Мы прибегли к письменному обращению и заявили, что закрытие лаврских храмов и намерение вывезти оттуда мощи самым существенным образом затрагивает нашу религиозную совесть и является вторжением гражданской власти во внутреннюю жизнь и верование Церкви, что стоит в противоречии с декретом об отделении Церкви от государства, с неоднократными заявлениями высшей центральной власти о свободе вероисповеданий и с разъяснениями, что нет никакого общего распоряжения об изъятии из храмов предметов культа…» Мощи преподобного Сергия остались в Лавре.
Монастырь просуществовал некоторое время и после закрытия. Оставленные в Лавре при охране музея 43 монаха образовали «малую Лавру». Все это время велся журнал Духовного собора. Братия просила для богослужений одну из церквей обители, но в этом им было отказано. Богослужения в «малой Лавре» проходили в Пятницкой церкви. Там в воскресные дни служили соборно, были и седмичные священники, пел хор из пятнадцати монахов. Распорядком служб, в зависимости от занятости при музее, ведал игумен Михей. К 1926 году оставленные при музее монахи были уволены, и в мае 1928 года лаврские храмы на Подоле были закрыты.
После закрытия Лавры часть монахов осталась жить в Гефсиманском скиту, а другие, в том числе и архимандрит Кронид, поселились в Сергиевом Посаде на частных квартирах. Архимандрит Кронид после закрытия Троице–Сергиевой Лавры был оставлен как староста охраны Лавры. В 1920—1922 годах архимандрит Кронид жил в селе Братовщина у старосты храма, в 1922—1926 годах — в Гефсиманском скиту, в 1926—1929 годах — в скиту Параклит, с 1929 года до кончины — в частном доме недалеко от Кукуевского кладбища в Сергиевом Посаде.
Он продолжал оказывать поддержку инокам, заботился о духовном окормлении своих духовных чад из мирян. Они, в свою очередь, также проявляли заботу о своем духовном отце, оказывая ему материальную помощь и утешая в скорбях. С 1935 года отец Кронид стал быстро слепнуть.
21 ноября 1937 года отец Кронид был арестован и заключен в Таганскую тюрьму в Москве. Дело по обвинению архимандрита Кронида носило название «Ипполит». Это было связано с тем, что в доме, где на момент ареста жил наместник, более десяти лет проживал девяностотрехлетний старец, лаврский духовник и библиотекарь, много лет стоявший у святых мощей преподобного Сергия, «гробовой монах», игумен Ипполит, почитаемый как человек высокой духовной жизни. Хотя старец и не был арестован, но связь с ним вменялась в вину всем проходившим по делу архимандрита Кронида. В дни, когда шло следствие, игумен Ипполит скончался.
Архимандрит Кронид обвинялся в том, что фактически оставался наместником Троице–Сергиевой Лавры, владел и пользовался печатью наместника. По его благословению благочинный округа назначал вернувшихся из ссылок и заключений монахов Лавры на приходы округа (им были устроены на приходы более пятидесяти иеромонахов). Пожертвования, которые приносили верующие архимандриту Крониду и игумену Ипполиту, посылались священнослужителям, находящимся в ссылках и тюрьмах.
Дом, где нашел приют отец Кронид, в следственном деле называется «домашним монастырем», «продолжением Лавры». Здесь совершались богослужения по монастырскому чину, проходили тайные монашеские постриги. К архимандриту Крониду приезжала братия монастыря, вернувшаяся из ссылок и тюрем.
В день ареста следователь Булыжников допросил отца Кронида.
— Кто из бывшей царской семьи посещал бывший Сергиевский монастырь, где вы были наместником? — спросил следователь.
— Бывший Сергиевский монастырь пользовался особенным покровительством бывшего дома Романовых, мне как наместнику монастыря неоднократно приходилось принимать в монастыре различную придворную знать, сановников и членов царствующего дома.
—Сколько всего было монахов, когда вы были наместником?
— В 1917 году перед революцией в монастыре и его отделениях было около 900 монахов и вольнонаемных рабочих около 700 человек.
—Сколько монахов проживает в Загорском и других близлежащих районах?
— Мне лично известно, что часть братии устроилась приходскими священниками в Загорском и других близлежащих районах. Всего я приблизительно знаю около 25—30 таких монахов…
—Кто посещает вашу квартиру в Загорске?
