Тревожные события 1563 и следующего 1564 года подорвали здоровье виленского воеводы Микалая Радзивила Чёрного. Он чувствовал приближение смерти и поэтому торопился. Всё меньше занимался политикой, а всё своё время посвящал тому, чтобы укрепить евангельскую церковь в стране. За последние двенадцать лет он сделал многое, чтобы укоренить Реформацию в Великом Княжестве. Казалось, можно было смотреть в будущее спокойно, но тревога не покидала князя Микалая. Его беспокоили вести с войны, открыто пропольская позиция великого князя. Вдобавок ко всему в самом евангельско-реформированном Объединении начались споры, сеявшие разделение между братьями. В апреле 1565 года князь Микалай тяжело заболел. 27 мая он позвал к себе своего старшего сына и просил его твёрдо держаться евангельской веры, заботиться о зборах и проповедниках. Затем позвал писаря и начал диктовать завещание. В своей последней воле виленский воевода снова и снова вспоминал о нуждах евангельских церквей: 'А на тот костел, где тело мое поховано будет, и на школу одпісую всі Бібліі, накладом моем друкованые в Бересті'. На следующий день Микалай Радзивил Чёрный, патриот и реформатор, некоронованный король Литвы, лидер евангельского движения в Великом Княжестве Литовском, умер.
Смерть Микалая Чёрного вызвала нескрываемую радость врагов Реформации в нашей стране, но дело жизни виленского воеводы нашло достойных последователей. Во главе реформационного движения стал его брат, великий гетман литовский Микалай Радзивил Рыжий. Андрей Венгерский, автор одной из первых работ по истории Реформации в Восточной Европе 'Slavonia Reformata' ('Реформированное славянство') так описывает события, связанные с принятием князем Микалаем Радзивилом Рыжим кальвинистского вероисповедания: 'Князь этот, одержав 26 января 1564 года славную победу над Москвой, поехал в Ченстохову, намереваясь исполнить обет, данный перед битвой. Такого знатного гостя монахи приняли с великой радостью, и, желая укрепить его в католической вере, потому что он уже колебался, уговорили какого-то крестьянина притвориться одержимым злым духом. Когда же они изгоняли из него бесов, желая показать, что они истинные последователи апостолов, князь разгадал их замысел и, позвав того человека, узнал от него самого, что монахи его подкупили, чтобы он сделал вид одержимого. По этой причине князь, возвратившись в Литву, отрёкся ошибок римской церкви и перешёл в церковь реформированную, и сыновей своих, Микалая и Крыштофа, распорядился воспитывать в этом учении'. Ещё раньше великий гетман литовский благосклонно относился к Реформации, поддерживал многие начинания своего брата Микалая Чёрного, но почему-то долго не определял своей позиции. События в Ченстохове стали той каплей, которая вызвала твёрдую решимость Микалая Рыжего не быть тёплым, но стать горячим. И нужно отметить, что произошло это очень своевременно.
Смерть Микалая Чёрного стала серьёзным испытанием для кальвинистов Великого Княжества. Богословские споры разгорелись внутри евангельско-реформированного Объединения с неслыханной силой и привели к разделению единого реформированного збора на так называемый больший збор - собственно кальвинистов, верных учению Жана Кальвина, и меньший збор - так называемых ариан, или антитринитариев, которые сами называли себя литовскими братьями. Основной причиной разделения стал вопрос о Троице и крещение детей. Литовские братья, подчёркивая, что Иисус Христос был на 100% человеком, при этом нередко отрицали Его равенство Богу Отцу, а также считали, что каждый человек должен креститься только взрослым, осознавая, что он делает. Такие утверждения вызывали ожесточённые споры, однако так и не создали чёткой границы между большим збором и меньшим, и это позволяет судить, что известные нам крайние высказывания той или другой стороны говорились скоре в пылу дискуссии, чем отражали повсеместно принятую богословскую позицию. Многие сторонники литовских братьев одновременно не порывали с большим збором, как например, староста брестский Ян Кишка, который был главным покровителем меньшего збора в Великом Княжестве. Тем не менее, споры и разделения внутри реформационного движения ослабили позиции реформаторов накануне тех событий, которые ожидали наше государство.
Война с Москвой, которая продолжалась уже много лет, остро поставила перед Великим Княжеством давний вопрос об унии (союзе) с Польским Королевством. Военная машина Московского государства, направленная на завоевание новых земель, значительно превосходила оборонительные возможности Княжества, и наша страна серьёзно ощущала недостаток собственных сил, чтобы противостоять восточному агрессору. В 1563 году начались переговоры делегации Великого Княжества с представителями Польской Короны об условиях объединения государств. Польская сторона, ссылаясь на старые акты времён Ягайлы, настаивала на создании единого государства, но беларуские послы во главе с Микалаем Радзивилом Чёрным принципиально настаивали на сохранении независимости Великого Княжества. Споры длились не один год, тем временем война продолжалась, ослабляя страну. Шляхта, на плечах которой лежала основная тяжесть войны, всё громче требовала унии, соглашаясь на польские условия.
Наконец в январе 1569 года в Люблине собрался совместный сойм Великого Княжества Литовского и Польского Королевства, чтобы рассмотреть вопрос о союзе. Делегация Княжества вновь решительно не согласилась с идеей включения своей страны в состав Польского Королевства и в знак протеста покинула Люблин. Тогда Жигимонт Август, пользуясь своей властью великого князя литовского, присоединил к Польскому Королевству Подляшье, Волынь и Киевщину, тем более, что тамошняя шляхта была более всех благосклонна к унии, надеясь найти таким образом защиту от Москвы и от татар. Вильня была шокирована таким ходом событий, даже раздавались голоса о войне с Польшей, но если с западным соседом можно ещё было вести переговоры, то с Иваном Грозным говорить было не о чем: там, где проходили московские войска, оставалась выжженная земля. Послы Княжества снова приехали в Люблин, чтобы отстаивать самостоятельность своего государства и прийти к какому-то компромиссу. 1 июля 1569 года был объявлен акт создания Речи Посполитой Двух Народов - федерации Польского Королевства и Великого Княжества Литовского, которая имела одного короля и одну внешнюю политику, но две армии, два скарба (финансовые системы), два сборника законов.
Союз кальвинистского Великого Княжества с преимущественно католическим Польским Королевством начал новую страницу в истории Беларуси, но в то время мало кто мог предвидеть, что будет дальше. На Люблинском сойме почти все послы Великого Княжества были кальвинистами или лютеранами, а среди польской делегации евангельские христиане составляли примерно одну четверть. Несмотря на это многие в Беларуси считали, что принципиальных изменений во внутренней политике Речи Посполитой Двух Народов не предвидится.
Тем временем в Польше реформационное движение пошло на спад, и католическая церковь стала постепенно отвоёвывать свои позиции. Во главе этого движения, названного Контрреформацией, стали иезуиты - монашеский орден, имевший своей целью установление власти католической церкви во всём мире. В 1569 году первые иезуиты приехали в Вильню по приглашению виленского епископа Протасевича и в следующем году открыли свою школу. Евангельские церкви Великого Княжества, в то время очень сильные и расширяющие своё влияние, просто не заметили появления в столице своего в недалёком будущем опаснейшего врага. Внимание всех было сконцентрировано на спорах между большим и меньшим зборами, и на это были брошены интеллектуальные и материальные силы евангельских христиан. Однако самые дальновидные лидеры Реформации в Великом Княжестве понимали необходимость совместных действий представителей разных направлений реформационного движения. В марте 1570 года по инициативе Микалая Радзивила Рыжего в Вильне был заключён договор между лютеранами и кальвинистами, касающийся не столько догматических вопросов, сколько вопросов сотрудничества, консультаций и взаимопомощи. Пример Великого Княжества подействовал, и спустя несколько месяцев в Сандомире было заключено подобное соглашение, охватывавшее евангельских христиан всей Речи Посполитой.
В 1572 году умер, не оставив наследника, Жигимонт Август, последний из династии Ягайловичей. Возник вопрос о том, кто будет следующим королём и великим князем. Многие в Речи Посполитой склонялись к кандидатуре Генриха Валуа, брата французского короля Карла IX. Среди беларуских кальвинистов это вызвало тревогу, потому что как раз в это время вся Европа была шокирована событиями Варфоломеевской ночи, когда во Франции было убито около 50 тысяч гугенотов (так во Франции называли кальвинистов), только за то, что они не молятся как католики. Когда в январе 1573 года шляхта Речи Посполитой собралась в Варшаве, чтобы определить условия жизни страны во время бескоролевья,
