На русской эскадре был убит капитан-командор И. А. Игнатьев и 26 матросов, ранено 6 офицеров и 50 матросов. Причем 12 человек было ранено при разрыве пушки на «Ретвизане». Большую часть повреждений русским кораблям причинила крепостная артиллерия. Так, на «Рафаиле» и на «Ярославе» мраморными ядрами были пробиты оба борта. «Твердый» имел наибольшее количество повреждений: 10 пробоин в корпусе и 47 в парусах.
Русские историки считают Дарданелльское сражение победой русского флота. Однако обстоятельства дела и ничтожные потери русских свидетельствуют, мягко говоря, о пассивности и нерешительности Сенявина, Грейга и других русских командиров, позволившим уйти всем кораблям турецкого флота.
В итоге было много пальбы и мало толку. Русская эскадра 10 и 11 мая истратила пороха 1366 пудов (почти 22,4 тонны), ядер 16 149 (в том числе 36- и 30-фунтовых — 3328).
Турецкий адмирал Сеит-Али был недоволен исходом боя и приказал удавить вице-адмирала и двух командиров кораблей.
Начало 1807 г. ознаменовалось кровопролитным сражением у Прейсиш-Эйлау. И русские, и французы объявили о своей победе. Тем не менее французы наступали, и, забегая вперед, скажем, что 14 июля 1807 г. русская армия была наголову разбита при Фридланде.
Но еще до Фридланда Александр I счел слишком опасным для России вести сразу две войны. Поэтому он решил предложить туркам мир и направил для переговоров с ними на эскадру Сенявина чиновника министерства иностранных дел французского эмигранта Поццо-ди-Борго.
Однако переговоры затянулись по целому ряду причин, в том числе из-за переворота в Стамбуле, в результате которого Селим III был свергнут с престола, а позже задушен в тюрьме. На престоле оказался его юный кузен Мустафа IV, окружение которого жаждало продолжения войны.
Утром 10 июня из Дарданелл вышла турецкая эскадра в составе 8 кораблей, 5 фрегатов, 2 корветов и 2 бригов. Из-за непрекращающихся северных ветров русская эскадра в эти дни не имела возможности «приблизиться хотя мало к неприятелю» и вынуждена была оставаться у острова Тенедос. Лишь к вечеру 12 июня ветер «несколько поблагоприятствовал», и Сенявин «вступил под паруса с ескадрою в десяти кораблях, одном фрегате, одном шлюпе и двух корсарских судах». Покинув Тенедос, русская эскадра пошла не прямо на противника, а стала огибать Имброс с запада, проходя между этим островом и островом Самофраки.
15 июня Сеит-Али подошел к Тенедосу и, обнаружив, что там остался лишь бриг «Богоявленск» и два небольших судна, устремился к острову. При приближении турецкой эскадры к Тенедосу турецкие войска начали переправляться с анатолийского берега на остров. После обстрела крепости и берега турецкой корабельной артиллерией высадка десантных войск пошла более интенсивно, и 16 июня на острове было сосредоточено более 7 тысяч турок. Русский гарнизон Тенедоса численностью 600 человек атаковал турок в момент высадки, а артиллерия крепости и «Богоявленска» вела огонь по его кораблям.
17 июня утром русская эскадра вышла с севера к Дарданеллам и обнаружила турецкий флот, стоявший в этот момент на якоре между Тенедосом и азиатским берегом. Эскадре было приказано спускаться на неприятеля. Но турки не решились принять бой и стали уходить. Намерение их, пишет Сенявин Александру I, заключалось в том, чтобы, «избегая сражения, стараться отвлечь меня от острова Тенедос, дабы через то получить более удобности сделать со стороны азиатского берега вспоможение высаженному вчерашнего дня в большом количестве десанту».
17 июня русские суда перебросили на остров подкрепление и боеприпасы. Русские гребные суда частично отогнали, а частично уничтожили турецкие десантные суда.
18 июня Сенявин выделил фрегат «Венус», шлюп «Шпицберген» и два корсарских судна для охраны Тенедоса, а с остальными судами двинулся к турецкой эскадре.
Чтобы не дать противнику ускользнуть в Дарданеллы, Сенявин сначала направился к острову Имброс, лежащему между проливом и Лемносом, а затем стал спускаться к Лемносу. Вечером 18 июня он находился в 6 милях к северу от этого острова и надеялся на рассвете найти и атаковать противника.
Утром 19 июня началось Афонское сражение. В состав русской эскадры входили корабли: 80- пушечные «Уриил» и «Рафаил»; 74-пушечные «Селафаил», «Ярослав», «Твердый», «Сильный» и «Св. Елена»; 66-пушечные «Скорый», «Ретвизан» и «Мощный».
Турецкая эскадра состояла из кораблей: 120-пушечного «Мессу-дие» («Величество султана») — флагмана капудана-паши Сеита-Али; 84-пушечных «Анкай-Бахри» («Величество моря») — под флагом вице-адмирала Шеремет-Бея, «Таусу-Бахри» («Морская птица») — под брейд-вымпелом командора Гуссейн-Бея, «Тевфик-Нюма» («Указатель счастливого пути»), «Килит-Бахри» («Морской ключ»); 80- пушечного «Седэль-Бахри» («Оплот моря») — под флагом капитан-бея Бекир-Бея; 74-пушечных «Сайади- Бахри» («Морской рыбак»), «Мем-Банк-Нюсарет» («Счастливый»), «Хибет-Ендас» («Неустрашимый»). Фрегатов: 50-пушечных «Мескензи-Газа» («Марсово поле»), «Бендриза-Фет» («Победитель»), «Фуки- Зефир» («Моряк»), «Нессим-Фети» («Легкий ветерок»); 40-пушечного «Искендерие» («Александрия») и 32 -пушечного «Метелино». Корветов: 28-пушечных «Рехберн-Алим» и «Денювет» («Воин»). Бригов: 18- пушечных «Аламит Порсет» («Приятный вестник») и «Меланкай».
По подсчетам О. Щербачева[45], всего на турецких кораблях было 1138 пушек, а на русских — 728 пушек. По другим данным[46], у турок было 1196 пушек, а у русских — 754 пушки.
Перед боем Сенявин отдал приказ по эскадре: «Обстоятельства обязывают нас дать решительное сражение, но покуда флагманы неприятеля не будут разбиты сильно, до тех пор ожидать должно сражения самого упорного, почему сделать нападение следующим образом: по числу неприятельских адмиралов, чтобы каждого атаковать двумя нашими, назначаются корабли: „Рафаил“ с „Сильным“, „Селафаил“ с „Уриилом“ и „Мощный“ с „Ярославом“».
Турецкие корабли выстроились в линию. За ними была вторая линия, состоявшая из фрегатов, корветов и малых судов.
Русские корабли в 7 ч. 30 мин. парами двинулись к линии неприятельских кораблей.
Через час в центре турецкой линии уже была свалка кораблей. «Мессудие» попытался взять на абордаж «Рафаил». Командир «Рафаила» капитан 1-го ранга Лукин был убит турецким ядром. «Рафаил» прорезал линию турецких кораблей и оказался между неприятельскими кораблями и фрегатами.

К 9 часам русским кораблям, за исключением «Рафаила», удалось построиться в линию и вести артиллерийскую дуэль с турецкими кораблями.
Около 10 часов турецкие корабли начали отход к мысу Афон. Сильно поврежденный корабль «Сед- эль-Бахри» был к 17 ч. 45 мин. окружен русскими кораблями и взят в плен. Командир «Селафаила» капитан 2-го ранга Рожнов послал на «Сед-эль-Бахри» лейтенанта Титова с командой «для занятия караула и управления кораблем». Адмирал Бекир-Бей, командир корабля и другие турецкие офицеры вместе с корабельными флагами были перевезены на «Селафаил». А на рассвете на захваченном корабле был поднят русский флаг.

При захвате «Сед-эль-Бахри» выяснилось, что у турок матросами на кораблях служат военнопленные. Там оказалось 11 русских матросов с корвета «Флора», разбившегося в начале 1807 г. у албанских берегов, а также 7 английских матросов.
20 июня рано утром корабль и два фрегата, которые накануне шли с кораблем Бекир-Бея, были обнаружены в створе мыса Афон. Сенявин послал им вдогонку отряд из трех кораблей под командованием Грейга. Видя безвыходность своего положения и возможность пленения, турки посадили корабль и фрегаты на мель у островка Николас и, переправив личный состав на берег, взорвали их.
21 июня утром отряд Грейга вернулся, и Сенявин поспешил к Тенедосу, «дабы скорее подать нужную помощь оставленному в крепости нашему гарнизону». Решение адмирала было более чем спорно. Ведь имелась реальная возможность уничтожить всю турецкую эскадру. Турецкие корабли потеряли строй и шли к Дарданеллам поодиночке. За это Сенявин подвергся резкой критике Чичагова, Поццо-ди-Борго и многих офицеров эскадры.
В полдень 24 июня русская эскадра подошла к Тенедосу. К этому времени турки почти полностью