Спенсер Блэк выделялся среди тех, с кем он учился в Медицинской академии. Как его ровесники, так и учителя понимали, что скоро он станет практикующим врачом. Необычайно серьезный и умный для своего возраста, Спенсер рано стал известен как один из самых многообещающих и сверходаренных юношей страны. Интересы Бернарда были совершенно иными: он решил сосредоточиться на естествознании, ископаемых останках, окаменелостях и истории.
Одним из самых влиятельных профессоров Спенсера был Джозеф Уоррен Денкел, шотландский иммигрант, который вначале учился в бостонском медицинском колледже, где и познакомился с отцом Спенсера, также посещавшим это учебное заведение. Позже, во время Гражданской войны, он работал военно-полевым хирургом и провел сотни ампутаций, многие из которых привели к смерти из-за инфицирования ран. В Филадельфийской медицинской академии Денкел считался харизматичным врачом, который подшучивал над коллегами и пациентами, а по вечерам предавался азартным играм и прочим шумным занятиям. Он близко сошелся со Спенсером Блэком, и они стали друзьями.
В это время в американской медицине происходили стремительные и драматические перемены, охватившие не только эту страну, но и весь мир. Врачи начинали понимать, что такое бактерии и какую роль они играют в передаче инфекций. Совершенствовались методы обеззараживания. Все чаще врачи мыли руки или погружали их в карболовую кислоту. Эта практика вытесняла старые представления о том, что засохшая кровь на руках хирурга служит своего рода санитарным барьером или что соблюдение правил гигиены не помогает избегать заражения ран во время хирургических операций. Появление анестезии привело к революционным переменам в хирургии. Она предоставляла хирургу больше времени, позволяя ему не тревожиться о страданиях пациента. Блэк радостно принимал эти усовершенствования и горел желанием предложить свои собственные идеи.
В 1869 году, который стал его первым годом в академии, Блэк начал исследовать телесные мутации, в частности физические аномалии, проявляющиеся в драматических, уникальных и даже фатальных изменениях тела. Однако обследовать людей, страдающих этими отклонениями, было нелегко. Они часто умирали в раннем возрасте, или же их было трудно разыскать, потому что их прятали от глаз общественности. Большинство ранних трудов Блэка были написаны под влиянием опыта, который он получил в музее Гросмир, расположенном в центре Филадельфии. В коллекции музея находился знаменитый своей необычностью скелет
В свой первый год в академии Спенсер Блэк начал серьезно заниматься иллюстрированием. Врачи довольно часто делают наброски к своим записям и открытиям, но Блэк необычайно преуспел в этом занятии. Он даже стал подрабатывать по вечерам, делая зарисовки к трудам других исследователей. Одним из таких ученых был прославленный ботаник и путешественник Жан Де Лэйн.
Коллекция Де Лэйна хранилась в дворике университета Бродшира, куда Блэк часто ездил, чтобы заниматься своими изысканиями. Он еще на протяжении многих лет время от времени работал на Де Лэйна, проиллюстрировав для него сотни образцов и экземпляров.
Три растения, которые Спенсер Блэк нарисовал для ботаника Жана Де Лэйна, хорошо известны своими ярко выраженными свойствами.