5 февраля: ЦК КПСС и Совет Министров СССР приняли Постановление «О внесении изменений в структуру КГБ при СМ СССР и его органов на местах и сокращении их численности».
3-е Главное управление КГБ при СМ СССР преобразовано в 3-е управление КГБ при СМ СССР.
1 мая: войсками ПВО страны над территорией СССР сбит разведывательный самолет США. Пилот самолета-разведчика Г. Пауэрс, выполнявший задание ЦРУ США, арестован, позднее осужден за шпионаж.
24 октября: на космодроме Байконур при подготовке к запуску межконтинентальной баллистической ракеты Р-16 произошло взрывообразное возгорание ракетного топлива. Погибли 126 человек, в том числе главком Ракетных войск стратегического назначения главный маршал артиллерии М.И. Неделин.
27 октября: Верховным Советом РСФСР утвержден Уголовно-процессуальный кодекс РСФСР. Согласно статье 126 Кодекса к компетенции и подследственности органов КГБ при СМ СССР отнесено 18 составов преступлений: измена Родине, шпионаж, террористический акт, диверсия, антисоветская агитация и пропаганда, организационная антисоветская деятельность, вредительство, разглашение государственной тайны и утрата документов, содержащих государственную тайну, контрабанда, массовые беспорядки, незаконный переход государственной границы, незаконные валютные операции и др.
16 ноября:
1961 год
Март: по линии внешней разведки КГБ получена информация о планируемом США запуске космического корабля с человеком на борту в конце апреля 1961 года.
12 апреля: впервые в мире орбитальный полет вокруг Земли на космическом корабле «Восток» совершил летчик ВВС СССР старший лейтенант Ю.А. Гагарин.
20 апреля: ЦРУ США и МИ-6 Великобритании завербован в качестве агента ГРУ ГШ ВС СССР О.В. Пеньковский.
13 августа: между Западным и Восточным секторами Берлина в целях затруднения разведывательно-подрывной деятельности западных спецслужб против ГДР возведена стена, получившая название «Берлинской».
8 сентября: за подписями председателя КГБ при СМ СССР А.Н. Шелепина и министра обороны СССР Р.Я. Малиновского объявлено одобренное ЦК КПСС Положение об органах военной контрразведки Комитета государственной безопасности при Совете Министров Союза ССР. В Положении указано, что
31 октября: председатель КГБ при СМ СССР А.Н. Шелепин избран секретарем ЦК КПСС.
13 ноября: председателем КГБ при СМ СССР с должности второго секретаря ЦК КП Азербайджана назначен В.Е. Семичастный.
20 ноября: директор ЦРУ США А. Даллес отправлен в отставку.
ФБР США завербован в качестве агента сотрудник резидентуры ГРУ в США Д.Ф. Поляков.
За период с 1954 по 1961 год реабилитированы 737 182 человека, незаконно осужденные по уголовным делам, находившимся в производстве органов государственной безопасности.
1962 год
19 января: органами контрразведки начата оперативная разработка по подозрению в шпионской деятельности полковника ГРУ ГШ ВС СССР О. Пеньковского.
Май-июнь: после решения правительства о повышении розничных цен на продукты питания в Москве, Ленинграде, Днепропетровске, Тбилиси, Донецке, Горьком, Тамбове, Новосибирске, Челябинске и других городах произошло 58 стихийных забастовок и 12 уличных демонстраций.
1–2 июня: произошли массовые беспорядки в городе Новочеркасске Ростовской области. При их подавлении в результате применения оружия частями внутренних войск и Советской Армии погибли 26 человек, 87 ранены. По материалам КГБ и органов внутренних дел семь наиболее активных участников беспорядков приговорены к расстрелу, 105 — осуждены на срок от 10 до 15 лет лишения свободы. По линии КГБ операцией в Новочеркасске руководили первый зампредседателя КГБ генерал-полковник П.И. Ивашутин и зампредседателя КГБ генерал-лейтенант Н.С. Захаров. 8 июня 1996 года все без исключения осужденные по «Новочеркасскому делу» реабилитированы.
10 июня: Президиум ЦК КПСС принял решение о проведении стратегической операции «Анадырь» по развертыванию советской военной базы баллистических ракет на территории Кубы.
28 июля: издан приказ КГБ при СМ СССР «Об усилении борьбы органов государственной безопасности с враждебными проявлениями антисоветских элементов».
