«Атлантис» был выведен на орбиту высотой 197 ? 209 км, поднялся в первый день полета до 241 ? 254 км, а в последующие дни двумя «ступеньками» спустился до 216 ? 239 км.
Задача STS-36 оказалась крепким орешком. Журнал Aviation Week & Space Technology перед стартом идентифицировал полезный груз «Атлантиса» как первый спутник типа AFP-731 массой 16 900 кг, предназначенный для оптико-электронной и радиотехнической разведки. Он был отделен от «Атлантиса» примерно через 27 часов после старта. Независимые наблюдатели Теда Молчана видели этот очень яркий объект 2 марта на орбите высотой 248 ? 260 км и отследили подъем до 271 км в ночь на 3 марта; после этого условий для наблюдений не было. 16 марта ТАСС внезапно объявил, что советские специалисты наблюдают четыре фрагмента спутника, который мог быть запущен с «Атлантиса» 28 февраля и разрушился 7 марта. Удивительно, но американцы не стали возражать: после дежурного заявления о том, что задачи полета выполнены, они признали, что «некоторые элементы, связанные с ним, сойдут с орбиты в течение шести недель». Лишь в октябре 1990 г. великий шотландский наблюдатель Расселл Эберст нашел спутник с официальным наименованием USA-53 на орбите наклонением 65° и высотой 796 ? 813 км, но вскоре после этого аппарат сманеврировал еще раз и более не наблюдался в «открытом» мире. Эксперты полагают, что AFP-731 был экспериментальным спутником оптико-электронной разведки, предназначенным для работы на высоте 1000–5000 км, вне зоны поражения существовавших противоспутниковых систем, и созданным с применением «стелс-технологий», понижающих его заметность. Считается, что «разрушение» 7 марта, синхронизированное с уходом на более высокую орбиту, имело целью имитировать отказ USA-53, с тем чтобы советская СККП потеряла к нему интерес. Неизвестно, удалась ли эта попытка США обзавестись неизвестным противнику и потому очень эффективным разведывательным аппаратом.
В официальной биографии Маллейна на сайте Центра Джонсона эта награда не значится, однако упоминается в ряде других публикаций NASA.
Патрик Маллейн уволился из ВВС в августе 1995 г. в звании капитана; перед увольнением он возглавлял в военной разведывательной структуре группу из 50 человек, управлявшую спутниковой системой в области национальной безопасности. В ноябре 2015 г. стал исполнительным директором инициативы по цифровому обучению в Гарвардской школе бизнеса.
Лето 1990 г. оказалось тяжелым для программы Space Shuttle: по различным причинам, в основном связанным с двигателями SSME, два очередных полета на «Колумбии» и «Атлантисе» многократно переносились. В результате после апрельской экспедиции STS-31 на «Дискавери» с выведением космического телескопа имени Хаббла следующий старт состоялся уже в октябре, также на «Дискавери», и имел номер STS-41.
За десять следующих лет четверо из пяти покинули NASA. В агентстве на нелетной должности продолжает работать лишь Анна Фишер – она занимается разработкой дисплеев для нового корабля «Орион» и помогает с интеграцией европейской научной аппаратуры на МКС.