Когда процессия достигла места казни, осужденного возвели на груду дров и зеленых веток. На голову ему надели венец из соломы и листьев, пропитанных серой. Затем Сервета приковали к столбу железной цепью и к его руке привязали экземпляр известной книги "Восстановление христианства", из-за которой теолога и обвинили в ереси. После этого горло Сервета несколько раз обмотали толстой веревкой, и он, не выдержав, стал умолять не затягивать ее туже. Когда палач подошел к Сервету с зажженным факелом, теолог испустил такой вопль, что толпа на миг замерла в ужасе. Пока он дышал, в костер подбрасывались свежие ветки. Сервет умер не раньше чем через час. Человеческое тело в действительности горит не так быстро, как в фильмах. Последние слова Сервета, услышанные свидетелями его казни, прозвучали как защита его идеи об отрицании Святой Троицы: "Ох, Иисус, сын вечного Бога, сжалься надо мной!" — настоящая ересь с точки зрения женевских протестантов.
Исполнение смертного приговора, вынесенного Мигелю Сервету, стало первой казнью за ересь в Женеве с начала Реформации. Это событие взволновало всю Европу, обсуждалось повсеместно и дало толчок первой крупной дискуссии в Старом Свете о религиозной толерантности, которая с тех пор не прекращалась и в XXI веке не менее актуальна, чем пятьсот лет назад. Казнь привлекла внимание, хотя Сервет не был ни первым, ни последним еретиком, сожженным на костре в Европе. Известно, что за сорок пять лет в середине XVI века по обвинению в ереси было казнено около трех тысяч человек. Их участь привлекала внимание, потому что в отношении инаковерующих реформистская церковь применяла точно такие же методы, как и критикуемое ею за это католичество, оказавшись ничуть не лучше. Кальвинисты, бежавшие от французской, испанской и итальянской инквизиции, на практике не смогли проявить терпимость, которой требовали от своих мучителей. Католики, лютеране и кальвинисты были единодушны в стремлении убивать людей, убеждения которых противоречили тому, что предписывала вера.
До начала Реформации большинство населения христианской Европы не задумывалось о религиозной терпимости, поскольку католическая церковь успешно противостояла инаковерующим и проблемы сосуществования не было. Разумеется, были те, кто придерживался других религиозных взглядов, но таких было мало, и они не представляли серьезной угрозы установленному церковному и общественному порядку. С началом Реформации ситуация изменилась — это движение бросило вызов монополии католической церкви на правильную веру. Это произошло в значительной мере благодаря изобретению Гутенберга — печатному станку, позволявшему распространять информацию с невиданной прежде скоростью и в значительных объемах, сначала в Северо-Западной Европе, затем в Южной.
В Германии Мартин Лютер в качестве отправной точки для своего толкования Евангелия выбрал именно свободу вероисповедания. "Каждый христианин — сам себе священник", — заявил он в знак протеста против коррумпированной папской церкви, где каждый мог получить отпущение грехов за деньги. Это была порочная практика, побудившая Лютера подготовить свои знаменитые девяносто пять тезисов, которые он повесил на дверях церкви в Виттенберге. В начале 1520-х годов Лютер в своих записях доказывал различие светской и духовной властей. По его мнению, если какой-то гражданин повинен в ереси, то его преступление не должно рассматриваться в светском суде. Подобная точка зрения в ту эпоху воспринималось весьма неоднозначно, поскольку ересь считалась опасным деянием для основанного на христианских ценностях общества. А Лютер считал ересь духовным "преступлением", с которым следовало бороться соответствующим оружием. Вера была личным делом каждого, как и неверие. Нарушая свободу вероисповедания, светская власть, по мнению Лютера, превышала свои полномочия. В таком случае следовало проявить неповиновение. Разделение светской и духовной властей, предложенное Лютером, стало очередным этапом пути к свободе вероисповедания и свободе слова, собственно к светской демократии, где церковь отделена от государства, хотя сам Лютер, возможно, и не задумывался о таком результате.
Главному действующему лицу немецкой Реформации в начале 1520-х противостояла католическая церковь и светские власти тех частей Священной Римской империи, население которых поддерживало Рим. В 1521 году Лютера отлучил от церкви сам папа, светская власть также объявила его вне закона вместе с последователями, учение немецкого теолога было признано ересью, после чего вышел указ, предписывавший не только разыскивать и сжигать его книги, но и наказывать за их печать, продажу и покупку. В сложившейся ситуации Лютер смог воспользоваться в своей борьбе против папства учением о двух независимых друг от друга властях, духовной и мирской, и о границах участия светской власти в вопросах веры.
Впоследствии, когда протестантизм в интерпретации Лютера стал государственной религией во многих немецких княжествах, он уже одобрял казнь верующих иных религиозных направлений, забыв о терпимости, сторонником которой был раньше. Лютер осудил католическую мессу, назвав ее "богохульным преступлением", которое власти были обязаны всячески пресекать. Когда какой-либо город или княжество принимали протестантизм, то под запретом сразу же оказывались учение о чистилище, культ Девы Марии и различных святых, включая католическую мессу. Разрушались алтари, религиозные изображения и орнаменты, используемые в католических обрядах. Протестанты занимали католические церкви, монастыри закрывались. В союзе с государственной властью Лютер не выказывал уважения свободе вероисповедания, которой требовал, возглавляя бунт против власти папы. "Я не могу вообразить причины, по которой терпимость можно было бы оправдать перед Богом", — говорит Лютер в письме 1541 года.
Казнив Сервета, кальвинисты Женевы расписались в своей религиозной нетерпимости, и в течение следующих ста пятидесяти лет Европу сотрясали религиозные войны. Первый вооруженный конфликт разразился в Швейцарии уже в 1529 году, а последние религиозные войны завершились только в начале XVIII века. Конфликты между представителями различных вероисповеданий продолжали возникать одновременно с распространением идеи терпимости.
Реформация вынудила католиков искать ответ на вопрос, для которого не было предпосылок в предыдущем тысячелетии: "Кто мы?"
В Европе действовала только христианская церковь, и, несмотря на столкновение с исламским миром и присутствие во всех странах континента
