Между тем, иные историки говорят о лютой нетерпимости Тишайшего к евреям, и именно ею объясняют изгнание иудеев из завоёванных русскими Могилёва (1654) и Полоцка (1658). На самом же деле, государь здесь был вынужден подчиниться многочисленным ходатайствам местных жителей, которые, в свою очередь, ссылались на старинные привилегии и статуты, так называемое Магдебургское право, основанное на недопущении евреев в эти города. Правда, из-за алчности и непомерной жестокости казачьего полковника Константина Приклонского (между прочим, только присягнувшего царю) в Могилёве не обошлось без кровопролития. Евреи, вынужденные спешно покинуть город, были обманом согнаны частью на Печёрское поле, частью – на равнину у городской дороги, и перебиты все без остатка. Очевидец, игумен Орест, сообщал в своих «Записках», что смертоубийства учинили покорыстовавшиеся еврейским добром мародёры-казаки. Но избиение евреев вызвало гнев в Москве, так что мещане города вынуждены были оправдываться и «сложили эту вину на казаков Поклонского», о чём пишет историк Сергей Соловьёв.
И примечательно, что власти всегда проявляли внимание к евреям-изгнанникам, направляя их в российские города в сопровождении стрельцов и за казенный счёт. Как отмечает историк Юлий Гессен, когда благодаря военным действиям в московском государстве появились пленные евреи, к ним относились никак не хуже, чем к прочим пленным. Иудеи, попавшие в Московию во время русско-польских войн 1654-1667 гг., переводились из одного города в другой для приискания им надлежащего жилья. Документы Разрядного приказа указывают на обширную географию миграции иудеев. В одном из указов говорится об отправке нескольких сотен человек из Калуги в Нижний Новгород, причём «провожатых дать Калужских стрельцов 20, а государева жалования [им] в дорогу на корм велено дать на месяц, семьянистым по шти денег, одиноким по четыре деньги человеку на день». Есть сведения, что другие партии евреев из Новгорода были перевезены в Ярославль, а затем отправлены в Казань. Большинство же иудеев было расселено в Поволжье, на Урале и в Сибири и постепенно растворилось в окружающем населении.
Царь всемерно поощрял переход пленных евреев на русскую службу, особенно если те были изрядными мастерами. Известно, что после Андрусовского перемирия 1667 года Пушкарский приказ хлопотал о неотпущении на родину могилёвского еврея Исачки, поскольку тот «научен огнестрельным и гранатным делам, стрелять гранаты умеет; да ему ж дана для ученья огнестрельных и гранатных дел и для всяких тайных промыслов немецкого языка печатная книга». Вполне вероятно, что евреями были живший с 1654 года в Москве «в пушкарях» изготовитель пороха Ивашка Григорьев родом из Дубровны; Гришка Мотовицкий из Полоцка, определившийся «в Оружейную палату в кормовые мастера»; а также отданный «на кормление частному лицу» пленный из Литвы некто Мосейка. Документ 1659 года упоминает ещё ряд московских обывателей-евреев: некий Марка с женой, торговец ветошью; Оспа с женой и сыном, занимавшийся «черной работой»; Якубка Израилев, который «пёк на торг хлебы»; Моска Марк, торговец мясом и т. д.
Вообще же, как свидетельствуют документы, в Москве могли селиться преимущественно крещеные евреи. Некоторые оказались в московской Немецкой слободе, где жили лютеране и католики, и среди них Марко Яковлев с женою Дворкою из Горок (Белоруссия), девушки Ганка и Рыся, дочери Меоровы и Эстерка Юдина (все из Мстиславля), Махля из Горок, Марчко-Захар Яшев из Дубровны. Немало евреев обосновалось и в московской Мещанской слободе, образованной выходцами из западного края, что отражено в списках лиц, живших там своими домами и снимавших в наем клети (относительно некоторых есть отметки «еврей», «еврейской породы», «родины еврейские»). Кое-кто из них весьма преуспел и, освободившись от тягла и личной повинности, выбился в купеческий класс. При этом некоторые евреи скоро достигли видного положения среди московского купечества. Так, Федор Григорьев и Афанасий Самойлов в апреле 1659 года были «выборными»: их подписи имеются в «протоколах» мирских сходов того года. Историк-краевед Владимир Снегирев указывает на значительную еврейскую популяцию и называет среди жителей Мещанской слободы будущего видного деятеля петровской эпохи, вице-президента Главного магистрата Илью Исаева, а также Федора Иевлева, Давида Тимофеева, Владимира Израилевича Елисеева, Ивана Константинова, Якова Самойлова, Семёна и Ивана Яковлевых, их зятя Павла Степанова и других. Мещанскую слободу называли ещё «слободой перекрестов», ибо там могли жительствовать лишь лица, обращенные в православие. Их имена и фамилии становились не отличимыми от русских.
Здесь необходим краткий экскурс об общей религиозной политике царя, напрямую связанной с судьбами российского еврейства. Истый ревнитель православия, Тишайший был сторонником деятельного прозелитизма среди иноверцев. Причём к крещению их нередко побуждали самыми жёсткими мерами. «Немцам» было законодательно возбранено носить русскую одежду и селиться в тех местах, где проживали московиты. Иногда прибегали к вероломству, пуская в ход облыжные обвинения. Так, на шотландца-полковника Александра Лесли донесли, будто они с женой «заставляли русских слуг есть в пост собачье мясо» и над святыми иконами ругались, после чего их взяли под стражу. Тогда-то боярин Илья Милославский ненавязчиво предложил «проштрафившемуся» католику обратиться в православие, что тот, понятно, и свершил, и сразу же был помилован, произведён в генералы и пожалован угодьями и подарками на сумму три тысячи рублей. На миссионерской ниве немало усердствовал духовник царя Стефан Вонифатьев, который в 1652 году просил Его Величество не стеснять его в действиях, и тогда все служилые иноземцы обратятся в праведную веру. Как отмечал американский историк Джозеф Фурман, «государь надеялся показать русским ортодоксам, что убеждение и щедрая награда вызовут огромный приток обращенных, ибо иноземцы скоро поймут все преимущества и выгоды крещения в православную веру». Неофит, помимо прочих наград, получал ещё и дворянство «по московскому списку». Всё же крещение не приобрело тогда массового характера среди «немцев».
Зато обращение татар и мордвы проводилось столь энергичными темпами, что вызывало даже вооружённые протесты басурман. Архиепископ Рязанский Мисаил, успевший окрестить в Шацком и Тамбовском уездах более четырёх тысяч иноверцев, был затем атакован толпой из пяти сотен бунтовщиков, которые «учинились сильны и непослушны и во крещение не пошли», и некто мордвин Гаречишка «устрелил» святого отца насмерть. Но настойчивый прозелитизм ничуть не утишился. За неофитами были законодательно закреплены всяческие привилегии: им надлежало незамедлительно выдать 15 рублей; предоставлялось право пожизненного и наследственного владения своими поместьями; после смерти феодала-мусульманина его поместье переходило к любому, даже дальнему, крещеному родственнику, невзирая на претензии более близких наследников-мусульман. Иногда татары крестились из-за боязни царского гнева. Рассказывают, что представитель средней ветви известного княжеского рода Юсуповых, Абдул-Мирза Секшевич, принимая в своём доме патриарха Никона, по незнанию православных норм, угостил его гусем, приготовленным «под рыбу». Проведав о том, что его обманом накормили скоромным, Его Святейшество пожаловался государю, и тот так разъярился, что наложил на Абдул-Мирзу
