Отец работал в это время в своей альма-матер — в Академии им. Куйбышева. Будучи уже опытным военным инженером и организатором, он занимался эвакуацией различных предприятий. Сведения о том, где была в военные годы его семья, разноречивы. Сам Гена позже напишет в автобиографии: «Осенью 1941 года… нас эвакуировали в г. Фрунзе, вернее — жили мы в деревне Аларче, это недалеко от города». Правильное название села — Нижняя Ала-Арча. Фрунзе же — советское название города Бишкек, столицы Киргизии — в ту пору одной из республик СССР. В самом деле, академия была эвакуирована во Фрунзе, здесь противоречия нет. Но двоюродная сестра Геннадия Зинаида Алексеевна Шкаликова вспоминает, что семья Фёдора Григорьевича находилась во время войны в Зиргане, у его родных, и даже приводит эпизод, когда непоседливый Гена, которому всё в селе было в диковинку, упал в погреб — слава богу, без серьёзных последствий. Могло быть так, что длившаяся два с лишним года эвакуация (семья вернулась в Москву в конце 1943 года) вобрала в себя жизнь и в Зиргане, и во Фрунзе. Допустим, отец сначала устроился в киргизской столице сам, а потом вызвал туда семью, переждавшую это время в Башкирии.
Со Шпаликовыми эвакуировалась и бабушка Даша. 23-летняя Людмила с двумя детьми на руках сама нуждалась в поддержке, и бабушка, многое повидавшая на своём веку, мужественно взяла на себя роль главы семьи. В тесноте и неуюте вагона, а затем и теплушки, с постоянной необходимостью думать о питании и о воде, опасаясь бомбёжек, которые несколько раз случались в пути, — они ехали через Куйбышев (советское название Самары), ставший в те месяцы как бы эвакуационной столицей страны, на восток.
В памяти Гены сохранились кое-какие воспоминания об эвакуации. Жили трудно, еды было мало. Киргизия — фруктовый край, но одними фруктами сыт не будешь. Мясо в семье полагалось только кормильцу — отцу, очень сильно похудевшему в ту пору. Гена однажды потихоньку умыкнул с кухни две котлеты, но не для себя: ребята с улицы обещали сделать ему рогатку за этот «гонорар». Обманули, не сделали, а за котлеты ему влетело: родители выгнали из дома в холодный вечер в одной рубашке, он страшно замёрз, через полчаса был прощён и впущен домой. Запомнилось ещё, как провинился соседский мальчишка по имени Славка. Отец с матерью поручили ему коптить свинью — он прокоптил так, что остались одни кости. Боясь, что дома его побьют, спрятался у Шпаликовых…
Почему-то — то ли от скуки, то ли от любопытства — Гену тянуло в школу. Учиться ему было пока рано, но он приходил в класс и сидел, слушал учительницу Дарью Сергеевну — тем более что она оказалась полной тёзкой бабушки. Его не прогоняли, оставляли в классе — как ему казалось, для смеха: вот, мол, ребёнок, уже к знаниям тянется, в то время как ребятам постарше, наоборот, полениться бы да пропустить урок. А ему нравилось не только вникать в объяснение учительницы, но и петь вместе с «одноклассниками», и даже плясать. Здесь, в киргизском селе, услышал он впервые протяжную ямщицкую песню «Степь да степь кругом, путь далёк лежит…», и так и осталась в его душе эта ассоциация: степь да степь, Киргизия и бородатый ямщик, почему-то похожий на школьного сторожа.
Между тем положение на фронте уже переломилось в нашу пользу. В августе 1943-го советские войска взяли Орёл. По этому поводу был устроен первый за время войны праздничный салют. Взятие Орла Гене запомнилось: как раз накануне он играл с ребятами в войну… семечками. Белые тыквенные семечки («наши») сражались с тёмными арбузными («фрицы») и должны были «взять Орёл» (ребята каждый день слушали сводки Совинформбюро и были в курсе событий). И взяли.
Пора было возвращаться в Москву. Привыкший к Ала-Арче мальчик в поезде грустил, а когда семья после долгой дороги добралась наконец до места, вошла в свою квартиру в Покровском-Стрешневе и увидела, что в их отсутствие там кто-то крепко «похозяйничал», — стало совсем неуютно. В разорённой квартире надо было заново обживаться, а пока, в первый вечер, их приютили соседи по подъезду, покормили ужином. Непривычной и странной казалась после киргизской деревни забытая (а для Гены — не то что забытая, а считай что и вовсе незнакомая) московская жизнь.
Но главное испытание военного лихолетья для семьи Шпаликовых было впереди. Отец, несколько раз подававший заявление о переводе его на фронт (как же: все воюют, а он «отсиживается» в тылу…), наконец добился этого и уехал в действующую армию. Советские войска уже гнали врагов по Европе; часть, в которой служил инженер-подполковник Фёдор Шпаликов, находилась в Польше. И там, в Польше, под городом Познань, оборвалась 29 января 1945 года, за несколько месяцев до окончания войны, его жизнь. Страшное слово «похоронка» прозвучало и в семье Шпаликовых. В первый класс 153-й школы Ленинградского района Москвы Гена пошёл 1 сентября того же года уже сиротой, безотцовщиной — как и многие, многие мальчишки и девчонки, первоклассники первой послевоенной осени. Впрочем, девчонок в этой школе не было: обучение в ту пору было раздельным (мальчики и девочки учились в разных школах; такой порядок был введён во время войны, в 1943 году, и действовал до 1954-го), и школьная компания оказалась сугубо «мужской».
В первый школьный день ему было без пяти дней (буквально) восемь лет. Подготовлен к школе он был хорошо. Подтверждение тому — написанные в первом классе (!) и сохранившиеся стихи с «авторской датировкой». 10 января 1946 года, отучившись всего полгода, он сочиняет стихотворные строчки — записывая их, правда, не в столбик, а в строку, под впечатлением от знаменитой плещеевской «Осени» («Осень наступила. Высохли цветы…») и не везде выдерживая размер и рифму, но будем ли мы строги к маленькому поэту? Важен сам факт появления этих стихов, ещё и записанных почти без ошибок. Восьмилетний Гена, для своего возраста, уже в ладах со словом: «Осень наступила. Лес весь пожелтел. Ветер листья гонит. Зайчик побелел. Все цветы засохли. Птички улетели. Речка вся покрылась тонким льдом. Вот уже морозы к нам идут, вот уже метели под окном поют». Спустя полгода с небольшим Гена поехал в пионерский лагерь, и стихи сочинялись и там как отклик на загородное пионерское житьё-бытьё: «Мы приехали в наш лагерь. С песней громкою вошли,
