Felix M. A. et al. Natural and experimental infection of Caenorhabditis nematodes by novel viruses related to nodaviruses // PLoS Biology, 2011, V. 9, № 1, e1000586.
120
Suttle C. A. Viruses in the sea // Nature, 2005, V. 437, 356–361.
121
Weitz J. S., Wilhelm S. W. An ocean of viruses // Scientist, July 2013.
122
Baltimore D. Expression of animal virus genomes // Bacteriological Reviews, 1971, V. 35, № 3, 235–241.
123
Агол В. И. Разнообразие вирусов // Соросовский образовательный журнал. 1997. № 4.
124
Кунин Е. В. Логика случая. — М.: Центрполиграф, 2014.
125
На эту тему есть экспериментальные данные, показывающие, что запустить трансляцию прямо с ДНК в принципе можно, хотя далеко этот процесс не заходит и для синтеза полноценных белков он непригоден. Damian L. et al. Single-strand DNA translation initiation step analyzed by Isothermal Titration Calorimetry // Biochemical and Biophysical Research Communications, 2009, V. 385, № 3, 296–301.
126
Moreira D., Lopez-Garcia P. Ten reasons to exclude viruses from the tree of life // Nature Reviews Microbiology, 2009, V. 7, 306–311.
127
Hegde N. R. et al. Reasons to include viruses in the tree of life // Nature Reviews Microbiology, 2009, V. 7, 615.
128
Forterre P. Defining life: the virus viewpoint // Origins of Life and Evolution of Biospheres, 2010, V. 40, Issue 2, 151–160.
129
Bandea C. I. A new theory on the origin and the nature of viruses // Journal of Theoretical Biology, 1983, V. 105, № 4, 591–602.
130
La Scola B. et al. A giant virus in amoebae // Science, 2003, V. 299, № 5615, 2033–2033.
131
Miller S., Krijnse-Locker J. Modification of intracellular membrane structures for virus replication // Nature Reviews Microbiology, 2008, V. 6, 363–374.
132
Novoa R. R. et al. Virus factories: associations of cell organelles for viral replication and morphogenesis // Biology of the Cell, 2005, V. 97, № 2, 147–172.
133
Suzan-Monti M. et al. Ultrastructural characterization of the giant volcano-like virus factory of Acanthamoeba polyphaga Mimivirus // PLoS One, 2007, V. 2, № 3, e328.
134
Claverie J. M. Viruses take center stage in cellular evolution // Genome Biology, 2006, V. 7, № 6, 110.
135
Thompson L. R. et al. Phage auxiliary metabolic genes and the redirection of cyanobacterial host carbon metabolism // Proceedings of the National Academy of Sciences, 2011, V. 108, № 39, E757−E764.
136
Forterre, 2010.
137
Bamford D. H. Do viruses form lineages across different domains of life? // Research in Microbiology, 2003, V. 154, № 4, 231–236.
138
Raoult D., Forterre P. Redefining viruses: lessons from Mimivirus // Nature Reviews Microbiology, 2008, V. 6, 315–319.
139
Koonin E. V., Senkevich T. G., Dolja V. V. The ancient Virus World and evolution of cells // Biology Direct, 2006. V. 1, № 1, 29.
140
Lwoff A. Interaction among virus, cell, and organism. Nobel Lecture, December 11, 1963.
141
Benner S. A. Defining life // Astrobiology, 2010, V. 10, №, 10, 1021–1030.
142
Раутиан А. С. О природе генотипа и наследственности // Журнал общей биологии. 1993. Т. 54. № 2, 131–148.
143
Редактируя эту главу, А. В. Марков заметил, что — в противовес этому рассуждению — в молодой Вселенной довольно долго все элементы тяжелее лития существовали именно в мире «платоновских идей». И все их химические соединения тоже, и все свойства. И пространство белковых последовательностей, о котором идет речь в главе 3, — это тоже в основном мир платоновских идей. Какого-то белка нет в природе, но он возможен, и его свойства предопределены.
144
Stanley W. M. Isolation of a crystalline protein possessing the properties of tobacco mosaic virus // Science, 1935, V. 81, № 2113, 644–645.
145
Lwoff A. The concept of virus // Microbiology, 1957, V. 17, № 2, 239–253.
146
La Scola et al., 2003.
147
Arslan D. et al. Distant Mimivirus relative with a larger genome highlights the fundamental features of Megaviridae // Proceedings of the National Academy of Sciences, 2011, V. 108, № 42, 17486–17491.
148
Abergel C., Legendre M., Claverie J. M. The rapidly expanding universe of giant viruses: Mimivirus, Pandoravirus, Pithovirus and Mollivirus // FEMS Microbiology Reviews, 2015, V. 39, № 6, 779–796.
149
Schulz F. et al. Giant viruses with an expanded complement of translation system components // Science, 2017, V. 356, № 6333, 82–85.
150
Colson P. et al. Viruses with more than 1,000 genes: Mamavirus, a new
