Согласно директиве наркома обороны № 3427сс от 15 октября 1939 г. военную комиссию на переговорах с Литвой возглавлял командующий войсками Белорусского фронта командарм 2 ранга М.П. Ковалев. Советская делегация намеревалась вести переговоры о размещении войск в Вильнюсе, Каунасе, Шауляе, Укмерге и Алитусе, но литовская сторона категорически отказалась обсуждать такую дислокацию советских войск, предлагая разместить гарнизоны ближе к германской границе. Переговоры с Литвой завершились 28 октября подписанием соглашения о размещении советских войск в районах Новая Вилейка, Алитус, Приенай, Гайжуны. ВВС должны были разместиться в Алитусе и Гайжунах и, кроме того, получить ряд оперативных аэродромов. Войска, расположенные в Новой Вилейке и Порубанке, считались уже введенными, а остальные должны были быть введены 3 ноября. Но церемония ввода войск состоялась лишь в 10 часов 15 ноября и носила чисто символический характер, поскольку советские войска уже находились в Вильнюсе, т. е. на территории Литвы. 15–17 ноября большая часть войск была выведена из Вильнюса в места постоянной дислокации. В Литве разместились части 16-го ОСК, 10-й истребительный и 31-й среднебомбардировочный отдельные авиаполки, общей численностью 18 786 человек. Окончательно советские войска покинули Вильнюс 15 декабря 1939 г.543 Общее руководство всеми советскими войсками в Прибалтике согласно приказу наркома обороны № 0187 от 27 ноября 1939 г. был возложен на его заместителя командарма 2 ранга А.Д. Локтионова544.
Заключение договоров с СССР и ввод частей Красной Армии в Прибалтику породили у некоторых слоев местного населения радикальные 'советизаторские' настроения, которые в определенной степени нашли отклик у советских дипломатов в Таллине, Риге и Каунасе. Советское руководство, как уже говорилось, всеми силами стремившееся избежать нежелательного впечатления от договоров, прореагировало достаточно быстро и жестко. 14 октября 1939 г. Молотов указал полпреду в Каунасе Н.Г. Позднякову: 'Всякие заигрывания и общения с левыми кругами прекратите'. 21 октября нарком иностранных дел еще раз напомнил, что 'малейшая попытка кого-либо из вас вмешаться во внутренние дела Литвы повлечет строжайшую кару на виновного… Следует отбросить как провокационную и вредную болтовню о 'советизации' Литвы'. 20 октября недовольство Москвы вызвала корреспонденция ТАСС из Таллина, и полпред К.Н. Никитин получил указание давать твердый отпор любым действиям, которые можно истолковать как намерение 'советизировать' Эстонию. 23 октября Молотов обязал Никитина 'пресекать всякие разговоры о 'советизации' Эстонии, как выгодные и угодные в данный момент лишь провокаторам и врагам СССР' и не вмешиваться во внутренние дела Эстонии545.
Командование 65-го, 2-го и 16-го особых стрелковых корпусов получило 25 октября приказы наркома обороны №№ 0162, 0163, 0164 соответственно, согласно которым войска не имели права вмешиваться во внутренние дела Эстонии, Латвии и Литвы, а 'настроения и разговоры о 'советизации', если бы они имели место среди военнослужащих, нужно в корне ликвидировать и впредь пресекать самым беспощадным образом, ибо они на руку только врагам Советского Союза' и прибалтийских стран546.
Выступая 31 октября на сессии Верховного Совета СССР, Молотов заявил, что 'особый характер указанных пактов взаимопомощи отнюдь не означает какого-либо вмешательства Советского Союза в дела Эстонии, Латвии и Литвы, как это пытаются изобразить некоторые органы заграничной печати. Напротив, все эти пакты взаимопомощи твердо оговаривают неприкосновенность суверенитета подписавших его государств и принцип невмешательства в дела другого государства. Эти пакты исходят из взаимного уважения государственной, социальной и экономической структуры другой стороны и должны укрепить основу мирного, добрососедского сотрудничества между нашими народами. Мы стоим за честное и пунктуальное проведение в жизнь заключенных пактов на условиях полной взаимности и заявляем, что болтовня о 'советизации' Прибалтийских стран выгодна только нашим общим врагам и всяким антисоветским провокаторам'547. В итоге первоначальные опасения части общественности прибалтийских государств в отношении намерений СССР постепенно отступали на задний план.
Как справедливо отмечают А.Г. Донгаров и Г.Н. Пескова, политика полного невмешательства СССР во внутренние дела прибалтийских стран объяснялась нежеланием обострять отношения с Англией и Францией и неясностью перспектив войны в Европе548. Строго придерживаясь своей линии на полное невмешательство во внутренние дела Эстонии, Латвии и Литвы, советское руководство внимательно следило за ситуацией в Европе и Прибалтике. По мере выполнения договоров о взаимопомощи перед сторонами возникали все новые и новые проблемы, для решения которых с ноября 1939 г. по май 1940 г. неоднократно велись переговоры разного уровня и были заключены соглашения, конкретизирующие отдельные стороны пактов. Ими регулировались вопросы аренды, железнодорожных перевозок, организации строительства, связи, санитарного обеспечения и юридического положения военнослужащих, о военторгах, о порядке въезда и выезда комсостава и их семей и т. п. Для контроля за реализацией условий пактов и разрешения спорных вопросов были созданы смешанные комиссии. Постепенно советские войска обживались в прибалтийских гарнизонах549.
В историографии вопрос о выполнении договоров вызывает разногласия. Большинство авторов отмечает, что, несмотря на определенные трения, стороны в целом соблюдали условия договоров550. Вместе с тем отношения сторон были далеки от идиллических. Советские представители на местах дружно отмечали, что со стороны прибалтийских стран речь шла скорее о формальном выполнении договоров и стремлении нажиться на поставках советским войскам необходимых товаров и услуг. Власти прибалтийских стран стремились свести к минимуму контакты советских военнослужащих с местным населением. Угроза вмешательства Англии и Франции в советско-финскую войну подогревала в правящих кругах стран Прибалтики настроения, направленные на освобождение от навязанных СССР договоров. По мнению А.С. Орлова, С.В. Волкова и Ю.В. Емельянова, хотя размещенные войска открыто и не вмешивались во внутренние дела этих государств, они самим фактом своего присутствия оказывали определенное влияние на внутриполитическую обстановку, давая импульс борьбе с профашистскими режимами551.
Объясняя действия СССР в отношении прибалтийских стран летом 1940 г. некоторые авторы указывают на активизацию антисоветских действий правительств Эстонии, Латвии и Литвы, которые заключались в посылке добровольцев в Финляндию, создании тайного военного союза — Балтийской Антанты, — издании журнала 'Revue Baltique', затяжке переговоров о размещении войск, поддержании связей и подготовке союза с Германией, на которую в первой половине 1940 г. приходилось до 70 % их сельскохозяйственного экспорта, похищении советских солдат в Литве, арестах обслуживающего советский гарнизон персонала. Тем самым воспроизводится полный набор советских обвинений 1940 г. в адрес этих стран. А.С. Орлов пишет о сосредоточении вермахта у границ Литвы 16–17 июня 1940 г., а по мнению ряда авторов, в Прибалтике на 15 июня готовились профашистские перевороты. Естественно, что подобные 'действия прибалтийских стран являлись нарушениями договоров о взаимной помощи', и это, по мнению И.Н. Венкова, привело к тому, что 16 июня 1940 г. советское руководство предложило странам Прибалтики строго соблюдать договоры и настаивало на вводе дополнительного контингента войск, на что под давлением местного населения и было получено их согласие. Правда, С.В. Волков и Ю.В. Емельянов отмечают, что эти действия СССР незаконны, хотя и были продиктованы его заботой о своей безопасности552. Доступные ныне документы позволяют критически отнестись к вышеизложенным версиям и показать, как же в действительности развивались события.
За прошедшие десятилетия так и не было доказано наличие антисоветского военного союза прибалтийских стран и его идентичность с Балтийской Антантой. Соглашение о сотрудничестве Эстонии, Латвии и Литвы — Балтийская Антанта — было подписано 12 сентября 1934 г., вызвав осуждение Германии и одобрение СССР. Обязательства о сотрудничестве не распространялись на польско-литовские отношения, соответственно Литва осталась за рамками эстоно-латвийского военного союза. В сентябре 1939 г. Сталин информировал эстонскую делегацию о том, что 'мы не против этого. Этот договор может остаться'. Проведение X (7–8 декабря 1939 г.) и XI (14–16 марта 1940 г.) конференций Балтийской Антанты вызвало настороженное отношение советских дипломатов, с неудовольствием констатировавших самостоятельность прибалтийских правительств и выражавших надежду, что они 'должны прийти к убеждению консолидации своей внешней политики со своим четвертым могучим партнером — СССР — и внешнеполитические проблемы в будущем обсуждать совместно'553. XI конференция породила слухи о присоединении Литвы к эстонско-латвийскому военному союзу, который, по мнению советских дипломатов, был направлен против СССР. Проверкой этих данных занимался советский полпред в Литве, 2 апреля известивший Москву, что 'слухи о присоединении Литвы к военному союзу пока не подтверждаются'. Правда, 23 апреля, сообщая о назначении в Литву эстонского военного атташе, он отмечал, что 'этот зигзаг явно указывает на то, что у
