июня было подписано соглашение об общих административных условиях пребывания советских войск.
В ходе беседы 9 июня новая просьба Меркиса о совместном расследовании инцидента была отвергнута Молотовым, который перешел к теме Балтийской Антанты, охарактеризовав ее как антисоветский военный союз, скрываемый от СССР. Возражения Меркиса, основанные на отсутствии каких-либо доказательств, отводились Молотовым, считавшим, что это не юридический, а политический вопрос, требующий ответа. 10 июня в Москву прибыл Урбшис, 11 июня вместе с Меркисом принявший участие в переговорах. Все предложения литовской стороны договориться и урегулировать инцидент отклонялись Молотовым, требовавшим принять меры по претензиям СССР, уволить министра внутренних дел К. Скучаса и начальника департамента политической полиции А. Повилайтиса. 12 июня советское полпредство в Литве сообщило в Москву о действиях литовской комиссии, саботирующей изучение деятельности охранки. 14 июня Молотов уведомил полпредов СССР в Финляндии, Эстонии, Латвии и Литве об отношении к Балтийской Антанте, которая 'носит на деле антисоветский характер' и является 'нарушением пактов, которыми запрещено участие во враждебных Договаривающимся сторонам коалициях'587.
В тот же день в 14 часов заместитель наркома иностранных дел СССР В.Г. Деканозов принял Урбшиса, который, сообщив об отставке Скучаса и Повилайтиса, вновь отрицал причастность литовских органов к исчезновениям советских солдат и антисоветский характер Балтийской Антанты. Казалось, ничто не предвещало резких изменений хода переговоров, но в 23.50 14 июня Урбшиса вызвал Молотов и вручил ему ультиматум советского правительства (опубликован 16 июня в 'Известиях'), согласно которому следовало предать суду Скучаса и Повилайтиса, создать правительство, которое честно выполняло бы договор о взаимопомощи, и пропустить на территорию Литвы дополнительные части Красной Армии. Разъяснив, что предполагается дополнительно ввести 3–4 корпуса (9-12 дивизий) во все важные пункты Литвы, Молотов обещал, что войска не будут ни во что вмешиваться, но новое правительство должно быть просоветским. Чтобы успокоить литовцев, им было заявлено, что это временные меры, хотя это 'будет зависеть от будущего литовского правительства'. Молотов предупредил, что, если требования не будут приняты, войска все равно будут введены немедленно. Срок ультиматума истекал в 10.00 15 июня. Получив советский ультиматум, президент Литвы А. Сметона настаивал на сопротивлении Красной Армии и отводе литовских войск в Восточную Пруссию, но генерал Виткаускас, выражавший интересы антигермански настроенных офицеров, отказался. В итоге в 9.45 утра Урбшис сообщил Молотову об удовлетворении советских требований и составе нового правительства во главе с генералом Раштикисом. В ответ Молотов заявил, что вопрос о составе правительства будет решаться в Каунасе, куда прибудет советский представитель588.
14-16 июня советские полпреды в Латвии и Эстонии информировали Москву о необходимости усиления бдительности на советских военно-морских базах, о подозрительных учениях латвийских частей, неприязненном отношении правящих кругов Латвии к СССР и о мобилизации в Эстонии. 16 июня Молотов пригласил в 14.00 латвийского посланника Ф. Коциньша, а в 14.30 эстонского посланника А. Рея и вручил им советские ультиматумы, в которых оценивалась деятельность Балтийской Антанты и содержалось требование сформировать просоветские правительства, допустить размещение дополнительных войск Красной Армии. Ввод войск (2 корпуса в Латвию и 2–3 корпуса в Эстонию) Молотов вновь представил как временную меру. Как он пояснил, новые правительства будут сформированы при участии советских представителей в Риге и Таллине. Коциньш уведомил об инциденте на советско-латвийской границе 15 июня, и Молотов пообещал разобраться. Рей обратил внимание собеседника на то, что осенью 1939 г. Балтийская Антанта не вызвала возражений СССР, и пытался смягчить условия ультиматума, поскольку никаких провокаций не было, но Молотов не стал обсуждать эти вопросы. Срок ультиматумов истекал для Латвии в 23.00, а для Эстонии в 24.00 16 июня589.
Получив советский ультиматум, Ульманис обратился к германскому посланнику Г. фон Котце с просьбой разрешить правительству и армии эвакуироваться в Восточную Пруссию, но получил отказ. В 19.45 Коциньш, а в 23.00 Рей вновь посетили Молотова и сообщили о согласии своих правительств удовлетворить советские требования. Стороны согласовали кандидатуры военных представителей для решения практических вопросов. В 22.40 Коциньш вновь посетил Молотова, проинформировав об отставке правительства. Молотов сообщил, что в Ригу поедет заместитель председателя СНК СССР А.Я. Вышинский. В 1.00 17 июня Молотов уведомил Рея о времени (5.00) и местах перехода границы советскими войсками и о том, что в Таллин будет командирован А.А. Жданов. Спустя 10 минут Молотов сообщил Коциньшу, что Красная Армия перейдет границу в 5 утра, а в районе Ново-Александровск и Янишки в 8 утра590. Соответственно, в 2.55 17 июня командующие БОВО и ЛВО получили приказ начальника Генштаба: '1. Переход латвийской границы советскими войсками начинается в 5 часов утра 17 июня… 2. Отдельные части перешедших границу советских войск вступят в города Рига, Митава, Даугавпилс, Резекне, Крейбург…'. Войскам 2-го ОСК была поставлена задача в 8.00 выступить для занятия Митавы и Тукумса591.
Пока шли дипломатические переговоры, войска 11-й и 3-й армий в течение 14 июня завершили сосредоточение и к утру 15 июня 'заняли исходные позиции, ожидали сигнала' на начало вторжения. Но в 7 часов приказом командующего БОВО проведение операции было приостановлено. В 8 часов утра на станции Гудогай начались переговоры генерала Виткаускаса и командующего БОВО генерал-полковника Д.Г. Павлова, завершившиеся в 23.10 подписанием 'Соглашения о дополнительном размещении войск Красной Армии', в котором были указаны 11 районов временной дислокации войск, порядок перевозок по железной дороге, найма рабочей силы, закупок фуража в Литве для советских войск592.
Поступившая 13–14 июня в войска директива ПУР № 5258 сс была отменена, и находившийся в Минске Мехлис подготовил новую директиву политорганам БОВО и ЛВО. Теперь основой политработы должно было стать сообщение ТАСС с советским ультиматумом; требовалось добиться политического подъема и одобрения личным составом мудрой сталинской внешней политики и всех мероприятий, направленных 'к обеспечению наших западных и северо-западных границ'. Следовало разъяснять, что согласие литовского правительства на ввод войск не решает всех проблем, существуют антисоветские элементы, которые вооружены и выжидают. Поэтому необходимо проявлять бдительность и соблюдать воинскую дисциплину, нарушения которой следует карать по законам военного времени. Политорганам следовало обеспечить хорошее отношение населения к частям Красной Армии, которые, 'вступая в Литву, выполняют исторические задачи нашей социалистической родины. Мы обеспечиваем безопасность советских северо-западных границ, выходим на выгодный стратегический рубеж, который позволит народам Советского Союза продолжать свой мирный труд, охраняя первое в мире социалистическое государство рабочих и крестьян от всяких любителей чужого добра'. В беседах с личным составом требовалось разъяснять, что 'всякая война, которую ведет государство рабочих и крестьян, является войной справедливой, войной освободительной'593.
Мирное решение советско-литовского конфликта потребовало переориентации развернутых у границ Прибалтики войск с подготовки боевых действий на беспрепятственное занятие территорий. Пока шли переговоры, войска БОВО получили боевой приказ № 2, которым устанавливались время (15.00) и места перехода границы Литвы. Командование 11-й и 3-й армий своими приказами поставило перед войсками задачу на продвижение по территории Литвы, которое началось в 15.15 15 июня. 16-й ОСК получил задачу занять Каунас и мост у Ионавы и удерживать их до подхода основных сил 11-й армии. Несмотря на соглашение сторон и приказ генерала Виткаускаса о лояльном отношении к советским частям, при переходе границы советскими войсками имели место отдельные стычки с литовскими военнослужащими, которые были либо подавлены, либо разрешены в ходе переговоров. Отмечались случаи превышения полномочий красноармейцами, сводившиеся к разоружению и пленению литовских солдат. Так, разведгруппа 185-й стрелковой дивизии, направленная на погранзаставу, перешла границу и захватила литовскую заставу, зарубив 1 солдата. Командование и политорганы пресекали подобное самоуправство и разъясняли личному составу его права и обязанности594.
15-16 июня советские войска заняли большую часть территории Литвы. 16 июня советские войска получили задачу вступить на территорию Эстонии и Латвии. В 9.00 17 июня военные уполномоченные сторон Й. Лайдонер и К.А. Мерецков (с 9 июня заместитель наркома обороны СССР) встретились в Нарве, а Д.Г. Павлов и полковник О. Удентыньш — на станции Ионишкис. Переговоры завершились соответственно в 15.00 и в 13.00 подписанием соглашений о вводе дополнительных войск, в которых были указаны места временной дислокации советских войск (9 дивизий в Латвии и 12 в Эстонии) и оговаривались хозяйственные вопросы595. Войска 8-й армии, развернутые на границе в боевых порядках 'в готовности для наступления', были вынуждены за 1–2 часа перейти в походное положение и, получив задачу занять важнейшие пункты, в 5.00 17 июня начали продвижение в Эстонию и северо-восточные районы Латвии. Части 65-го ОСК в 13.15