Карла Гагенбека К. Вахе собрал довольно большую орнитологическую коллекцию.
Он же в 1901 году организовал отлов в низовьях р. Башкаус небольшой партии горных козлов и доставил их в Гамбург.
В 1901 году по Телецкому озеру путешествовал известный ботаник, основатель ботанического сада Томского университета Порфирий Никитович Крылов. Он является автором прекрасной семитомной работы «Флора Алтая и Томской губернии».
В этом же году географ П.Г. Игнатов провел детальное, всестороннее исследование Телецкого озера. Имея поручение Русского Географического общества, П.Г. Игнатов произвел топографическую съемку береговой линии, изучал температурный режим, колебание воды, цвет, прозрачность, собрал материал по фауне и флоре озера. П.Г. Игнатов составил первую карту глубин и определил его максимальную глубину
Этим самым впервые в России были проведены фундаментальные лимнологические исследования этого горного водоема.
В 1912 году известный зоолог П.П. Сушкин исследует прителецкий район, изучая орнитофауну озера.
Таким образом, различные по составу и заданиям экспедиции, перечень которых здесь далеко не полный, собирают богатейший материал об этом уникальном водоеме. К этому времени наука накопила богатейший исследовательский материал. Уже имелись подробные описания растительного и животного мира, геологического строения Алтайских гор, географии, работы по истории, этнографии и т.д. однако оставался спорным вопрос о происхождении котловины Телецкого озера.
Выдвигались две гипотезы: тектоническая и гляциологическая. Впервые гипотеза о тектоническом происхождении котловины озера была высказана еще П.А. Чихачевым в 1845 году.
Подробно изучавший озеро географ П.Г. Игнатов поддержал это предположение. Но в 1914-1916 годах финский ученый И.Г. Гранэ высказал мысль о ледниковом происхождении котловины озера. Согласно его теории котловина озера образовалась в ледниковый период в результате выпахивающего действия громадного ледника.
Несколько позднее целая группа ученых, изучавшая Телецкое озеро в разные годы, приходит к выводу и приводит доказательства тектонического происхождения озера: В.Н. Таганцев (1915 г.),
Однако некоторые ученые, в частности, Н.Л. Бубличенко отстаивает гипотезу ледникового происхождения.
Сейчас тектоническая гипотеза происхождения котловины озера считается общепризнанной.
В 1919 году открылся первый водомерный пост на озере, положив начало систематическим наблюдениям загадочного водоема. Несколько позднее открываются метеостанции и, хотя эти учреждения иногда оставались бесхозными и даже закрывались, однако постепенно расширялись, укрепляя свои позиции, и с 1931 года начались регулярные ежедневные, всесторонние наблюдения за всем комплексом природных явлений на озере.
Подробную и разностороннюю работу по исследованию Телецкого озера выполнила С.Г. Лепнева в 1928-1931 годах по заданию Государственного гидрологического института. Ею собран богатейший материал по природе озера и выполнены широкие лимнологические исследования. С.Г. Лепнева в научных кругах считалась лучшим знатоком этого своеобразного водоема.
Примерно в эти же годы О.А. Алекиным была изучена гидрохимия Телецкого озера и озер Прителецкого района.
Важнейшим событием явилось создание на Телецком озере крупнейшего в стране Алтайского государственного заповедника, который охватил значительную часть бассейна Телецкого озера и верховья реки Большой Абакан.
Этому предшествовала большая работа организованного в 1918 году Отдела охраны природы Главнауки Наркомпроса РСФСР. Инициатором создания этого отдела и первым его руководителем был талантливый ученый, путешественник Франц Францевич Шиллингер. Он же являлся главным организатором Центрального управления по делам охоты при Наркомземе и Всероссийского общества охраны природы. Работая в сибирских экспедициях, Шиллингер путешествует по Саянам, Алтаю, Прибайкалью, непосредственно руководит экспедициями по проектированию Алтайского и других заповедников. Именно Шиллингер составляет проект создания заповедника на Телецком озере.
В 1929 году комплексная экспедиция отдела охраны природы при Главнауке, под руководством профессора ботаники В.И. Баранова путешествуя по Алтаю и Западному Саяну, практически охватила всю будущую территорию заповедника.
По окончании работы В.И. Баранов представил главному управлению по заповедникам справку с соображениями по территориальному вопросу организации заповедника, поддержав, таким образом, проект Шиллингера. Экспедицию в качестве проводника вел широко известный в охотничьих кругах, опытный таежник Д.М. Молоков, впоследствии, начиная с 1932 года и по год ликвидации в 1951 году, работал в заповеднике в должности старшего наблюдателя.
Заповедник был организован постановлением ВЦИК и Совнаркома РСФСР от 4 мая 1930 года. Местные органы - Ойротский и Хакасский облисполкомы в декабре 1931 года специальными постановлениями признали целесообразным открытие заповедника.
Первоначально территория занимала свыше 1 млн. гектаров, сейчас 864 тыс. гектаров (охватывает правобережье озера и правобережье реки Чулышман, включая уникальное высокогорное озеро Джулуколь).
Цели и задачи Алтайского госзаповедника были определены специальным положением. Вот как говорилось в положении: «Алтайский государственный заповедник учреждается в целях сохранения, восстановления и обогащения генетических фондов ценных охотопромысловых животных Алтая: соболя, колонка, белки, марала, лося, косули, кабарги, северного оленя, алтайской горной индейки и др., и сохранения характерных участков горного Алтая, водного режима, растительности».
Отсюда вытекали конкретные задачи:
1. Охрана и изучение охотничье-промысловых животных...
2. Общее изучение природы заповедника как среды, в которой обитают эти промысловые животные.
3. Охрана и изучение растительного покрова Алтайских гор, в частности, исследование растительности заповедника в целях использования ее в народном хозяйстве и в качестве кормовой базы.
Алтайский заповедник развернул широкую деятельность по изучению природы бассейна озера. Главной базой управления был выбран небольшой поселок Яйлю.
Здесь в короткое время были построены жилые дома, здание управления заповедника с хорошими кабинетами, библиотекой, музеем. В поселке расположилась метеостанция и водомерный пост. Был создан научный отдел, который стал проводить стационарные исследования. Научная работа в заповеднике началась с 1934 года.
С открытием заповедника на Телецкое озеро буквально хлынул поток людей, желающих работать в такой интересной организации. И тихая спокойная жизнь на озере заметно оживилась. В охрану заповедника принимали таежников, знатоков дикой природы, которые практически были всегда правой рукой научного отдела.
Многие наблюдатели своими знаниями растительного и животного мира оказали огромную помощь в сборе информации и создании научных трудов. Особенно следует упомянуть наблюдателей: Д.М. Молокова, лучшего знатока Горного Алтая и Западного Саяна, Деменева И.Ф., большого знатока лекарственных растений и методов их применения в народной медицине. Кроме этого, И.Ф. Деменев был непревзойденный охотник-капканщик.
Выделялись своими знаниями природы наблюдатели Ф.И. Табакаев, С.К. Кебезеков, Г.Н. Андадиков, А.И. Кулебакин, Е.Г. Шеинов, Собьяш Казандыков, Василий П, Пыжанкин, П.Ф. Унучаков, М.И. Анферов и др. Они составили костяк охраны заповедника.
Для организации подсобного хозяйства были приняты на работу опытные крестьяне в основном из староверов. Особенно выделились М.О. Ощепков, И.С. Брыляков, П.Ф. Казанин (близкий родственник