Иокогамы проездом через Гонконг в Бомбей. В Гонконге заявил, что к борьбе против большевиков относится скептически, не веря «в победу над революционной армией». Посланцы Семенова просили Колчака стать во главе начатого есаулом антибольшевистского движения, на что он ответил, что выступать против красных рано. В дороге был отозван на Дальний Восток по просьбе Кудашева, где ему поручили организацию антибольшевистского фронта. До апреля 1918 г. не участвовал в выработке первоначального плана действий групп Хорвата – Путилова, но был посвящен в него. С апреля по сентябрь 1918 г. адмирал Колчак занимается формированием вооруженных сил для борьбы с «германо-большевиками», находясь на Дальнем Востоке, в Харбине. Летом 1918 г. имел столкновение с японским генералом Накашимой из-за поддержки им атаманов. Обвинил Накашиму в стремлении помешать русским создать здоровую военную силу. Некоторое время входил в состав Дальне-Восточного Комитета Хорвата. Вступает в противоречия при этом с Семеновым, Хорватом, Калмыковым, которые едва не переросли в противостояние с первым до вооруженного конфликта на почве неприятия Колчаком бесчинств семеновцев и активной ориентацией дальневосточных белогвардейцев на Японию. В это время Колчак находился на посту командующего русским войсками в полосе отчуждения КВЖД, инспектировал разные подразделения. На станции Маньчжурия была первая и последняя бурная встреча Семенова с Колчаком. Колчак неудачно требовал от первого беспрекословного подчинения Хорвату, прекращения враждебных акций против Китая, смены политической ориентации с Японии на Англию и Францию, которых он считал истинными союзниками России. Летом 1918 г. выехал в Японию на переговоры с военным командованием, где находился фактически под арестом. Считая свою деятельность на Дальнем Востоке невозможной в условиях всеобщей анархии и всевластия местных атаманов, отправился в расположение генерала Деникина, однако 4 ноября 1918 г., прибыв в Омск, по настойчивому предложению тогдашнего главнокомандующего силами Директории генерала Болдырева принимает должность военного и морского министра. 18 ноября 1918 г. в результате организованного правыми силами переворота становится Верховным правителем России и лидером антибольшевистских сил на востоке страны. Совет министров Омского правительства выбрал его почти единогласно Верховным правителем, но выступил за ограничение его прав, с разделением власти между Колчаком и Советом министров. В то же время Съезд торговопромышленников в Уфе выступал за максимальную централизацию власти в руках Колчака, однако это не было утверждено правительством. Колчак был признан почти всеми представителями антибольшевистского сопротивления, кроме Семенова, который сначала отказался признать переворот, а потом выступал против суда над офицерами-переворотчиками. В ответ на это Колчак, по советам своего окружения, главным образом Лебедева, Михайлова и Сукина, издает приказ № 61, которым лишает Семенова всех чинов и должностей и предает его военно-полевому суду. Во многом этот и другие поступки Колчака объяснялись его несдержанным и неуравновешенным характером, а также замкнутостью и «кабинетностью» адмирала. Отдал приказ Дитерихсу арестовать членов Комуча в Уфе за их подрывную деятельность против объединения антибольшевистских сил под властью Верховного правителя. В первый месяц своей власти Колчак уделял главное внимание армии, посещал войсковые казармы, части на фронте. По приказу № 73 Колчака от 12 декабря 1918 г. была создана Отдельная бригада морских стрелков при морском министерстве. Увидев, что многие солдаты не имеют зимнего обмундирования, Колчак во время сильного ветра и мороза снял с себя теплые вещи, чтобы тем самым показать рядовому составу свое возмущение тылом, неспособным обеспечить нужды армии, отказавшись одеться, несмотря на просьбы высшего комсостава. Из-за этого почти на месяц заболел воспалением легких и находился почти при смерти. Во время болезни общение с ним монополизировали Лебедев, Сукин, Тельберг. Осудил зверское убийство офицерами и казаками членов Комуча после подавления большевистского мятежа 22 декабря 1918 г. в Омске, находившихся в тюрьме. Прислал на похороны эсера Фомина своего адъютанта. Обещал наказать виновных, но этого сделать не удалось, так как в этом были замешаны высшие должностные лица Белой Сибири. В это время он направляет IV Сибирский корпус генерала Волкова для подавления выступления Семенова, что не удалось из-за разоружения Волкова японцами. Вследствие этого отношения с Японией были испорчены до самого конца пребывания Колчака у власти. 20 января 1919 г. (по другим данным – 29 января 1919 г.) на торжественном открытии и 1-м заседании Сената он принимает присягу «служить государству Российскому, не щадя жизни и памятуя единственно о возрождении и преуспевании его». При этом Колчак обязался верховную власть осуществлять согласно с законами государства, «до установления образа правления, свободно выраженной волей народа». Отказался от предложений Эллиота и Реньо принять совместное с большевиками участие в конференции на Принцевых островах, несмотря на уверения их в том, что это мероприятие превратится в «мирный суд» над большевиками. Сибирские спекулянты надавили на Колчака с целью снять государственную монополию на продажу винной продукции. Несмотря на то что давление на Верховного правителя оказывал даже архиепископ Омский Сильвестр, Колчак в этом вопросе остался непоколебим, обругав сибирских торговопромышленников и биржевые комитеты, ничем не помогавшие насытить денежный голод на востоке России и, по его словам, «не приносящие никакой пользы». В ответ на это Колчак получает от председателя Совета съездов торговли и промышленности Гаврилова фамильярное письмо, в котором тот обвинил Верховного правителя в неправоте его действий по отношению к «предпринимателям». В феврале 1919 г.
направил в Читу чрезвычайную следственную комиссию и делегацию, среди которых выделялись Катанаевы и Красильников, для расследования дела Семенова. По мнению советских историков, эта миссия не удалась из-за противодействия Семенова расследованию. По данным самого Семенова, комиссия не нашла ничего преступного в его поступках, обнаружив, что он только содействовал скорейшему продвижению грузов по железной дороге в Омск, а не мешал этому, в чем его обвиняли. Якобы после этого Колчак отменил действие приказа № 61 и наградил Семенова внеочередными воинскими чинами и назначениями. С 3 июня 1919 г., после признания его генералом Деникиным, в городе Омске провозглашается Верховным правителем России. Зимой – весной 1919 г. под руководством Колчака белогвардейские армии на востоке России нанесли ряд крупных поражений красным силам, захватив Урал. Колчак лично выезжал на фронт для смотра войск и поддержания их морального духа, в чем его поощрял генерал Нокс – личный друг адмирала. В то время широко распространялись слухи, что «Колчака сделал Нокс». Колчак выехал на фронт на бронепоезде 8 февраля 1919 г. и прибыл на круг Оренбургского казачьего войска в город Троицк, на котором его казаки бурно приветствовали. После этого по железной дороге от Златоуста он тайно прибыл на передовую, сошел с бронепоезда в 1 километре от белых сторожевых охранений и проник в перевязочную, где раздал боевые награды солдатам. Это прибытие Колчака на позиции 13 февраля 1919 г. 6-го Уральского корпуса 12-й пехотной дивизии, где белые терпели неудачи, привело к успеху – красным было нанесено поражение, – воодушевленные белые солдаты отбили у большевиков несколько деревень. После этого Колчак едет на Северный фронт, к Перми, на Мотовилихинский пушечный завод, где смог очаровать собой местных рабочих обходительностью и знанием рабочего дела. На фронте Верховный правитель неоднократно бывал под обстрелами. Из-за этого высший комсостав Сибирской армии не хотел его пускать дальше по фронту под предлогами «порчи» железнодорожного пути. Колчак продолжал путь на лошадях. В районе Перми Колчак постоянно встречался с общественностью, разъясняя программу и цели правительства, высказываясь в пользу передачи земли крестьянам, за непримиримую борьбу против большевиков, за единение общества в этом. Допустив делегацию крестьян в свой вагон, пил с ней чай. Прибыв на торжественное заседание Екатеринбургской думы, констатировал отсутствие разногласий с ней, выступил в пользу укрепления мелких крестьянских хозяйств за счет крупных. Однако успех поездки был омрачен инцидентом в Екатеринбурге на железнодорожном вокзале, когда часовой-серб убил чехословацкого офицера Тихого. С этого времени и без того сложные отношения между чехословаками и белогвардейцами еще больше осложнились. Верховный правитель 14 марта 1919 г. издал приказ, который, по Г. К. Гинсу, милитаризировал всю Сибирь в целях обеспечения государственного порядка и общественного спокойствия на территории железных дорог, не входящих в прифронтовую полосу. Военное положение там, по Колчаку, должно было осуществляться главным начальником военных сообщений или его заместителем, а вне полосы отчуждения – командующими округов через начальников гарнизонов. Колчак в то же время не был дипломатом и упустил представлявшиеся выгоды от союза с Японией, несмотря на то что японское командование в марте 1919 г. прислало в Омск своим представителем адмирала Танаку – хорошего знакомого Верховного правителя по Одессе. Колчаку, несмотря на словесные обещания торгово-промышленных кругов о помощи, так и не удалось получить от них реальную поддержку. Их представители регулярно посещали Колчака, выражая на словах поддержку действиям адмирала и добиваясь привилегий себе по тому или другому вопросу (19
