Лишь в начале января 1807 г. был утвержден разработанный управляющим морским министерством П.В. Чичаговым план войны с Турцией. В общих чертах он сводился к следующему:
1. Прорыв Черноморского флота в Босфор и высадка здесь 15–20 тысяч десанта.
2. Прорыв Средиземноморской русской эскадры совместно с английскими кораблями сквозь Дарданеллы.
3. Отвлечение сил противника от Константинополя действиями Дунайской армии.

Первый пункт плана Чичагова был абсолютно нереалистичен. После смерти Екатерины Черноморскому флоту не уделялось должного внимания, он ослаб количественно и качественно. Руководили Черноморским флотом бездарные иностранцы, безразличные к интересам Русского государства. С 1800 г. главным командиром Черноморского флота был немец Вильям Фондезин, а в 1802 г. его сменил французский эмигрант маркиз де Траверсе.
Их стараниями Босфорская операция была отменена на стадии планирования.
Выполняя второй пункт плана Чичагова, Сенявин 10 февраля 1807 г. повел эскадру к Дарданеллам. В ее составе было 10 кораблей, фрегат и шлюп. На корабли было посажено 1700 русских солдат и легион албанских стрелков (270 человек).
В Которской бухте были оставлены три корабля, фрегат и несколько легких судов, которые должны были поддерживать сухопутные войска, оборонявшие Которскую область.
У Корфу был оставлен один корабль, один фрегат и легкие суда, которые должны были оборонять Ионические острова и не допустить высадку десанта противника.
Еще в декабре 1806 г. Сенявин вступил в переписку с английским адмиралом Коллингвудом о совместной операции по прорыву Дарданелльских укреплений. Естественно, сразу же возник вопрос — кто главней? Англичане хотели прибрать к рукам турецкий флот и установить контроль над Проливами. Соответственно, они хотели полностью руководить операцией и соглашались взять под свое командование лишь часть русских кораблей. Сенявин же сам хотел командовать объединенным флотом. В конце концов, Коллингвуд решил обойтись без русского флота и отдал приказ эскадре Дукворта прорываться в Дарданеллы еще до подхода Сенявина.
19 февраля 1807 г. Дукворт пошел на прорыв. При свежем попутном ветре 7 кораблей, 3 фрегата и 2 бомбардирских корабля прошли Дарданеллы, понеся ничтожные потери. При выходе из пролива англичане еще и разгромили турецкую эскадру. И за все заплатили 38 убитыми и 100 ранеными.
Но затем вместо решительной атаки Константинополя английский адмирал вступил с турками в длительные переговоры. Тем временем турки под руководством французских специалистов укрепили оборону Константинополя, выставив на берег свыше 1000 пушек и 200 мортир. Дукворт не рискнул атаковать Константинополь и 1 марта двинулся обратно. На сей раз турки подготовились к обороне Дарданелл, и при обратном переходе через пролив англичане потеряли 197 человек убитыми и 412 ранеными.
24 февраля эскадра Сенявина, прибыв к Дарданеллам, стала на якорь рядом с английской эскадрой Дукворта.
19 июня произошло новое морское сражение, получившее название Афонского. Русским удалось захватить турецкий корабль «Сед-эль-Бахри», а на следующий день турки уничтожили окруженные русскими кораблями свой корабль и два фрегата.
После Афонского сражения англичане предложили Сенявину начать совместную операцию в Проливах. Однако через три недели после Афона произошло Фридландское сражение, а еще через 11 дней (25 июня 1807 г.) Александр I и Наполеон подписали Тильзитский мир. Обстановка написания этого мирного договора и значение его для России в целом выходят за рамки данной работы, поэтому я остановлюсь лишь на аспектах договора, касающихся русско-турецких отношений.
Тильзитский договор состоял из собственно договора и секретных статей. Любопытно, что секретные статьи полностью так и не были раскрыты, и я вынужден опираться на русский перевод того, что было рассекречено французским министерством иностранных дел.
В статье 22 договора было сказано: «Русские войска удалятся из провинций Молдавии и Валахии, но войска Его Высочества [султана. —
Статья 23 предусматривала посредничество Наполеона в русско-турецких мирных переговорах.
Статья 24 в какой-то мере дезавуирует статью 22 и ряд других. В ней говорится, что сроки вывода войск, «равно как и способы выполнения других статей, входящих в настоящий договор, будут установлены особым договором».
Согласно секретным статьям, русские должны были передать французам район Котора. Ионические острова должны перейти «в полную собственность и державное обладание» Наполеона. Александр I «обязуется признать Е.В. Короля Неаполитанского Жозефа-Наполеона Королем Сицилии непосредственно после того, как Король Фердинанд IV получит в вознаграждение Балеарские острова или остров Кандию, или что-либо иное такого же значения». То есть Александр I признавал оккупацию Наполеоном Южной Италии, заранее одобряя вторжение французов в Сицилию.
В итоге Россия была принуждена заключить унизительный договор с Турцией. Русская армия и флот должны были отдать свои базы на Ионических островах французам и убираться из Средиземного моря. Население Ионических островов, принявшее русское подданство, вероломно выдавалось французам. Вот во что обошлось вмешательство Александра в германские дела.
Победители турок при Афоне не только должны были все бросить и уйти. Тильзит сделал последних союзников Сенявина — Англию и Фердинанда IV — врагами.
Ни Александр I, ни его приближенные в Петербурге даже не пытались понять ситуацию на Средиземном море. 28 июня царь подписал указ Сенявину: судам, числящимся в Балтийском флоте, идти в Кронштадт, а судам, числящимся в Черноморском флоте, идти в Севастополь. Причем указ, благодаря петербургским бюрократам, дошел до Сенявина аж 23 августа. Царь и не думал о штормах и бурях в Средиземном море и Атлантике в осенний и зимний период.
К этому времени русский флот на Средиземном море был разделен на две эскадры. Большая эскадра непосредственно под командованием Сенявина находилась в Эгейском море, а эскадра капитана-командора И.А. Баратынского вела боевые действия против французов в Адриатике. В ее составе были корабли «Св. Петр», «Москва», трофейный корабль «Сед-эль-Бахри», фрегат «Михаил» и ряд малых судов.
19 сентября 1807 г. Сенявин вышел из Корфу и направился к Гибралтарскому проливу. Вместе с ним шло 9 кораблей («Рафаил», «Мощный», «Сильный», «Скорый», «Селафаил», «Ретвизан», «Св. Елена», «Твердый», «Ярослав») и фрегат «Кильдюин». Сенявин планировал пройти из Корфу до Копенгагена (свыше 3000 миль) без захода в порты, что до него не делала ни одна русская эскадра. Но после прохода Гибралтара русская эскадра встретилась с сильным противным ветром, не прекращавшимся в течение 20 суток. Из-за повреждений кораблей эскадра была вынуждена 30 октября 1807 г. зайти в Лиссабон. Португальская королева приветливо и доброжелательно встретила русских и обещала помочь в ремонте. Но в это время наполеоновские войска вторглись в Португалию. 18 ноября войска генерала Жюно заняли Лиссабон.
Между тем в октябре 1807 г. Александр I объявил войну Англии. Поначалу царь по просьбе Наполеона подчинил русскую эскадру в Лиссабоне русскому послу в Париже Толстому. А 1 марта 1808 г. и вовсе подчинил Сенявина Наполеону. Этот указ был вручен Сенявину 8 апреля 1808 г. К этому времени англичане начали теснить французов на Пиренейском полуострове. Генерал Жюно несколько раз предлагал Сенявину принять участие в боевых действиях против англичан, но каждый раз получал вежливый отказ.
9 сентября 1808 г. Жюно потерпел поражение в битве у Веми-Эйро и капитулировал. По условиям капитуляции остатки войск Жюно на английских транспортах были перевезены во Францию. Там же было сказано, что порт Лиссабон остается нейтральным для русской эскадры. Но командующий английской эскадрой, блокировавшей Лиссабон, адмирал Коттон, отказался признать условия капитуляции и потребовал сдачи русских кораблей. Заметим, что англичане всегда соблюдали лишь те договоры и соглашения, которые устраивали их, вспомним отказ Нельсона принять условия капитуляции в Неаполе.