Одна из лучших дум Рылеева — «Борис Годунов». Когда он ее писал, вышел еще только девятый том «Истории» Карамзина, тогда как образ Годунова, сходный с рылеевским, у Карамзина появится в томе одиннадцатом (он выйдет в 1824 году). Но у Рылеева был материал, изложенный с необходимой полнотой, — это «Сокращенная библиотека в пользу господам воспитанникам Первого кадетского корпуса» П.С. Железникова (изданная в Петербурге в 1804 году), — отличная хрестоматия, по которой учился Рылеев в этом самом корпусе. Греч впоследствии отметил даже, что эта книга способствовала развитию в Рылееве революционных идей. В русском литературоведении не раз отмечалось сходство думы Рылеева и трагедии Пушкина «Борис Годунов».
Особенно близок к думе Рылеева монолог Годунова «Достиг я высшей власти»:
Версии Рылеева, Пушкина и Карамзина совпали. Карамзин говорит о «злодейском убийстве» царевича Дмитрия в Угличе, о том, что Годунов, подославший убийц, являет собой «дикую смесь набожности и преступных страстей».
В упоминавшейся книге Железникова, которую Рылеев знал с детства, говорилось следующее: «Борис Годунов был один из тех людей, которые сами творят блестящую судьбу свою и доказывают чудесную силу натуры… Принимая венец, Годунов со слезами клялся быть правосудным, человеколюбивым, отцом народа. Он старался исполнить обет свой. Летописцы наши, столь неохотно отдающие ему справедливость, признаются, что Борис «любил в судах правду» и что в его время не лилась кровь на эшафотах… Царь Борис хотел ввести в России науки с художествами… хотел употребить все способы для просвещения России… И сего монарха, о котором Петр Великий отзывался с уважением, летописцы наши не стыдятся описывать безумным злодеем».
Историки наших дней подтверждают мнение Железникова. Погубила Годунова необдуманная мера по отношению к крестьянам — отмена Юрьева дня, когда крепостные могли переходить от одного помещика к другому. Неурожайные годы, голод довершили дело — крестьянские бунты переросли в целую войну. Появился Лжедмитрий…
Годунов у Рылеева, несмотря на муки совести, полон стремления к добру:
Пушкин впервые прочел думу Рылеева в «Полярной Звезде» на 1823 год. В письме к брату из Кишинева он сетовал, что в альманахе его стихотворение «Война» (в «Полярной Звезде» — «Мечта воина») «напечатано с ошибочного списка —