1 октября 1988 года Крючков ушел из разведки на повышение, став председателем КГБ. Вопрос о его преемнике решался долго. Несколько месяцев обязанности руководителя первого Главного управления исполнял Вадим Кирпиченко. В иной ситуации он бы и возглавил разведку. Но генералу Кирпиченко уже исполнилось шестьдесят шесть лет. Горбачев же требовал выдвигать молодых.
У Крючкова был очевидный фаворит — еще один заместитель начальника разведки Виктор Грушко. Ему еще не было шестидесяти. Но, видимо, эта кандидатура не прошла. В январе 1989 года Крючков передал Шебаршину свой кабинет и всю советскую разведку. 24 января Леонида Владимировича принял Генеральный секретарь Горбачев с кратким напутствием.
В пятьдесят три года Шебаршин оказался во главе огромной разведывательной империи. Численность первого Главного управления в те годы, по некоторым данным, составляла почти двенадцать тысяч человек. Каждый год на первый курс Краснознаменного Института имени Ю.В. Андропова принимали триста человек.
Но с катастрофической быстротой менялась жизнь в стране, и рушились устои работы советской разведки. Горбачев налаживал отношения с Западом, прежде всего с Соединенными Штатами. Он нуждался в помощи разведки, чтобы правильно понимать действия своих новых партнеров и прогнозировать их шаги. Но привычка видеть в американцах врагов мешала такому анализу, а отказаться от такой привычки разведчики не могли, да и не очень хотели. Для большинства из них картина мироздания оставалась прежней. Политика Горбачева поначалу представлялась им тактикой, а потом воспринималась в штыки.
Сам Шебаршин, более гибкий, чем большинство его подчиненных, старался приспособить жизнь первого Главного управления к требованиям времени. В декабре 1989 года начальник разведки впервые выступал публично — перед студентами МГИМО, учебного заведения, которое он сам закончил. В январе следующего Леонид Владимирович держал речь перед рабочими авиационного завода «Знамя труда». В апреле в «Правде» появилось первое интервью с начальником разведки.
В феврале 1990 года председатель КГБ Крючков представил президенту Горбачеву годовой доклад об итогах оперативно-служебной деятельности.
Отчет разведки стоял на первом месте:
«Важное значение придавалось добыванию документальных секретных материалов руководящих органов капиталистических государств и их военно-политических блоков, в том числе путем перехвата и дешифрования корреспонденции, приходящей по различным системам связи.
Осуществлен ряд крупномасштабных активных мероприятий в целях оказания долговременного выгодного воздействия на влиятельные зарубежные круги…
На научно-техническом направлении разведке Комитета удалось добыть ряд остро необходимых для оборонных отраслей промышленности образцов и документальных материалов…»
Отдельно говорилось об успехах управления внешней контрразведки, также подчиненного Шебаршину:
«Обеспечивалась безопасность советских учреждений и граждан за рубежом. Сорвано большое число провокационных акций спецслужб противника, в том числе направленных против сотрудников разведки. По информации КГБ досрочно отозваны из-за границы 274 советских гражданина. Не удалось предотвратить невозвращение на родину 118 советских граждан».
Телеграммы, поступавшие от резидентов, обрабатывали в информационно-аналитическом управлении первого Главного управления. Три раза в день начальник управления или его заместители докладывали свежие сообщения начальнику разведки. Самое важное за его подписью отправлялось Крючкову. Он решал, какую информацию докладывать Горбачеву, какую — членам политбюро. Все документы, исходившие из комитета, подписывал председатель.
По должности Шебаршин был и заместителем председателя КГБ. Ему оставили второй кабинет — на седьмом этаже главного здания на Лубянке, где до него сидели все начальники разведки, начиная с Фитина. Шебаршин приезжал в главное здание на заседания коллегии комитета или просто, чтобы пообедать с руководством КГБ, узнать последние новости, почувствовать, чем живут его коллеги. За обедом Крючков бывал откровеннее, чем в кабинете.
Крючков продолжал пристально следить за делами в разведке, что не очень радовало Шебаршина. Даже став членом политбюро, Владимир Александрович жил на даче в разведгородке, и генералы из первого Главного управления не упускали случая за спиной Шербаршина доложить председателю, что происходит в разведке.
Время от времени Крючков давал Шебаршину поручения, выходящие за рамки обязанностей начальника разведки. Летом 1990 года Шебаршину пришлось отправиться в Краснодар с невыполнимой задачей — помешать избранию бывшего генерала Олега Калугина народным депутатом СССР. Крючков своим приказом лишил Калугина генеральского звания и пенсии и тем самым обеспечил ему народную поддержку.
Участия в августовском путче 1991 года Шебаршин не принимал. Председатель КГБ Владимир Крючков таланты Шебаршина ценил, но у него были люди и поближе — их он и втянул в путч. Возможно, тогда Шебаршину было неприятно, что он не в числе приближенных. Зато в августе 1991 года он не попал в тюремную камеру.
Шебаршин пишет, что летом 1991 года он предложил Крючкову пересмотреть отношение к Ельцину: Горбачев не сумеет удержать страну от распада, нравится нам Ельцин или нет, стоит ориентироваться на Ельцина и Россию.
— Уверен, что у нас нет иного пути.
Крючков не стал спорить с Шебаршиным, напротив, поддержал его предложение развивать контакты с новой российской властью:
— Подумаем еще… Работайте, посылайте побольше информации Борису Николаевичу.
Главным любимцем Крючкова был генерал-полковник Виктор Федорович Грушко. Он был старше Шебаршина на пять лет. Как и Шебаршин, окончил Московский государственный институт международных отношений и был распределен в МИД. Работал в Норвегии и в центральном аппарате министерства. Его тоже пригласили на работу в КГБ. В 1960 году он приступил к занятиям в «школе №101». Как знающего иностранный язык и имеющего опыт дипломатической работы, его через год отправили в первое Главное управление.
Грушко трудился в третьем (англо-скандинавском) отделе, который занимался Англией, Ирландией, Австралией, Новой Зеландией и Скандинавскими странами. В 1972 году стал заместителем начальника отдела, затем возглавил третий отдел.
В 1980 году Крючков сделал Грушко своим заместителем. Виктор Федорович получил дачу в поселке в Ясенево, это была важнейшая привилегия руководителей первого Главного управления. Из норвежской резидентуры помимо Грушко вышли еще два генерала. Геннадий Федорович Титов стал помощником Крючкова и сменил Грушко на посту начальника третьего отдела. Таким же путем шел и Владимир Иванович Жижин. Он стал помощником Крючкова. Когда Крючков стал председателем КГБ, возглавил его секретариат. В начале 1991 года Крючков вернул его в разведку, назначил на должность, освободившуюся после ухода Титова. Возможно, имея в виду поставить Жижина, начальника своего секретариата, во главе разведки, как это сделал когда-то Андропов.
Но Владимира Жижина, самого молодого генерала в КГБ, подвела близость к начальству: он принял участие в путче в августе 1991 года и лишился должности.
Крючков забрал Грушко из разведки и сделал начальником второго Главного управления (контрразведка) — вместо отправленного на пенсию генерал-полковника Ивана Алексеевича Маркелова, затем назначил своим первым заместителем.
Грушко и его помощник полковник Алексей Егоров были среди главных разработчиков планов введения чрезвычайного положения в стране. Грушко все августовские дни был рядом с Крючковым, даже ночевал на Лубянке.
Крючков использовал для встреч с будущими членами ГКЧП гостевой дом разведки и объект АБЦ на Ленинском проспекте. Накануне звонил Шебаршину, спрашивал, свободен ли дом, просил подготовить ужин.
Грушко позвонил Шебаршину 18 августа днем и от имени Крючкова приказал привести в боевую готовность две группы сотрудников отдельного учебного центра — по пятьдесят человек каждая.
— А какое задание? — поинтересовался Шебаршин.
