двоеперстию учил Максим Грек и его противник — митрополит Даниил, что Стоглавый собор узаконил двоеперстие окончательно, конечно потому, что за такое именно перстосложение говорила собору, вся известная ему русская древность, большим знатоком, любителем и собирателем которой был председатель Стоглавого собора митрополит Макарий, человек для того времени очень сведущей во всей русской старине. Конечно, по крайней мере для некоторых членов собора, вероятно было очень трудно и тяжело признавать, что двоеперстие заключает в себе неправославное учете о св. Троице и ересь несторианскую, — так как все члены собора, не исключая и самого Никона до патриаршества, крестились доселе двумя перстами, вовсе не соединяя с этим какого либо неправого учения о св. Троице и ни мало не склоняясь, ради этого, в несторианскую ересь. Но под влиянием подавляющего примера бывших тогда в Москве восточных святителей и, главным образом, под давлением страшного и скорого на самую суровую расправу Никона, мнете которого к тому же им ранее заявлено было настолько ясно и определенно, что не допускало никаких сомнений и возражений, им оставалось одно: или безусловно подчиниться желанию Никона, или же, по всем памятному примеру Павла Коломенского, после позора и истязаний, отправиться в заточение. Естественно было, что святители избрали для себя первый путь — путь полного смиренного подчинения желаниям Никона, хотя бы ото и не согласно было с их личными убеждениями.
В виду указанных обстоятельств, враги Никона и его реформы могли смотреть и на собор 1656 года также, как и на предшествующее, т. е. как на личное только дело Никона и его друзей — восточных иерархов-милостынесобирателей, тем более, что присутствовавший на этом соборе и подписавшийся под его деяниями вятский епископ Александр, впоследствии открыто выражал свои сомнения в правильности произведенных Никоном церковных реформ.
Пользуясь присутствием в Москве антиохийского патриарха Макария, поощряемый им и опираясь на его авторитет, Никон спешил провести и другие перемены в нашем церковном чине и обряде, чтобы достигнуть их полного соответствие с тогдашнею греческою церковною практикою. Он просил Макария не опускать из внимания и исправления, ни одной ошибки, ни одного отступления, какие только онзаметить в нашей церковной практике. Павел Алепский свидетельствует, как очевидец: «Никон постоянно просил нашего учителя (т. е. патриарха Макария), говоря ему: «если что найдешь достойное порицания в чине наших обрядов, скажи нам об этом, дабы мы поступали, как должно», и, обыкновенно, принимал его советь с величайшим вниманием». Или, например, Павел говорит: «Никон всегда предлагал нашему владыке патриарху (т. е. Макарию), когда он служил с ним, совершать рукоположение, ибо искал в этом пользы, чтобы видеть, чьи обряды лучше, и постоянно спрашивал его о всяком предмете, дабы извлечь для себя пользу». Макарий действительно очень ревностно старался указывать Никону «на недостатки и неблагоприличные действия, существующие у русских», как выражается Павел Алепский, а Никон, с своей стороны, немедленно приводил в исполнение указания Макария, смело переделывая русскую церковную старину на современный греческий лад. Как это иногда происходило, помимо выше указанных случаев, видно и из следующего рассказа Алепского: «патриарх Никон постоянно просил нашего учителя написать для него чин обновления храма и весь порядок этого чина, согласно обряду греков... дабы он мог видеть, согласуется ли таковой с их обрядом. По этому поводу мы очутились в большом затруднении, потому что чин «обновления храма» не содержится в печатных греческих Ёвхологиях, ни в арабских, ни в иных, но совершенно отсутствует в них, ибо, после самых тщательных поисков, наш учитель не нашел его. Проискав долгое время, мы нашли, по наитию свыше, в одной из книг Св. Горы, древнее греческое сочинение по этому предмету, и наш владыка патриарх с большим трудом перевел его с греческого на арабский. Как только он кончил это, патриарх Никон, по собственному понуждению, пришел к нему под вечер в понедельник Пятидесятницы и просил его освятить церковь и совершить всю службу по-гречески... За службой присутствовал архидиакон московского патриарха с несколькими писцами, чтобы записать весь чин». Иногда же дело происходило проще, т. е. Макарий делал указание Никону единственно только на основании того, как сам знал и представлял себе известное церковное действие и Никон, руководствуясь его указанием, без всякого исследование и проверки, немедленно производил ту или другую перемену в каком либо русском церковном чине. Так в Великий четверг (1655 г.) в московском Успенском соборе, в присутствии обоих патриархов, все было приготовлено к совершению чина елеосвящение, причем в большую чашу налито было одно масло, а рядом с нею поставлен был кувшин с вином и еще чаша наполненная пшеницей». Когда патриарх Никон, рассказывает Алепский, спросил у нашего владыки, все ли в этом обряде сделано как следует, тот ответил: «да, но одного только не хватает, при этих словах он взял кувшин с вином и налил на масло, как велит Ветхий Завет и Святое Евангелие, где говорится, что Господь — да будет благословенно имя Его — излил на раны человека, впавшего в руки разбойников, вино вместе с маслом. Никон согласился с этим замечанием и остался доволен».
Однажды только Никон не согласился с указаниями и настояниями патриарха Макария и поступил самостоятельно. Это именно в вопросе об освящении воды в праздник Богоявления. Убедившись из древних греческих и славянских книг, что в древнее время освящение воды в праздник Крещения Господня совершалось один раз и именно: в навечерии праздника, и не в церкви, а на реке, Никон издал по этому поводу следующее соборное постановление: «мы убо, по данной благодати нам от пресвятого и животворящего Духа, должны есмы, последующе святым и богоносным отцем, погрешенное от некоторых невежд, исправити, да тверд и непоколебим чин святые восточные церкве соблюдается, я коже и о чине в навечерии святых Богоявлений, како исходити ко крестильнице, в греческих древних и в русских старых харатейных уставех писано. И аще кто, по сем нашем завещании, дерзнет инако мудрствовати, и не в навечерии святого Богоявления водоосвящение действовати, — еже есть в 5 день иануарие, — якоже святые отцы уставили и затвердили, но на самый праздник святого Богоявления действовати, яко же и прежде, не повинуясь отеческому преданию, да будет церковной казни повинен, еже есть: проклятию и отлучению». Против такого образа действий Никона по данному вопросу решительно восстал патриарх Макарий. Павел Алепский рассказывает: «в праздник крещения, когда Никон намеревался совершить службу водоосвящения, только один раз и когда это его намерение дошло до сведения нашего владыки патриарха, последний отправился к нему и убеждал его, что такое действие неправильно... но в этом случае Никон не захотел послушать (Макария), отвергнув его авторитет по сему предмету. Царь, между тем, думал, что Никон, именно по совету нашего владыки патриарха, совершил обряд так, как совершил его; но теперь, когда до его сведения дошло, что дело было наоборот, он поспорил с ним и выбранил его, назвав мужик 6л...н сын, т. е. глупый крестьянин. Патриарх сказал ему: «я твой духовный отец, зачем же ты оскорбляешь меня?» На что царь отвечал: «не ты мой отец, а святой патриарх антиохийский воистину мой отец».... Этот рассказ Алепского о ссоре царя с Никоном, при чем царь будто бы обругал Никона, есть, конечно, просто сплетня, составленная недоброжелателями Никона и которую Павел, сам не бывший свидетелем этого события, подхватил у какого-нибудь болтуна, желавшего этим понравиться антиохийцам. Никон, не смотря на все убеждения Макария сохранить прежний чин водоосвящения т. е. совершать его по-прежнему дважды: в навечерии крещения в церкви и на реке в самый день крещения, остался при своем мнении, как обязательном для всей русской церкви. Впоследствии собор 1667 года сделал поэтому вопросу такое постановление: «повеление же и клятву, еже нерассудно положи ю Никон, бывший патриарх, о действе освященные воды на святых Богоявлений, еже действовати единощи, точию в навечерии, разрешаем и разрушаем и в ничтоже вменяем. Повелеваем же и благословляем творити по древнему обычаю святые восточные церкви и по предании святых и богоносных отцев: в навечерии действовати освящение святых вод в церквах, и по утрени — на реке, яко же повелевают и вси церковный уставы теже молитвы глаголати и действовати». Справедливость требует однако заметить, что правда была на стороне Никона, когда он утверждал, что древняя христианская церковь знала только одно водоосвящение — в навечерии Богоявления, так как этот чин, выродившийся из обычая крестить оглашенных в ночь Богоявления, действительно в древней христианской церкви совершался только один раз и именно — в навечерии Богоявления. Так продолжалось до XI — XII века, когда стал вводиться обычай двойного освящения воды: в навечерии в церкви, а в день праздника на реке. Никон Черногорец для двукратного освящения воды не находить оправдания и оснований ни в письменных источниках, ни в практики великой церкви, ни в уставах — иерусалимском и студийском. В славянских уставах иерусалимской редакции говорится то о двукратном, то об однократном водоосвящении. В греческой церкви обычай двукратного водоосвящения окончательно