Польше, а в 1625 году постригся в Печерской лавре, еще не достигши 30 лет от роду. Вступление в монашеское звание лица, такого знатного и притом состоявшего в родстве с могущественными польскими домами, давало поддержку православному делу. Через год скончался печерский архимандрит Захария Копыстенский. Тогда возник вопрос о том, чтобы молодому молдаванину Могиле сделаться архимандритом. Его связи и богатство представляли в будущем большие надежды для лавры: но не вся печерская братия готова была выбрать его. Многие не возлюбили его; другие соблазнялись его молодостью; но за пределами монастыря у Могилы было много сильных сторонников, желавших доставить ему видное и выгодное место архимандрита печерского. Два года шли об этом толки; противникам Могилы, как видно, не давали избрать другого; наконец Могила был избран, тем более, что митрополит Иов Борецкий был за него. В 1628 году Сигизмунд III утвердил его. Новый архимандрит тотчас же заявил свою деятельность на пользу монастыря, завел надзор над священнослужителями в селах лаврских имений, незнающих из них приказывал учить, а упрямых и своевольных подвергал взысканиям; подновил церковь, не жалел издержек на украшение пещер, подчинил лавре Пустынно-Николаевский монастырь, основал Голосеевскую пустынь, построил на свой счет при лавре богадельню для нищих и задумал заводить при Печерском монастыре высшую школу. Рассчитывая, что для последней цели необходимы хорошие учителя, он прежде всего начал отправлять молодых людей за границу на собственный счет. В числе их были: Сильвестр Коссов, Исаия Трофимович, Игнатий Оксенович-Старушич, Тарасий Земка и Иннокентий Гизель. Для новой школы он избрал место с огородом и садом, близ больничной Троицкой церкви, поставленной над печерскими воротами, и дал от себя фундушевую запись, которую обязывался содержать училище на собственный счет.
В 1631 году скончался митрополит Иов Борецкий. Место его занял Исаия Копинский, бывший в то время архиепископом смоленским и черниговским. Посланные за границу молодые люди стали возвращаться на родину, но тут записанные в братство православные духовные, дворяне и казацкие старшины с гетманом Петрижицким от лица всего войска запорожского обратились к Петру Могиле с просьбою не заводить особого училища в братстве, а обратить свои пожертвования на существовавшее уже братское училище на Подоле. Просьба эта была вполне разумна: не следовало разрывать сил, полезнее было соединять их. Могила согласился. В декабре 1631 года члены братства составили акт, в котором Петр Могила назывался старшим братом, блюстителем и пожизненным опекуном киевского братства. В марте 1632 года гетман Петрижицкий от лица полковников и всего войска запорожского, обещал в случае нужды защищать оружием церковь, монастырь, школы и богадельню братства; а киевские дворяне, в лице выбранных из среды своей старост, обещали заботиться о содержании училища.
В апреле 1632 года скончался король Сигизмунд III. По польским обычаям, по смерти короля, собирался сначала сейм, называемый «конвокационным», на котором делался обзор предыдущего царствования и подавались разные мнения об улучшении порядка; потом собирался сейм «элекцийный» уже для избрания нового короля. Остатки православного дворянства сплотились тогда около Петра Могилы с целью истребовать законным путем от Речи Посполитой возвращения прав и безопасности православной церкви. Главными дейсгвующими лицами с православной стороны в это время были: Адам Кисель, Лаврентий Древинский и Воронич. При их содействии, митрополит Исаия и все духовенство уполномочили exaть на сейм Петра Могилу. Православные требовали уничтожения всяких актов и привилегий, запрещавших православным строить церкви и допускавших вести против них процессы по религиозным делам с наложением секвестрации на их имения, домогались возвращения православным всех запечатанных церквей, всех епархий, требовали безусловного права заводить коллегии, типографии, возвращения отобранных униатами церковных имений и строгого наказания тем, которые будут наносить оскорбления и насилия православным людям. Вместе с просьбою дворян и духовных подали на сейм просьбу казаки в более резких выражениях, чем дворяне и духовные. «В царствование покойного короля, – писали они, – мы терпели неслыханные оскорбления… Униаты отстранили от городских должностей добродетельных мещан нашей веры и засмутили сельский народ; дети остаются некрещеными, взрослые сожительствуют без брачного обряда, умирающие отходят на тот свет без причащения. Пусть уния будет уничтожена; тогда мы со всем русским народом будем полагать живот за целость любезного отечества. Если, сохрани Боже, и далее не будет иначе, мы должны будем искать других мер удовлетворения». Такой резкий тон сильно раздражил панов, которые вовсе не хотели давать казакам права вмешиваться в государственные дела. «Они называют себя членами тела Речи Посполитой, – говорили паны, – но они такие члены, как ногти и волосы, которые обрезывают». Но голос шляхетства не мог быть оставлен без внимания. При посредстве королевича Владислава составлен был мемориал, в котором предполагалось отдать православным киевскую митрополию, кроме Софийского собора и Выдубицкого монастыря и всех митрополичьих имений, предоставить им сверх того Львовское епископство, Печерский и Жидичевский монастыри с их имениями, дать по нескольку церквей в некоторых городах, дозволять братствам распоряжаться школами, мещанам занимать городские должности и пр. Дальнейшее решение дела о свободе православного исповедания отложено было до «элекцийного» сейма. Но и на элекцийном сейме казацкие послы вновь появились с резкими требованиями. По поводу этих домогательств начались сильные и горячие прения о вере между панами. Ревностные католики не хотели утверждать даже того мемориала, на который согласился «конвокационный» сейм. Кисель и Древинский пространно и сильно защищали права греческой религии. Православные не были довольны самым мемориалом и хотели еще более широкого. Петр Могила был душою их совещаний и, наконец, вместе с православными дворянами, он лично обратился к новоизбранному королю Владиславу. Так как Польша в это время находилась в неприязненных отношениях с Москвою, то Владислав понимал, что расположение казаков и русского народа было чрезвычайно важно для короля и всей Польши; да и вообще Владислав был сторонник свободы совести. Он дал православным «диплом», которым предоставлял им более прав и выгод, чем те, какие были написаны в мемориале, составленном на конвокационном сейме. Предоставлена была полная свобода переходить как из православия в унию, так и из унии в православие. Митрополит киевский мог по-прежнему посвящаться от константинопольского патриарха. Отдавалась православным немедленно луцкая епархия; а перемышльскую положено отдать после смерти тогдашнего униатского епископа; учреждалась новая епархия во Мстиславле; снимались всякие запрещения, стеснения, запрещалось делать оскорбления православным людям. Православные дворяне, бывшие на сейме, тогда же порешили удалить от митрополии Исаию Копинского, как человека уже престарелого и болезненного, и избрали вместе с бывшими там духовными в митрополиты Петра Могилу. Король утвердил этот выбор и дал Петру Могиле привилегию на преобразование киевского братского училища в коллегию. Посланный в Константинополь ректор киевских школ, Исаия Трофимович, испросил для Петра Могилы патриаршее благословение, и тогда волошский епископ во Львове рукоположил Петра Могилу в митрополиты.
По известиям одного современника, православного, но ополяченного шляхтича Ерлича, Петр Могила, прибывши в Киев в 1633 г., обращался грубо и жестоко со своим предместником Исаиею Копинским: дряхлого и хворого старика схватили в Златоверхо-Михайловском монастыре в одной волосянице, положили на лошадь, словно мешок, и отправили в Печерский монастырь, где он скоро и скончался в нужде. По известию того же Ерлича, Петр Могила был человек жадный и жестокий, истязал бичами монахов Михайловского монастыря, допытываясь, где у них спрятаны деньги; одного печерского монаха Никодима обвинил в наклонности к унии и отослал к казакам, которые приковали его к пушке и продержали таким образом шестнадцать недель. Эти известия не могут быть признаны вполне достоверными. В 1635 году в городском овруцком суде происходил процесс между иноками Михайловского Златоверхого монастыря и Исаиею Копинским. Иноки жаловались, что Исаия Копинский в 1631 году, – опираясь на то, будто все монахи Михайловского монастыря избрали его игуменом, – выгнал, при содействии казацкого гетмана Гарбузы, игумена Филофея Кизаревича и оставался в монастыре до 10 августа 1635 года, а в этот день, уехавши из монастыря, взял с собою документы на монастырские имения и захватил также разные вещи из ризницы. Это показание противоречит известию Ерлича, относящего это событие к 1633 году, так как из показания монахов видно, что Исаия оставался в Михайловском монастыре гораздо долее 1633 года. Существует протестация самого Исаия Копинского, который показывает, будто он уехал из монастыря потому, что Могила притеснял монастырь, делал разорение монастырским местностям и после удаления его, Исаии, неправильно отдал монастырь во власть Филофея Кизаревича, окрестивши его игуменом. Но протестация Исаии