Стефан, пользуясь тем, что ему дали право духовно освидетельствовать присланных, старался, при помощи разных доносителей, обвинять их, а главным образом Тверитинова, у которого найдены были составленные им сочинения в духе, противном православию. Обвиненные сидели в оковах, но пускались в церковь. В одно из таких посещений церкви, 5 октября 1714 года, Фома Иванов перерубил ножом по лицу образ святого Алексея митрополита, чтобы всенародно показать свой еретический дух. Дело кончилось не ранее февраля 1716 года. Фанатик Фома Иванов был казнен, а прочие, принесшие покаяние, были разосланы под надзор архиереев. Вслед за ересью Тверитинова, в 1717 году, судим был в Преображенском приказе другой кружок вольнодумцев мужского и женского пола, обвиненных в проповедовании противных православию толков о непоклонении иконам и всяким священным вещам и об отрицании церковных преданий. Главными лицами в этом кружке был Иван Зима, с женой своей Настасьей. Всех прикосновенных к этому делу подвергали пытке кнутом, заставили повиниться и покаяться. Царь признавал необходимым, для прочности и спокойствия государства, охранять единство официальной религии, но лично питал склонность к протестантству и много раз выражал ее непочтением к старорусским суевериям и предрассудкам, глубоко вошедшим во внутренность русской церкви; более всего, что нравилось государю в протестантстве, – было учение о верховности государственной власти над церковью. Московским духовным, получившим киевское образование, не по душе было расположение государя к протестантству, и тем сильнее примыкали они к началам римского католичества; их, кроме того, соблазняли разгульные выходки Петра и его кощунские насмешки над духовенством, выражаемые в вакхических празднествах всепьянейшего собора. Феофан с первого же раза поставил себя иначе и, готовясь к посвящению в епископы, сумел подделаться к Петру, произнеся проповедь о власти и чести царской. В этой проповеди он делал явные намеки на московских духовных, укорявших Петра за разгульную жизнь и проповедовавших самостоятельность духовного класса. «Есть люди, – говорил Феофан, – которым кажется все грешным и скверным, что только чудно, весело, велико и славно: они самого счастья не любят; кого увидят здорового и хорошо живущего, тот у них не свят; хотели бы они, чтобы все люди были злообразны, горбаты, темны, неблагополучны… Многие думают, что не все люди обязаны одинаким долгом, что священники и монахи от этого исключаются, – вот поистине змеиное жало, папежский дух, не знаю каким путем достигший и коснувшийся нас!» Петру пришлось очень по душе такое направление, но духовные не простили его Феофану и подняли против него целую бурю; они старались обвинить Феофана в неправославии и не допустить до епископства; к ним пристали и знаменитые своей ученостью братья греки, Лихуды. Стефан Яворский, вместе с Лопатинским и Вишневским, подбивали других епископов протестовать против посвящения Феофана и просить государя отложить его рукоположение, пока Феофан не отречется от своих неправославных мнений. Но они ничего не могли сделать против воли Петра: царь удовольствовался письменным ответом Феофана, в котором последний опровергал воздвигнутые против него толкования; в доказательство своего расположения Петр обедал у Феофана со своим любимцем Меншиковым, а потом, вызванный в Петербург, Стефан Яворский принужден был отказаться от обвинения и просить у Феофана прощения. Оба соперника облобызались, и дело сложилось так, как будто между ними наступило братское примирение, но на самом деле осталось у них друг к другу взаимное нерасположение.
Феофан сделался епископом, и с тех пор, при всяком удобном случае, старался нравиться Петру; так, говоря проповедь в день Александра Невского, он очень ловко восхвалил царя: «Ты един показал еси дело превысокого сана царского быти собрание всех трудов и попечений… ты являеши нам в царе и простого воина, и многодельнаго мастера, и многоимянитаго делателя, и где бы довлело повелевати подданным должное, ты повеление твое собственными труды твоими предваряешь и утверждаешь… Аще бы всех князей наших и царей целая к нам пришла история, была бы то малая книжица противо повести о тебе едином». Благодаря своей большой начитанности и учености, Феофан, по воле государя, написал «Апостольскую географию», «Краткую книгу для учения отрокам» и знаменитый «Духовный регламент». Его книга для учения отроков вооружила против себя молдавского господаря Дмитрия Кантемира, написавшего без своего имени возражения, в которых указывалась неправославность некоторых выражений Феофана. Таким образом, Кантемир нашел, что Феофан, изъясняя вторую заповедь, причисляет почитание икон к идолослужению, выразившись, что тот есть идолослужитель, кто поклоняется какому-нибудь изображению, боится его и надеется на него, как на имеющего некоторую удивительную силу. Не понравился возражателю намек Феофана и на то, что нередко, под покровом святости, обманщики, ради прибытка, утверждают простых людей в почитании ложных мощей, млека Пресвятые Богородицы, крови Иисуса Христа и волос бороды Его. Но никакие возражения подобного рода не могли иметь силы, когда все, что ставили в вину Феофану, до чрезвычайности было согласно со взглядами и намерениями государя. Не менее в духе Петра было тогда же написано сочинение Феофана «О мученичестве», где автор обличал тех фанатиков, которые, будучи недовольны государем за введение иностранной одежды и за бритье бород, сами добровольно отваживались на поступки, которые влекли за собой царский гнев, а нередко и казнь. Из всех русских архиереев, Феофану мог быть один только соперник – Феодосий Яновский, архимандрит Невского монастыря, потом возведенный Петром в сан новгородского епископа. Он был близок к государю, совершал с ним и с Екатериной путешествие за границу почти в продолжение трех лет и, не менее Феофана, усвоил искусство подделываться к Петру; он при всяком удобном случае служил видам царя, и за это его недолюбливали духовные. Феофан, впоследствии погубивший этого человека, при Петре старался оказывать ему уважение как старшему, и во всем отдавал ему наружное преимущество. В январе 1721 года учреждена была духовная коллегия, вскоре в том же году переименованная в Святейший правительствующий Синод. Это учреждение руководилось регламентом, сочиненным Феофаном. Председателем Синода по старшинству, с титулом президента, назначен был Стефан Яворский, но на деле более влиятельными были два вице- президента: первым был Феодосий, вторым – Феофан; последний был всех ученее и искуснее в умении угадывать волю государя, а потому он собственно и заправлял всеми важными делами. На первых же порах своего существования Синод посылал распоряжения за распоряжениями: они клонились к уничтожению всех тех обычаев, какие только можно было отменять без нарушения сущности православной веры. Стефан внутренне на многое смотрел иначе, но должен был соглашаться, не отваживаясь идти против воли государя. Только по поводу вопроса «о возношении имени восточных патриархов в церковном богослужении» Стефан заявил было протест. По проекту, написанному Феофаном, Синод определил не упоминать в богослужении имен восточных патриархов, так как после учреждения Святейшего Синода русская церковь в иерархическом отношении обособилась от греческой. Стефан, желая сохранить единство вселенской церкви и независимость ее от всяких национальных видов, сочинил против этого распоряжения вопросо-ответы; но государь не терпел нигде и никогда противоречий своим воззрениям: он приказал Синоду отвергнуть эти вопросо-ответы «яко зело вредные и возмутительные» и послать к Стефану указ, чтоб он никому их не сообщал и не объявлял, «опасаясь не без трудного перед его царского величества ответа». Стефан проглотил эту неприятную пилюлю и, зная, что всему виною Феофан, хотел во что бы то ни стало удалить его из Синода. Упразднилось место киевского митрополита; Стефан предлагал Святейшему Синоду назначить на это место Феофана, но Петр не поддался на эту уловку. Стефан видел, что ему ничто не удается: еще со времени смелой проповеди против фискальства Петр невзлюбил его, и хотя не делал ему решительного зла, но всегда почти обращался с ним холодно, отвергал всякие его заявления и делал все наперекор ему. В июле 1722 года Стефан письмом к царю просил прощения за все, в чем царь считал его виновным, и по-прежнему желал, чтоб его уволили на покой. Ему не отвечали. Осенью в том же году Стефан скончался. Синод остался без президента с двумя вице-президентами.
Значение Феофана все более и более усиливалось; ловкий архиерей всегда умел кстати представлять перо свое к услугам государя, сообразно текущим обстоятельствам. Когда Петр издал знаменитый указ 5 февраля 1722 года о престолонаследии, Феофан взялся, по царской воле, защищать, всею силою научных доводов, справедливость и полезность такого закона и напечатал книгу «Правда воли монаршей». Потакая давнему и постоянному стремлению Петра быть фактическим господином и правителем русской церкви, Феофан написал и напечатал «Розыск исторический», в котором доказывал, что христианский государь имеет право управлять делами церкви, хотя ему неприлично отправлять богослужение. Петра, по соответствию с событиями его собственной жизни, занимал вопрос о браках; Феофан написал два рассуждения: одно – «О браках правоверных с иноверными», другое – «О правильном разводе мужа с женою». В последнем – Феофан полагает, что в случае развода, совершившегося по вине одного из
