В ноябре 1918 г. германское командование передало часть кораблей, находившихся в занятых немецкими войсками портах, представителям Белой армии и Украины.
В ноябре — декабре 1918 г. в Черное море вошли крупные военно-морские силы Антанты — Великобритании, Франции, Италии и Греции (10 линкоров, 13 крейсеров, 13 эсминцев и другие корабли). Союзники заняли Одессу, Севастополь, Николаев, Херсон, Новороссийск и захватили находившиеся там корабли. Иностранцы чувствовали себя хозяевами в стране, охваченной войной, и вели себя соответственно. Как писал уже цитировавшийся нами Монастырев, «
Ранее, в конце августа 1918 г., части Добровольческой армии заняли Новороссийск. Командиром этого порта стал уже неоднократно упоминавшийся капитан 2-го ранга В.Н. Потемкин, участвовавший в боях на стороне белых еще в конце 1917 г. При Управлении генерал-квартирмейстера штаба Добровольческой армии было образовано Морское отделение — первый орган управления флотом на Юге России. Новороссийск стал тем центром, куда стали стекаться офицеры, желавшие продолжить участие в Белой борьбе.
В декабре 1918 г. группа морских офицеров во главе со старшим лейтенантом А.П. Ваксмутом отправилась из Новороссийска в Севастополь с целью получить в распоряжение Добровольческой армии хотя бы один корабль из числа тех, что достались Украине. Миссия закончилась провалом, т. к. не получила поддержки ни в штабе украинского флота, ни у командующего русским Черноморским флотом адмирала В.А. Канина (впрочем, последний занимал свою высокую должность скорее номинально).
В итоге флот пришлось создавать из того, что находилось под рукой. В Новороссийском порту реквизировали и вооружили 75-мм орудиями ледокол «Полезный». Этот корабль, а также канонерская лодка «К-15», вооруженная в марте 1919 г. в Севастополе, и приходившая оттуда же подводная лодка «Тюлень» были первыми кораблями белого флота на Черном море. Зимой 1918 — весной 1919 г. корабли участвовали в поддержке войск в районе Арабатской стрелки и Ак-Манайской позиции. Помимо этого некоторые торговые суда осуществляли транспортные перевозки для нужд армии.
В начале 1919 г. командование ВСЮР произвело реорганизацию системы управления флотом. 15 января было утверждено «Временное положение об управлении Флотом и Морским ведомством», согласно которому руководство всеми морскими частями, находящимися на Черном, Азовском и Каспийском морях, осуществлялось командующим флотом Юга России, имевшим права морского министра. 21 марта должность командующего упразднили, организовав вместо нее морское управление ВСЮР. Его начальник получил права морского министра, подчинялся непосредственно главнокомандующему и входил в состав Особого совещания при нем. Вновь должность комфлота была восстановлена 20 августа того же 1919 г. К командующему вновь перешла вся полнота власти, а функции морского управления несколько сузились. Окончательно его реорганизовали в марте 1920 г., и в дальнейшем, вплоть до эвакуации, управление решало проблемы технического и хозяйственного обеспечения белого флота.
Весной 1919 г. началось активное наступление частей Красной армии на южном направлении. Оказался под угрозой и Севастополь. В итоге белому командованию и союзникам пришлось организовать эвакуацию кораблей и имущества, находившегося в Севастополе и в других черноморских портах, в Новороссийск. Во время эвакуации представители Антанты уничтожили немало русского имущества. В частности, около Севастополя они затопили 11 подводных лодок (из них семь новейших) и разрушили гидро-авиационную базу, а из-за царившего при эвакуации хаоса многие предметы снабжения, жизненно необходимые белому флоту, достались противнику.
В июле англичане официально открыли военные действия против большевиков, и вскоре корабли под Андреевским флагом смогли вернуться в Севастополь. Осенью союзники передали белому командованию по праву принадлежащие России линкор «Воля», посыльное судно (бывший крейсер) «Алмаз», ряд эсминцев и других кораблей.
Черноморский флот вел активные боевые действия как на Черном, так и на Азовском морях. Описать все события, происходившие на Черном море, в рамках одной главы не представляется возможным[17].
Среди основных задач, которые решал флот, значились: поддержка сухопутной войск артиллерийским огнем, высадка десантов, минные постановки. Важную роль черноморские корабли сыграли и в происходившей в марте 1920 г. эвакуации частей Белой армии из Новороссийска в Крым — одном из самых трагических событий Гражданской войны. В книге Кадесникова хорошо описана боевая работа флота: «
Корабельный гардемарин, известный эмигрантский историк флота П.А. Варнек, о действиях флота в Северо-Западном районе Черного моря в 1920 г. говорил: «
Активная боевая работа черноморцев не могла остаться без внимания белого командования. 26 июня 1920 г. приказом главнокомандующего Русской армией для награждения особо отличившихся кораблей были утверждены Николаевские флаги и вымпелы. Прообразом для такой награды послужили Георгиевские флаги, введенные в 1819 г. Новые отличия появились после того, как 30 апреля 1920 г. главнокомандующий учредил орден Святителя Николая Чудотворца — высшую награду в Русской армии. Напомним, что в отличие от других белых правительств, на Юге России особо отличившиеся офицеры не представлялись к Георгиевским наградам, поскольку командование не считало возможным вручать их за участие в братоубийственной Гражданской войне.
Именно это и послужило причиной создания ордена Святителя Николая Чудотворца. Сразу же после учреждения Николаевских флагов и вымпелов новым знаком отличия отметили канонерские лодки «Страж» и «Грозный», речные канонерские лодки «Алтай» и «Урал», вооруженные ледоколы «Всадник» и «Гайдамак», вооруженные катера «Мария», «Азовец», «Никола Пашич», «Дмитрий», «Пантикопея» и «Меотида».
Решающую роль сыграл Черноморский флот в спасении частей Русской армии и беженцев после падения последнего оплота Белого движения на Юге России — полуострова Крым.