1888, февраль — Назначен на должность штаб-офицера при управлении местной бригады в Минске.
1888–1891 — Служил в управлении. Закончил работу над дальномером. Произведен в подполковники.
1891, март — Назначен для отбытия ценза командиром батальона Коломенского полка.
1891, 18 сентября — Женился на Надежде Дмитриевне Потапчиной. Назначен в штаб Виленского военного округа.
1892 — За отличие в службе произведен в полковники.
1895 — Назначен командиром 20-го пехотного Сувалакского полка.
1897, январь — Последняя поездка к родным в Тифлис.
1900, январь — Назначен в комиссию по образованию войск в Петербург. Пишет настольную книгу офицера.
1900, апрель — ноябрь — Участвовал с полком в походе на Дальний Восток для подавления боксерского восстания в Китае.
1901 — Произведен в генерал-майоры с назначением дежурным генералом штаба Приамурского военного округа.
1903, декабрь — Назначен командиром 7-й Восточно-Сибирской стрелковой бригады в Порт-Артур. Развертывание бригады в дивизию.
1904, 26 января — Нападение японского флота на Порт-Артурскую эскадру. Начало войны. Назначен ответственным за совершенствование сухопутного участка обороны крепости.
24 февраля — Прибыл в Порт-Артур вице-адмирал С. О. Макаров.
31 марта — Активные действия флота. Работа по созданию сухопутной обороны.
31 марта — Погиб на броненосце «Петропавловск» С. О. Макаров.
2 апреля — Высадка японцев в бухте Кинчан. Первые бои на сухопутном фронте.
12 мая — Цзиньчжоуское сражение. Отступление с перешейка. Кондратенко добился вывода войск на передовые позиции.
20–22 июня — Бои на передовых позициях. Боевое крещение Кондратенко.
13–17 июля — Последние бои на перевалах и Волчьих горах. Отход в крепость. Назначен начальником сухопутной обороны Порт-Артура.
25–28 июля — Бои за Дагушань и Сяогушань. Последний бой Порт-Артурской эскадры.
6—11 августа — Первый штурм крепости и первое крупное поражение в войне японской армии.
6–9 сентября — Второй штурм крепости. Начало японцами осадных работ.
17 сентября — Первая бомбардировка крепости 11-дюймовыми снарядами. Начало минной войны.
13–18 октября — Третий штурм крепости. Слава Порт-Артура.
13 ноября — Начало четвертого штурма крепости.
22–23 ноября — Падение горы Высокой. Начало расстрела кораблей эскадры.
2 декабря — Гибель Р. И. Кондратенко на форте № 2; посмертно произведен в генерал-лейтенанты.
22 декабря — Капитуляция Порт-Артура.
1905, 12–25 сентября — Неделя памяти Р. И. Кондратенко. Похороны останков героя на кладбище Александро-Невской лавры в Петербурге.
