Канцелярии, а также в развале университета и гимназии (и в том и в другом случае конкретные виновники — И.-Д. Шумахер и Г. Н. Теплов): «Главные причины худого академического состояния две: первая — искание и получение правления Академическим корпусом от людей мало ученых, вторая — недоброхотство к учащимся россиянам в наставлении, содержании и в произведении».
Наряду с утверждением за Канцелярией «правления Академическим корпусом», в числе других важных недостатков академического штата 1747 года Ломоносов указывает на несовершенство принципов комплектования Академии научными кадрами, точнее — на их полное отсутствие, и приводит ряд выразительных примеров в пользу своего мнения. Автор Регламента и штата 1747 года Г. Н. Теплов, скажем, указал ректором университета быть академическому историографу, но не потому, что хотел придать образованию студентов историческое направление: «Ректором Университета положен историограф, то есть Миллер, затем что он тогда был старший профессор, и сочинитель был об нем великого мнения. И если б Миллер был юрист или стихотворец, то конечно, и в стате ректором был бы назначен юрист или стихотворец». Или вот такой пример: «Историографу придан переводчик китайского и манжурского языков, то есть Ларион Россохин. Однако если бы Россохин вместо китайского и манжурского языков знал, например, персидский и татарский, то бы конечно в стате положен был при историографе переводчик персидского и татарского языка».
Между тем восточные языки, вообще связи с Востоком требуют к себе гораздо более серьезного и ответственного отношения, в особенности в России: «В европейских государствах, которые ради отдаления от Азии меньшее сообщение с ориентальными народами имеют, нежели Россия по соседству, всегда бывают при университетах профессора ориентальных языков. В академическом стате о том не упоминается, затем что тогда профессора ориентальных языков не было, хотя по соседству не токмо профессору, но и целой Ориентальной академии быть бы полезно». Как мы помним, в черновых материалах к записке «О сохранении и размножении российского народа» мысль об Ориентальной академии возникает вновь, уже в связи «с лучшими пользами купечества».
Не меньший урон, чем беспорядочное комплектование кадрами, наносит Академии, по мнению Ломоносова, порочный порядок оплаты труда ученых, при котором одни научные дисциплины как бы предпочитаются другим. «Каждая наука имеет в Академии равное достоинство, — пишет он, — и в каждой может быть равенство и неравенство профессорского знания, ибо иногда может быть в числе их чрезвычайного учения физик, иногда ботаник, иногда механик или другие, иногда в тех же профессиях — пошлые люди, а иногда и один многие науки далеко знает, хотя определен к одной профессии. Итак, вообще рассуждая, должно положить всем профессорам равное жалованье, а прибавку чинить по рассмотрению достоинств и службы, ибо весьма бы обидно было великому ботанику, каков ныне Линней, иметь по штату 800 рублев, а высшему математику, каковые нам из весьма посредственных рекомендованы, дать 1800 рублев... Сие произведено, смотря на тогдашние обстоятельства, что сочинитель жалованье положил алгебраисту 1800 рублев для Ейлера или Бернулия, астроному 1200 для выписания славного ж человека, анатомику 1000 для Бургава; прочим по 860 и 660-ти. Но если б Ейлер (или Бернулий) был таков химик или ботаник, каков он математик, то без сомнения положено бы жалованья было 1800 рублев химику или ботанику».
В мае 1761 года Ломоносов подает Г. Н. Теплову для передачи президенту записку под названием «Краткий способ приведения Академии наук в доброе состояние», где предлагает, как теперь говорят, «в рабочем порядке», четыре экстренные меры: 1. увеличить Канцелярию на одного члена (чтобы «учинить... в голосах равновесие между российскими и иноземцами»), кооптировав в нее профессора С. К. Котельникова, «человека ученого, порядочного, смышленого и трезвого»; 2. отставить И. И. Тауберта от наук, поручив ему заботы только по Библиотеке, Кунсткамере и Книжной лавке, а «науки поверить лучше двум россиянам, мне и г. Котельникову»; 3. «отделить определенную сумму на науки в особливое комиссарство и учредить особливое повытье» (та есть выделить особую статью, как это было сделано в отношении университета и гимназии); 4. упразднить должность секретаря Конференции (то есть Академического собрания): протоколы заседаний может оформлять актуариус, как это было раньше, а переписываться с иностранными учеными и делать экстракты своих докладов для публикации в «Комментариях» академии могут и должны сами; наконец, «весьма надобно определить некоторых инструментальщиков, кои бы единственно работали изобретения профессорские и принадлежали к департаменту наук». В случае выполнения этих первоочередных рекомендаций положение академичеческих дел должно подвинуться в лучшую сторону. «Таким образом, — заключал Ломоносов, — несуменно уповаю, что Академия придет в цветущее состояние, застарелое зло искоренится, и иная будет — не смех, но пример другим командам».
Из всех предложений Ломоносова только одно отчасти было принято: 28 июня 1761 года С. К. Котельников указом президента был назначен «до времени» инспектором гимназии. Все, что касалось канцелярии и в особенности академических денег, оставалось по-старому.
С другой стороны, и в верхах начинали понимать, что Академия не может более жить по старому Регламенту а штату: слишком очевидны были признаки упадка. 4 марта 1764 года К. Г. Разумовский издал ордер, в котором признавал, что многие недостатки академические «произошли от невозможности, чтобы все учредить и содержать точно на таком основании, как в том апробованном Регламенте положено. К тому же и самые опыты показали, что разные в Регламенте предписанные распорядки не соответствуют ожидаемой от оных пользе». В связи с этим президент приказывал «присутствующим в... Канцелярии статским советникам Тауберту и Ломоносову обще, или, если не согласятся, то порознь, приглася каждому к себе из гг. профессоров кого пожелают, учинить проекты, во-первых, на каком основании Академическому ученому корпусу по нынешнему состоянию и впредь быть должно, а потом и прочим департаментам порознь, токмо бы располагаемая сумма не превосходила апробованного штата, — и по сочинении представить мне».
Ломоносов практически сразу же по получении этого ордера приступил к работе над своими предложениями и к 10 сентября 1764 года закончил ее, представив документ под названием «Idea status et legum Academiae Petropolitanae» (Предположения об устройстве и уставе Петербургской Академии). Здесь изложен целый комплекс мер, но если упростить дробь, то все по-прежнему упиралось в Канцелярию, Уже седьмой год сам будучи советником ее, Ломоносов с постоянством римского сенатора твердит о необходимости разрушения этого бюрократического Карфагена для вящего процветания всего государства муз, «Канцелярия с самого начала состояла из людей полуобразованных (это, увы, утверждено уставом), которые распоряжались людьми ученейшими», — негодует Ломоносов.
«Знакомясь с образом действий других европейских академий, — продолжает он, — мы видим совсем иную картину. Там собрание академиков само себе судья. Никакой посторонний, полуобразованный посредник не допускается до разбора ученых споров. Приходя за получением просимого, не дожидаются у канцелярского порога разрешения войти. Профессоры не ждут выплаты жалованья и не вымаливают его у невежд, которые поглядывают на них свысока и пугают отказом. Их покоя не нарушают, наконец, сторонние дела, чуждые содружеству муз. Не очевидно ли, что Канцелярия не только не нужна Академии наук, но и отягощает ее, а потому должна быть изринута из подлинного дома науки. Вся власть и управление всеми частями должны быть переданы Профессорскому собранию, состоящему под председательством президента Академии... Беспорядочное расходование средств из академической кассы в нарушение академического устава и без малейшей справедливости служит яснейшим доказательством того, что о делах, не имеющих ничего общего с музами, Канцелярия заботилась больше, чем о прямой пользе муз».
По ходу работы Ломоносова над «Предположениями» с ними ознакомились академики И.-Э. Фишер и С. К. Котельников и сделали ряд замечаний. Собственно, замечания принадлежали Фишеру, а Котельников только поставил под ними свою подпись. Некоторые из них Ломоносов принял безоговорочно, с некоторыми поспорил. Так, Фишер и Котельников насторожились, прочитав в ломоносовском тексте о Канцелярии: «...хотя позднее члены стали назначаться туда из числа академиков, однако к великому ущербу науки противная сторона оказывается все же сильнее». Рецензент (Фишер) пометил на полях: «Если одна сторона — Канцелярия, а другая — Академическая конференция, дело становится понятнее. Если таков именно смысл этих слов, то я охотно под ними подписываюсь». Все-таки Шумахер и Тауберт умели обрабатывать ученые головы! Фишер, в данном случае безусловно настроенный в пользу ломоносовской точки зрения на Канцелярию, побаивается: а вдруг Ломоносов, по своему обыкновению, «копает» под Тауберта? Ведь именно так мотивировали ломоносовскую непримиримость ко всем делам Канцелярии Шумахер и его зять Тауберт. Ломоносов все это понимает и в ответе на замечание пишет: «Напрасно укоряют меня в раздорах