Основатель инквизиции Григорий IX перед смертью в августе 1241 г. вернул инквизиции свободу действий. Его преемник, Целестин IV, был папой только двенадцать дней (с 20 сентября по 8 октября), а затем около двух лет папский престол оставался незанятым до избрания папой 28 июня 1243 г. Иннокентия IV. В эту эпоху политика Раймунда была направлена к тому, чтобы поддерживать добрые отношения с папством. Граф добивался от папы Григория снятия четырех отлучений и одной индульгенции за крестовый поход, а затем разрешения вступить в брак с Санчо, дочерью и наследницей графа Прованского. Всецело поглощенный проектами восстановления своего могущества, граф заключил союз с Иаковом I Арагонским, чтобы защищать Св. Престол и католическую веру против еретиков. Поэтому он не мог оказать сопротивление возрождению преследования. Замешанный в восстании Тренкавеля и вызванный на суд королем Людовиком, он был вынужден 14 марта обязаться изгнать из своих земель еретиков и врагов короля и немедленно захватить замок Монсегюр, последнее убежище ереси.
Вопросы религии и политики соединяли тогда тесные связи. Большие затруднения встречала инквизиция в своей борьбе против ереси и горячего патриотизма лангедокцев. Но поражение восстания нанесло еретикам непоправимый урон.
За поражением Тренкавеля последовала реакция. Была уничтожена инквизицией независимость сеньоров, и так постепенно авторитет короны и Церкви распространился на всю страну. Инквизиторы вновь энергично принялись за дело. Петр Селла во время объезда своей области Керси за период с Рождественского поста 1241 г. до Вознесения 1242 г. вынес семьсот двадцать четыре приговора.
Четыремстам двадцати семи из этих кающихся было приказало совершить паломничество в Компостелло. Сто восемь были посланы в Кэнтербери после паломничества в Компостелло. Двое только были посланы в Рим. Семьдесят девять были обязаны принять участие в крестовом походе сроком от одного до восьми лет. На остальных были наложены более легкие паломничества.
Все осуждения были сделаны с поразительной быстротой в течение шести месяцев: за четыре недели были записаны признания и вынесены приговоры по делу о двухстах девятнадцати лицах в Гурдоне, в Монтобане за одну неделю было вынесено двести пятьдесят четыре приговора, т. е. в среднем по сорок два приговора в рабочий день. Двести девятнадцать осужденных было в маленьком городке Гурдоне, восемьдесят четыре в Монкюке. Многие из осужденных были действительно еретиками, но большинство было хорошими католиками. Например, один священник сознался, что он пошел раз с еретиками в виноградник, читал их книги и съел с ними несколько груш. Ему запретили отправление священнических обязанностей и послали в паломничество в Компостелло, а оттуда в Рим. Один гражданин видел, как три еретика вошли в дом больного и, как он слышал впоследствии, совершили над ним обряд еретикации; сам обвиняемый ничего об этом не знал; но тем не менее его присудили совершить паломничество. Один человек за то, что передал письмо одного еретика другому, был осужден на три паломничества. Таже епитимья была наложена на врача, перевязавшего руку еретику, и на женщину, пообедавшую раз с еретиком, и на одного мужчину за то, что однажды посетил еретика. Среди вальденцев было много хороших врачей, и два человека, позвавшие их к больным женам или детям, были осуждены. Один гражданин, бывший в гостях у еретиков, искупил свой грех вступлением в монастырь; но и ему были предписаны многочисленные дальние паломничества; год он должен был носить желтый крест. Одного послали в паломничество за то, что двенадцатилетним ребенком он был раз в гостях у еретиков; другого за то, что принял свою мать-вальденку и подарил ей аршин сукна. Такими наказаниями добровольно кающихся, явившихся в течение срока милосердия, давали понять народу, что прежней многолетней веротерпимости больше не будет. Соседские отношения между католиками, катарами и вальденцами считались грехом.
Каждый мог оказаться виновным в глазах таких фанатиков, как Петр Селла и Гильем Арно. Еретиков ждали пожизненное тюремное заключение, конфискация имущества или сожжение на костре, а в лучшем случае отправка в крестовый поход. Но и католиков, если они избегали более суровых наказаний, если их освобождали от унизительного ношения желтых крестов, осуждали на дальние и трудные паломничества. За инквизиторами оставалась пустыня, почти лишенная населения. Когда отец или мать отправлялись на месяцы или даже на целые годы на поклонение отдаленным святыням, то их дети оставались дома, осужденные на голодную смерть; жатва на корню была добычей первого пришельца; все плоды долгой трудовой жизни были утрачены, конфискованы, сведены на нет. Таковы приговоры Петра Селлы, вынесенные за срок милосердия. Год или два позднее Нарбоннский собор был вынужден запретить инквизиторам на время осуждение к тюремному заключению: число людей, приходивших целыми толпами просить прощения по истечении срока милосердия, было так велико, что не хватало денег на содержание их в тюрьмах; в этой гористой стране не хватало камня для постройки тюрем! Часто случалось, что жители, предупрежденные вовремя, объединялись для отпора инквизитору.
В 1232 г. два катарских епископа и много других наставников, видя, что угнетение и преследование растут постоянно, решили, что необходима крепость, которая могла бы служить убежищем. Владелец неприступного замка Монсегюр Раймунд де Перейль в течение сорока лет принимал и укрывал всех гонимых сектантов; ему была вверена казна катарской общины.
Эта крепость в руках людей, потерявших всякую надежду, была в глазах Церкви проклятым местом, откуда снова могла выступить ересь и захватить всю страну. 14 марта 1241 г. одним из условий прощения графу Раймунду за его сношения с Тренкавелем стал захват им Монсегюра. Он в том же году сделал вид, что осаждает замок. Осаждала замок и французская армия после подавления восстания, но взять его ей не удалось.
Накануне Вознесенья 1242 г. в Авиньонэ, маленьком городке милях в двенадцати от Тулузы, рыцарями и их слугами из Монсегюра были убиты инквизиторы Гильем Арно, Этьен де С.-Тибери и семь их помощников. Это убийство сильно повредило графу Раймунду. Незадолго перед этим, 14 марта 1241 г., он поклялся направить все силы на преследование ереси. Он побуждал епископов применить в деле уничтожения ереси их законную власть, обещал им свою поддержку и обязывался исполнять закон о конфискациях и смертной казни. Он даже соглашался допустить монахов к исполнению обязанностей инквизиторов, но при условии, чтобы они действовали без всякого контроля своих орденов и своих провинциалов. Один из его бальи грозил даже в церкви в Мойсаке конфисковать имущество и арестовать всякого, кто подчинится наказаниям, наложенным инквизиторами, не признанными графом. Поэтому Раймунда считали причастным к убийству в Авиньонэ. События в Авиньонэ были грозным предзнаменованием восстания, которое вскоре подняли против графа некоторые из его вассалов.
Раймунд задумывал в это время огромный союз, чтобы отнять у Капетингов их завоевания на юге Франции в начале XIII в. К нему должны были присоединиться короли Англии, Кастилии и Арагона и граф де ла Марш. Все позволяло ему надеяться, что он вернет себе свои прежние владения. Но король Людовик победами над англичанами и гасконцами под Тайльбургом и Сентом 19 и 23 июля лишил Раймунда всякой надежды на постороннюю помощь. 22 декабря, лишенный союзников и покинутый почти всеми своими вассалами, Раймунд сложил оружие. Чтобы добиться мира, он соглашался уничтожить ересь и наказать убийц в Авиньонэ.
Король Людовик от всех лиц мужского пола старше пятнадцати лет потребовал присягу в том, что они будут помогать Церкви в ее борьбе против ереси и будут поддерживать короля против Раймунда, если последний снова восстанет. Инквизиция получила полную возможность потребовать от Юга подчинения католической Церкви. Тщетно на соборе в Безье 20 апреля 1243 г. Раймунд призывал епископов своих владений: Тулузы, Ажана, Кагора, Альби и Родеза взять в свои руки дело инквизиции и обещал им поддержку светской власти. Папа приказал доминиканцам исполнить их обязанности инквизиторов, хотя бы их всех убили, как в Авиньонэ.
Папа Иннокентий IV приказал всем прелатам страны помогать инквизиторам и поддерживать их. Он грозил гневом и мщением всем, кто будет небрежно относиться к этим обязанностям, Доминиканцев он призывал задушить возродившуюся ересь. Еще тяжелей отразилось на ереси окончательное примирение Раймунда с папством. Осенью 1243 г. граф получил аудиенцию у папы в Риме. 2 декабря были сняты с Раймунда все тяготевшие над ним отлучения. 1 января 1244 г. этот акт был объявлен королю Людовику и прелатам королевства. 7 января папский легат получил приказание засвидетельствовать графу отеческую любовь папы и не давать его в обиду. Однако особое отлучение, наложенное на Раймунда как на покровителя еретиков после резни в Авиньонэ инквизиторами Феррером и Гильемом Раймундом, было снято папской буллой только 16 мая 1244 г. Булла 18 марта 1244 г. милостиво разрешала графу Раймунду в течение пяти лет не отвечать ни на одно папское послание, которое вызывало бы его на суд за пределами
