В Декреталии, опубликованном Бонифацием 3 марта 1298 г., папа включил канон, требующий безусловного повиновенья всех светских чиновников приказаниям инквизиторов. Всякое сопротивление каралось отлучением от Церкви; упорство в течение целого года влекло обвинение в ереси. Это было ответом на введение французским королем нового законодательства. Филиппу в это время не было выгодно начинать спор. В сентябре он разослал папский канон своим представителям и предписал им заключать в тюрьму всех обвиняемых по указанию инквизиторов и наказывать всех осужденных ими. Дружеские отношения между королем и папой продолжались до 1300 г., когда вспыхнула еще более ожесточенная ссора. Борьба продолжалась до ареста Бонифация в Ананьи 8 сентября 1303 г.
Участь населения Лангедока при подобной переменной политике была ужасна. Каркассонский инквизитор, Николай д'Аббевиль, человек непреклонной суровости, начал с 1298 г. применять свою неограниченную власть. Помощником был у него Фульк де С.-Жорж, приор монастыря в Альби; фактически он имел еще второго помощника – епископа Бернара де Кастанэ, который любил играть роль инквизитора. К своему усердию они присоединяли еще фанатизм и алчность, так как епископы Альби по особому соглашению с Людовиком Святым получали половину из конфискаций. В течение нескольких лет до этого в Каркассоне не было инквизиции; действия ее возобновились, когда между папой и королем состоялось перемирие. Граждане послали к Бонифацию VIII депутацию с Эмериком Кастелем во главе и со многими францисканцами среди ее членов. Бонифаций выслушал их жалобы и согласился послать епископа Виченцы с поручением произвести расследование и донести ему; но папский представитель потребовал десять тысяч флоринов для начала дела. Однако Эмерик отказался платить. Бонифаций, узнав об этом отказе, вскричал: «Мы знаем, откуда набрались они храбрости; но, клянусь Богом, все короли христианского мира не спасут от костра жителей Каркассона, а в особенности отца этого Эмерика Кастеля!»
Дело было проиграно. Большинство граждан чувствовало страшное нравственное утомление от тяготевшего почти на всем населении отлучения от Церкви. Благосостояние города падало. Бесполезность всякого сопротивления была очевидна, и городским должностным лицам в присутствии епископов Альби и Безье, тулузского инквизитора, королевских чиновников, различных аббатов и многих знатных людей инквизитор Николай д'Аббевиль изложил условия, на которых он соглашался снять отлучение. Люди, явно исповедовавшие ересь или признанные еретиками на основании улик, должны были подвергнуться законной каре; на остальных же будут наложены духовные наказания по усмотрению епископов и аббата из Фонфруа; они не подвергнутся ни конфискации имущества, ни телесному, ни унизительному наказанию. Население просило сорок восемь часов для размышления и на другой уже день отказалось принять эти условия. Прошло шесть месяцев, и положение граждан делалось с каждым днем все хуже. 8 октября консулы просили от имени города отпущения грехов. Епитимья, наложенная на город, состояла в обязательстве выстроить часовню в честь Св. Людовика; часовня была выстроена в 1300 г. и обошлась в девяносто турских ливров. Консулы от имени города тайно отреклись от ереси. На двенадцать наиболее виновных граждан были наложены духовные наказания; это были четыре бывших консула, четыре советника, два адвоката и два нотариуса. Участь этих несчастных была очень тяжела. Например, один из виновников беспорядков, Гильем Гаррик, только после двадцатидвухлетнего заключения в каркассонской тюрьме в 1321 г. предстал перед судом. Принимая во внимание продолжительное предварительное заключение, ему предоставили выбор между крестовым походом и изгнанием. Несколько лет спустя текст соглашения консула и инквизиции попал в руки Бернара Делисье, установившего, что консулы принесли от имени всего города признание в том, что город оказывал помощь явным еретикам; консулы от имени всех граждан отреклись от ереси, и таким образом все граждане лишались права на занятие общественных должностей, а в случае новых беспорядков становились еретиками-рецидивистами. Это открытие вызвало в городе такое брожение, что инквизитор Жофруа д'Абли был вынужден 10 августа 1303 г. торжественно объявить, что он совершенно не думает воспользоваться этим оружием против граждан. Тем не менее, когда в 1305 г. прибыл в Каркассон король Филипп, соглашение было объявлено незаконным; сенешаль, устраненный от должности за то, что приложил свою печать под этим актом, сознался, что получил за это от Николая д'Аббевиля тысячу турских ливров.
В 1299 г. собор в Безье заявил, что в стране снова появились совершенные еретики, и приказывал тщательно разыскивать их. В Альби, между тем, епископ Бернар по обыкновению находился в неладах со своей паствой. Он призвал на помощь себе Николая д'Аббевиля и Бертрана де Клермона. В конце 1299 г. в городе были арестованы двадцать пять наиболее богатых и уважаемых граждан, которые стояли выше всякого подозрения в ереси, усердно посещали обедню и строго соблюдали все религиозные обряды. Дело было разобрано с необыкновенной быстротой. Видя, как эти люди, сперва отрицавшие свою связь с еретиками, были вынуждены сознаться и назвать своих единоверцев, современники полагали, что широко была применена пытка. Отречение от ереси спасало несчастных от костра, но все они были приговорены к пожизненному заключению в тюрьме в оковах. Много других осталось в тюрьме на неопределенное время в ожидании суда.
Преследования в Альби вызвали всеобщий ужас. Жертвы инквизиции все без исключения пользовались репутацией добрых католиков. Только их богатство обратило на них внимание преследователей. Все были убеждены, что инквизиторы не остановятся ни перед чем, если можно угрозами или пыткой вырвать показания против богатых граждан. Говорили даже, что списки инквизиции основаны на вымышленных показаниях. Несколько лет перед этим (в 1286 г.) доминиканец Жан Мартин попросил нарбоннского архиепископа рассмотреть списки и положить конец этой несправедливости. Следствие установило, что списки действительно были подложны; особенно много было неправильно включено в них покойников. Брат Мартин настаивал, чтобы епископ уничтожил все списки и отстранил инквизиторов от их обязанностей. Архиепископ написал в этом духе в Рим, а в ожидании ответа секвестровал некоторые книги. Во время этой бури каркассонский и тулузский инквизиторы, Николай д'Аббевиль и Петр де Мульсеон, видя, что их легко могут уличить в подлоге, захватив с собой списки, удалились в безопасное убежище в Пруйль. Здесь они принялись переписывать протоколы, опуская внесенные ими компрометирующие их ложные показания, которые они ловко вклеили в крышки переплетов старых фолиантов, т. е. скрыли их до поры до времени, а не уничтожили.
В 1300 г. инквизиция возбудила дело против умершего в 1278 г. отца именитого гражданина Каркассона Эмерика Кастеля – Кастеля Фабри, богача, известного своим благочестием и благотворительностью. В защиту памяти покойного выступили местные францисканцы и поручили это своему лектору Бернару Делисье. Дело Кастеля Фабри вызвало конфликт между инквизицией и лектором каркассонских францисканцев. Бернар Делисье был человек не заурядный. Принятый в орден в 1288 г., он был назначен лектором, т. е. профессором, что свидетельствует о том, как высоко ценили его знания, так как нищенствующие монахи весьма внимательно относились к выбору лиц, которым поручали эти должности. Его влияние на всех, с кем он общался, было велико; он был стоек в своих религиозных убеждениях; он не требовал веротерпимости и горячо желал уничтожения ереси, но опыт и наблюдение убедили его, что в руках доминиканцев инквизиция является только орудием гнета и вымогательства; он думал, что переданная францисканцам инквизиция, освободившись от своих недостатков, принесет пользу. Во всем Лангедоке орден францисканцев оставался верным врагом доминиканской инквизиции. Францисканцы уже в 1291 г. пытались вмешаться в Каркассоне в дела инквизиции. В 1298 г. они поддержали жалобу, поданную Бонифацию VIII жителями Каркассона. Пока был жив Бернар, францисканские монастыри были центром оппозиции. Во время беспорядков в Каркассоне Фульк де С.-Жорж со сторонниками явился в францисканский монастырь с требованием на суд противников инквизиции. Инквизиторы обвиняли Бернара в том, что он устраивает обструкцию инквизиции.
Удар, нанесенный мнимым еретикам Альби в декабре 1299 г. и в первых месяцах; 1300 г., не мог пройти незамеченным. В 1301 г. Филипп послал в Лангедок двух своих чиновников, облеченных неограниченной властью, для расследования злоупотреблений инквизиции: Жана де Пекиньи, известного своей честностью и рассудительностью, и Ричарда Непвё.
Чиновники основались в Тулузе, где Фульк де С.-Жорж был инквизитором до 29 сентября 1300 г. В короткое время они собрали против него большое число свидетельских показаний; его обвиняли не только в том, что он пыткою вымогал деньги у невинных, но и что подвергал аресту женщин, добродетель которых сломить другим путем ему не удавалось.
Несколько граждан согласились нотариальным актом преследовать епископа Альби и Николая д'Аббевиля перед королевским судом. Следствием этого процесса было секвестирование имущества