Во главе русской церкви с 1589 г. стоял патриарх. Первыми патриархами в России были Иов (1589— 1605), Игнатий (1605—1606) и Гермоген (1606—1612). С 1619 по 1633 г. русскую церковь возглавлял Филарет, с 1634 по 1640 г. — Иоасаф I, с 1642 по 1652 г. — Иосиф, с 1652 по 1658 г. — Никон, с 1667 по 1672 г. — Иоасаф II, с 1672 по 1673 г. — Питирим, с 1674 по 1690 г. — Иоаким, с 1690 по 1700 г. — Адриан. В подчинении патриарха находились митрополиты, архиепископы, епископы, черное (монахи) и сельское и городское белое духовенство. Приходское духовенство по своему экономическому положению было близко к своим прихожанам, основным источником доходов была земля, которую приходилось обрабатывать своими силами. Священники находились в зависимости от епархиальных властей, которым были обязаны платить ежегодные налоги с прихода. Патриарх, монастыри и митрополичьи (епископские) кафедры имели обширные земельные владения, населенные крепостными крестьянами, отбывавшими разные виды повинностей (натуральные, отработочные и денежные) в пользу своих владельцев.
Светская власть пыталась регулировать рост церковного землевладения. Постановления церковных соборов 1580 и 1584 гг. ограничивали рост церковного землевладения, запрещая приобретать, принимать в заклад и получать «на помин души» родовые и выслуженные вотчины светских феодалов. Но сама государственная власть постоянно нарушала эти постановления, давала земельные вклады в монастыри. Церковное землевладение, хотя и гораздо медленнее, чем раньше, но продолжало расти. После Смутного времени правительство Михаила Романова, озабоченное пополнением казны и наделением землей дворянства, тем не менее поначалу подтвердило жалованные грамоты монастырям. Но в 1619 г. был создан Сыскной приказ, который производил пересмотр всех жалованных грамот и новое подтверждение их от имени царя Михаила Федоровича. Правительство не затронуло земельных владений церкви, но ограничило несколько податной иммунитет. Население монастырских и архиерейских вотчин теперь не освобождалось от таких важных прямых налогов, как ямские и стрелецкие деньги, а также от городового и острожного дела. С церковных владений позднее стали собирать и «полоняничные» деньги, даточных людей или деньги на них; отныне при необходимости производились сборы на военные нужды.
Церковь сохраняла ряд феодальных привилегий, придававших ей определенную независимость от светской власти. Так, само духовенство и зависимые от него люди подлежали суду церкви по всем гражданским и уголовным делам, кроме «разбойных и татиных». Одной из важнейших привилегий церкви было право иметь своих служилых людей. Дворяне и дети боярские занимались управлением церковными имениями и судом. Патриаршие и архиерейские служилые люди получали соответствующее жалованье и земельное испомещение (от 100 до 500 четвертей). Патриарх имел свои приказы, своеобразные аналоги государственным царским учреждениям. Важным центром патриаршего управления был Разряд — приказ, который ведал патриаршими служилыми людьми, определял им денежное и поместное содержание, следил за отбыванием военной повинности с патриарших земель. В этом приказе было объединено все церковное управление, ему подчинялись местные церковные органы, он был во главе судебной системы. Приказы, аналогичные патриаршим, были и у некоторых архиереев. Крупные монастыри имели царские жалованные грамоты, освобождавшие их от платы налогов в архиерейскую казну и архиерейского суда и передававшие их суду царя, а точнее — Приказу Большого Дворца.
Судебная функция оставалась важнейшей прерогативой церкви. Ее юрисдикция касалась всего населения России по так называемым духовным делам. Эти дела включали преступления против религии и церкви, а также все гражданские дела, касающиеся семьи и брака.
Патриарх Филарет как государственный и церковный деятель. Начало укрепления русской церкви после Смугь* связано с именем патриарха Филарета (в миру Федор Ншрггич Романов). Он был не только отцом первого представителя династии Романовых, но и главой русской церкви и политическим деятелем. Двоюродный брат царя Федора Иоанновича Федор Никитич Романов родился около 1556 г., чин боярина он получил в 1587 г., а в 1593 г. стал псковским наместником. Еще при жизни царя Федора Иоанновича Федор Никитич стал реальным конкурентом в борьбе за власть с Борисом Годуновым. В 1600 г. Федор Романов с братьями был обвинен в попытке отравления царя Бориса, а в 1601 г. был пострижен в монахи под именем Филарета. Под именем старицы Марфы была пострижена и его жена Ксения. При Лжедмитрии I Филарет стал митрополитом Ростовским и Ярославским, а в октябре 1608 г. после разгрома Ростова был захвачен «тушинцами» и оказался в лагере Лжедмитрия II, который сделал его патриархом в подвластных ему землях и городах. После падения Василия Шуйского Филарет оказался среди руководителей Великого посольства к Сигизмунду III, а затем фактически находился в польском плену до Деулинского перемирия. 14 июня 1619 г. митрополит Филарет был торжественно встречен в Москве, а 24 июня 1619 г. поставлен на патриаршество Иерусалимским патриархом Феофаном. Патриарху Филарету был присвоен, как и царю, титул «великого государя». В России сложилась ситуация, когда власть оказалась в руках двух соправителей — отца-патриарха и сына-царя. Патриарх Филарет с его жизненным опытом, умом и энергией играл в этом союзе ведущую роль, Михаил Федорович, даже если бы и захотел, вряд лй мог бы противостоять своему отцу. Это отмечают и современники, писавшие что Филарет «божественное писание отчасти разумел, нравом опальчив и мнителен, а владетелен таков был, яко и самому царю бояться его; бояр же всякого чина людей царского синклита зело томляше заключениями... и иными наказаниями; до духовного же чину милостлив был и не сребролюбив, всякими же царскими делами и ратными владел».
Во внешней политике правительства Филарета важнейшей задачей стала проблема возвращения Смоленска. Экономическое положение церкви в годы патриаршества Филарета неуклонно укреплялось. В 1622 г. был принят указ о закреплении за монастырями вотчин, купленных и данных им после 1580 г., но не позднее 1613 г. Вотчины, данные после этого срока, выкупались царской казной. В 1628 г. специальным указом был снят запрет на покупку вотчин. По приговору 1619 г. посадские люди, ушедшие из белых слобод, принадлежавших в том числе и монастырям, подлежали возвращению. Определенные льготы по налогообложению получили некоторые монастыри, пострадавшие в годы Смуты (например, Соловецкий монастырь). В 1625 г. Филарет получил несудимую грамоту на патриаршии владения, что означало исключительное право суда по всем делам, кроме тяжких уголовных преступлений, которому подлежало духовенство и все население патриарших вотчин. Функции управления ими при Филарете были возложены на вновь образованные патриаршие приказы — Дворцовый, Казенный и Разрядный. Не следует видеть в этом стремление к усилению самостоятельности церкви. Напротив, деятельность патриарха была направлена на то, чтобы создать единую систему управления, усиливающую царскую власть и государство.
Среди церковных дел, с которыми пришлось разбираться патриарху Филарету, было дело о книжных исправлениях, произведенных архимандритом Троице-Сергиева монастыря Дионисием Зобниновским (тем самым человеком, который руководил героической обороной монастыря), старцем Арсением Глухим и священником Иваном Наседкой. Им было поручено сверить русский текст Требника и других книг с греческими образцами и исправить погрешности в русских книгах. Ими и были выявлены ошибки в церковных книгах. Так, в чине великого освящения воды в молитве: «...и освети воду сию Духом Твоим святым» прибавлялось еще — «и огнем». Это прибавление было справщиками устранено с подробными обоснованиями. Однако Крутицкий митрополит Иона и его сторонники обвинили справщиков в еретичестве и подвергли церковным наказаниям. Патриарх Филарет на Церковном соборе после всестороннего рассмотрения оправдал архимандрита Дионисия и его сотрудников. В решении этого вопроса Филарет проявил большую осторожность. Не обладая фундаментальным богословским образованием, он передал рассмотрение спорного вопроса Иерусалимскому и Александрийскому патриархам. Последние не спешили с ответом. И только в 1625 году, заручившись их поддержкой, Филарет приказал вымарать в русских книгах фразу «и огнем».
В церковном вопросе о принятии в православие бывших католиков и униатов (повторном крещении), а также в разрешении ситуации, как поступать с православными из Белоруссии, Литвы, Малороссии и Польши, Филарет проявил себя решительным борцом против «латинства». Почти восьмилетнее пребывание его в польском плену сделало Филарета ярым противником польского влияния в любой форме.
Церковная деятельность патриарха Филарета была направлена и против пережитков язычества (игрищ и колядования), которые подрывали авторитет церкви. В 1629 г. Филарет издал указ, чтобы «с кобылками не ходити и на игрища мирские люди не сходились, тем бы смуты православным крестьянам не было». Неповиновение означало царскую опалу и наказание от церковных властей.
Большое внимание в годы патриаршества Филарета уделялось книжному делу; при нем было издано богослужебных книг больше, чем за всю предшествующую историю книгопечатания. Некоторые издания
