известно, все три попытки кончились неудачей, и, чтобы закончить начатое дело, Ширяев и Кибальчич организовали динамитную мастерскую в Петербурге на Троицкой улице, приготовляя взрыв в Зимнем дворце, куда поступил слесарем приехавший из Нижнего вместе с Якимовой Халтурин. Я мало принимал в этом участия, так как находился тогда в сильно удручённом состоянии, отчасти благодаря двойственности своей натуры, одна половина которой влекла меня попрежнему в область чистой науки, а другая требовала как гражданского долга пойти вместе с товарищами до конца. Кроме того, у меня очень обострились теоретические, а отчасти и моральные разногласия с Тихомировым, который, казалось мне, недостаточно искренне ведёт дело с товарищами и хочет захватить над ними диктаторскую власть, низведя их путём сосредоточения всех сведений о их деятельности только в распорядительной комиссии из трёх человек на роль простых исполнителей поручений, цель которых им неизвестна.
В это же саме время была арестована наша типография, и моя обычная литературно-издательская деятельность прекратилась. Видя моё грустное состояние, товарищи решили отправить меня и Ольгу Любатович временно за границу с паспортами одних из наших знакомых, и Михайлов нарочно добыл мне вместе с Ольгой билет таким образом, чтобы ко дню, назначенному для в Зимнем дворце, мы были уже по ту сторону границы.
Так как при особенно критических событиях такие отъезды из центра уже практиковались нами и я сильно боялся за Ольгу Любатович, не хотевшую уезжать без меня, то сейчас же поехал и узнал о взрыве в Зимнем дворце из немецких телеграмм на пути в Вену.
Оттуда я отправился прямо в Женеву и поселился сначала вместе с Кравчинским и Любатович, а потом мы переехали в Кларан, где впервые близко сошлись с Кропоткиным. Написав там брошшюру «Террористическая борьба», где я пытался дать теоретическое обоснование наших действий, я поехал в Лондон, где познакомился через Гартмана с Марксом, и на возвратном пути в Россию был вторично арестован на прусской границе 28 января 1881 г. под именем студента Женевского университета Лакьера. Я был отправлен в Варшавскую цитадель, где товарищ по заключению стуком сообщил мне о гибели императора Александра II, и я был уверен, что теперь меня непременно казнят. Я тотчас же был привезён в Петербург, где в охранном отделении узнал из циничного рассказа одного из сыщиков в соседней комнате о казни Перовской и её товарищей, и был переведён в дом предварительного заключения, где кто-то обнаружил жандармам моё настоящее имя, вероятно, узнав по карточке. Меня вызвали на допрос, прямо назвали по имени, а я отказался давать какие-либо показания, чтобы, говоря о себе, не повредить косвенно и товарищам. Меня пробовали сначала запугать, намекая на какие-то способы, которыми могут заставить меня всё рассказать, а когда и это не помогло, отправили в Петропавловскую крепость, в изолированную камеру в первом изгибе нижнего корридора, и более не допрашивали ни разу.
На суде особого присутствия правительственного сената я не признал себя виновным ни в чём и до конца держался своего метода, как можно меньше говорить со своими врагами, благодаря чему меня и осудили только на пожизненное заточение в крепости, а тех, кто более или менее подробно описал им свою деятельность, — к смертной казни.
Через несколько дней после суда, часа в два ночи, ко мне в камеру Петропавловской крепости с грохотом отворилась дверь, и ворвалась толпа жандармов.
Тут я впервые увидел при свете лампы сопровождавшего меня жандармского капитана зверского вида (известного Соколова), который объявил, что это — место моего пожизненного заточения, что за всякий шум и попытки сношений я буду строго наказан и что мне будут говорить «ты». Я ничего не отвечал и, когда дверь заперлась за ним, тотчас же лёг на кровать и закутался в одеяло, потому что страшно озяб при пробеге в холодную мартовскую ночь почти без одежды в это новое помещение — Алексеевский равелин Петропавловской крепости, бывшее жилище декабристов.
Началась трёхлетняя пытка посредством недостаточной пищи и отсутствием воздуха, так как нас совсем не выпускали из камер, вследствие чего у меня и у одиннадцати товарищей, посаженных со мною, началась цынга, появившаяся страшной опухолью ног; три раза нас вылечивали от неё, прибавив к недостаточной пище кружку молока, и в продолжении трёх лет три раза снова вгоняли в неё, отняв эту кружку. На третий раз большинство заточённых по моему процессу умерло,а из четырёх выздоровевших Арончик уже сошёл с ума, и остались только Тригони, Фроленко и я, которых вместе с несколькими другими, привезёнными позднее в равелин и потому менее пострадавшими, перевезли во вновь отстроенную для нас Шлиссельбургскую крепость.
В первое полугодие заточения в равелине нам не давали абсолютно никаких книг для чтения, а потом, вероятно благодаря предложению священника, которого к нам прислали для исповеди и увещания, стали давать религиозные. Я с жадностью набросился на них и через несколько месяцев прошёл весь богословский факультет. Это была область, ещё совершенно неведомая для меня, и я сразу увидел, какой богатый материал даёт древняя церковная литература для рациональной разработки человеку, уже достаточно знакомому с астрономией, геофизикой, психологией и другими естественными науками. Потому я не сопротивлялся и дальнейшим посещениям священника, пока не перечитал всё богословие, а потом (в Шлиссельбурге) перестал принимать его, как не представлявшего по малой интеллигентности уже никакого интереса, и тяготясь необходимостью говорить, что только сомневаюсь в том, что для меня уже было несомненно (я говорил ему до тех пор, что недостаточно знаком с православной теологией, чтобы иметь о ней своё мнение, и желал бы познакомиться подробнее).
Тогда же сложились у меня сюжеты и моих будущих книг: «Откровение в грозе и буре», «Пророки» и многие из глав, вошедших в I и II томы моей большой работы «Христос». Но я был тогда ещё бессилен для серьёзной научной разработки Библии, так как не знал древнееврейского языка, и потому по приезде в Шлиссельбург воспользовался привезёнными туда откуда-то университетскими учебниками и курсами, чтобы прежде всего закончить своё высшее образование, особенно по физико-математическому факультету, но в расширенном виде, и начал писать свои вышедшие потом книги: «Функция, наглядное изложение высшего математического анализа» и «Периодические системы строения вещества», где я теоретически вывел существование ещё неизвестных тогда гелия и его аналогов, а также и изотропов и установил периодическую систему углеводородных радикалов как основу органической жизни. Там же были написаны и
