Литвы убеждал в необходимости совместной борьбы со шведами. Летом 1656 года в Митаве Ордин-Нащокин добился согласия герцога Иакова помогать России, а 9 сентября Россия подписала договор о дружбе и союзе с Курляндией.
Афанасий Лаврентьевич переписывался с курляндским правителем, французским агентом в Речи Посполитой, польским полковником. Принимал направлявшегося в Москву австрийского посла Августина Майерберр. Проявлял заботу об оживлении торговых связей с германскими городами.
Отметив успехи Ордина-Нащокина, царь Алексей Михайлович назначил его воеводой Кокнесе, подчинив ему всю завоеванную часть Лифляндии. В ведение воеводы были переданы все занятые русскими войсками город Прибалтики. Ордин-Нащокин стремился утвердить среди латышей добрые отношения к России. Он возвращал населению несправедливо изъятое имущество, сохранял городское самоуправление по образцу магдебургского права, всячески поддерживая горожан, в основном торговцев и ремесленников.
И все-таки большую часть своего времени Ордин-Нащокин отдавал делам дипломатическим, выработав собственную внешнеполитическу программу. Он проводил ее с большим упорством и последовательностью, входя нередко в конфликты с самим царем Алексеем. Афанасий Лаврентьевич считал, что Московскому государству необходимы «морские присташи» на Балтике. Чтобы достигнуть этой цели, он стремился создать коалицию против Швеции и отнять у нее Ливонию. Он хлопотал поэтому о мире между Турцией и Крымом, настаивал на том, чтобы с Польшей «мириться в меру» (на умеренных условиях). Ордин-Нащокин мечтал даже о союзе с Речью Посполитой, о «славе, которой покрылись бы славянские народы, если бы все они объединились под главенством России и Польши». Однако внешнеполитическая программа «русского Ришелье», как его называли шведы, не встречала понимания у царя, несмотря на большое доверие и расположние, которое он постоянно оказывал своему министру.
В апреле 1658 года царь пожаловал Ордину-Нащокину звание думного дворянина. В царской грамоте отмечалось: «Ты о наших делах радеен мужественно и храбро и до ратных людей ласков, а ворам не спускаешь, против шведского короля славных городов стоишь с нашими людьми самим сердцем».
В конце 1658 года думный дворянин, лифляндский воевода Ордин-Нащокин (будучи членом русского посольства) был уполномочен царем на секретные переговоры со шведами: «Промышляй всякими мерами, чтоб у шведов выговорить в нашу сторону в Канцах (Ниеншанц) и под Ругодивом (Нарва) корабельные пристани и от тех пристаней для проезда к Кореле на реке Неве город Орешек, да на реке Двине город Кукуйнос, что теперь Царевичев-Дмитриев, и иные места, которые пристойны». Примечательно, что докладывать о ходе переговоров Ордин должен был в Приказ Тайных дел.
Посольский съезд начался в ноябре недалеко от Нарвы в деревне Валиесаре. Государь торопил с заключением договора, присылал новые и новые инструкции. В соответствии с ними русские послы требовали уступки завоеванных ливонских городов, Корельской и Ижорской земель. Шведы же стремились вернуться к условиям Столбовского договора.
Подписанное 20 декабря 1658 года в Валиесаре перемирие (сроком на 3 года), фактически предоставлявшее России доступ к Балтийскому морю, было крупным успехом русской дипломатии. Россия сохраняла за собой занятые ею (до 21 мая 1658 года) территории в Восточной Прибалтике. Восстанавливалась также свободная торговля между обеими странами, гарантировались проезд, свобода вероисповедания и т. д. Поскольку обе стороны были в состоянии войны с Польшей, то взаимно решили не использовать это обстоятельство. Шведы согласились с почетным титулованием русского царя. А главное: «На обе стороны войне и задорам не быть, а быть тишине и покою».
Однако после смерти короля Карла X Швеция отказалась от идеи «вечного мира» с Россией и даже заключила в 1660 году мир с Польшей. Россия вновь оказалась перед вероятностью ведения войны на два фронта. В этих условиях Москва настаивала на том, чтобы как можно быстрее заключить мир со шведами (получить один-два города в Ливонии, даже заплатить при этом денежную компенсацию), дабы обратить все внимание на юг.
В этой ситуации Ордин-Нащокин в письмах царю просит освободить его от участия в переговорах со шведами. 21 июня в Кардисе боярин князь И.С. Прозоровский подписал мир: Россия уступала Швеции все завоеванное в Ливонии. При этом провозглашались свобода торговли русских купцов и ликвидация их довоенных долгов.
Исключительно деятельным было участие Ордина-Нащокина в русско-польских переговорах начала 1660-х годов, ставших важным этапом подготовки Андрусовского соглашения.
Понимая, как трудно будет добиться примирения с Речью Посполитой, он решал эту проблему постепенно. В марте — апреле произошел обмен пленными, в мае было достигнуто соглашение о безопасности послов. Но в июне обнаружилась полная несовместимость позиций сторон в вопросах о границах, пленных, контрибуции. От русского великого и полномочного посла требовалась большая выдержка, чтобы не прервать переговоров. Период с сентября по ноябрь 1666 года характеризуется сильнейшими дипломатическими атаками поляков, которые стали добиваться возвращения всей Литвы, Белоруссии и Украины. Но руководитель русской делегации твердо заявил, что «царь не пойдет на уступку Украины». Польские комиссры пригрозили продолжением войны. В отчете в Москву Ордин-Нащокин советовал царю принять польские условия. В последних числах декабря от имени царя полякам был уступлен Динабург, но послы настаивали на признании за Россией Киева, Запорожья и всей Левобережной Украины.
К концу года внешнеполитическое положение Речи Посполитой изменилось, и польские представители стали уступчивей. Уже будучи опальним, Ордин-Нащокин вскоре принимает самое деятельное участие в возобновившихся русско-польских переговорах. Его выдержка, хладнокровие дипломатическая мудрость во многом предопределили подписание 30 января (9 февраля) 1667 года важнейшего соглашения — Андрусовского мира, подведшего итог длительной русско-польской войне. Устанавливалось перемирие на 13,5 лет. Были решены и другие важные вопросы двусторонних отношений, в частности предусматривались совместные действия против крымско-османских нападений. По инициативе Ордина-Нащокина во многие страны (Англию, Бранденбург, Голландию, Данию, Империю, Испанию, Персию, Турцию, Францию, Швецию и Крым) были направлены русские дипломаты с «объявительными грамотами» о заключении Андрусовского перемирия, предложением дружбы, сотрудничества и торговли. «Гремеви в Европе слава тридцатилетнего перемирия, которого желали все христианские державы, — писал современник дипломата, — воздвигнет Нащокину благороднейший памятник в сердцах потомков».
Переговоры, подготовлявшие Андрусовский мир, проходили в несколько туров. И возвращение Ордина во время одного из перерывов в Москву (1664) совпало с судом над патриархом Никоном и его сторонником — боярином Н.И. Зюзиным, к которому Ордин относился с сочувствием. Эта бросило тень на думного дворянина, хотя его пособничество Никону доказано не было. Все же Афанасию Лаврентьевичу пришлось просить у царя прощения. Только доверие Алексея Михайловича, а также бескорыстие и честность самого Ордина-Нащокина спасли его от тяжелых последствий: его лишь удалили в Псков воеводой. Но и в этой должности Ордин оставалс дипломатом. Он вел переговоры и переписку с литовскими и польскими магнатами, размышлял о разграничении пограничных со Швецией земель. А для продвижения дела о мире с Речью Посполитой старался привлечь к посредничеству правителей Австрии и Бранденбурга, Дании и Курляндии.
Будучи человеком образованным, Ордин и сыну своему постарался дать хорошее образование. Воин Афанасьевич «был известен как умный, распорядительный молодой человек», даже замещавший иногда отца в Кокнее (Царевичеве-Дмитриеве городе). Но «страсть к чужеземцам, нелюбье к своему» привели его к бегству за границу. Правда, в 1665 году он вернулся из-а границы, и ему разрешили жить в отцовской деревне. Однако служебнй карьере Ордина-Нащокина это не повредило.
В феврале 1667 года Ордин-Нащокин был пожалован званием ближнего боярина и дворецкого и вскоре назначен в Посольский приказ в звании «Царственных и государственных посольских дел боярина». Летом того же года руководитель Посольского приказа разработал и образец новой государственной печати, после утверждения которого получил титул «Царственных большие печати и государственных великих посольских дел сберегателя» Затем ему были вверены смоленский разряд, малороссийский приказ, новгородская, галицкая и владимирская и некоторые другие приказы, в результате чего он сосредоточил в своих руках не только внешнеполитические, но и многие внутригосударственные ведомства, став фактическим главе правительства.
