Алексей Петрович Зверев (Алеша), университетский лаборант 
Д. И. Менделеев (в центре) среди профессоров и сотрудников Санкт-Петербургского университета. 1875 г. 
Племянница Д. И. Менделеева Надежда Яковлевна Капустина, в замужестве Губкина Вторая жена Д. И. Менделеева Анна Ивановна, урожденная Попова 
Д. И. Менделеев. А. И. Менделеева 1886 г. 
Д. И. Менделеев с дочерью Ольгой и ее женихом мичманом Л. В. Трироговым. Весна I889 г. 
После развода. Слева направо: Ольга и Владимир Менделеевы с дядей П. Н. Лещовым и матерью на даче в деревне Ново-Сиверской 
Подготовка к старту воздушного шара «Русский», на котором Д. И. Менделеев совершил одиночный полет из Клина в день полного солнечного затмения. 7 августа 1887 г. 
Д. И. Менделеев. М. А. Врубель. Середина 1880-х гг. ними обстоятельствами. Студенты требовали перемен, выламывали двери запертых аудиторий, ища место для многолюдных сходок, сотнями и тысячами выходили на демонстрации, дрались с жандармами, писали петиции, протестовали против режима, а Дмитрий Иванович именно в это время приближался к пику своего молодого преподавательского мастерства. На лекции Менделеева приходили люди с других факультетов и даже образованные горожане отнюдь не студенческого возраста, но университет-то уже находится на пороге закрытия. «Народу у меня много сидело… Читал я об законе кратных отношений, паев, законе гомологии… Записывали многие, даже дама одна. Не последняя ли это лекция моя? А первая-то по блеску из всех, которые я до сих пор читал, так несомненно первая. Чувствую, что не смущаюсь, что говорю свободно, только тороплюсь, спешу перейти к более интересному новому, к жераровой революции[21]…» А вокруг бушевала жажда совсем другой революции.
Менделеев, еще недавно восторгавшийся бурлящей Италией, конечно, не мог не сочувствовать одухотворенной студенческой толпе. Он тоже хотел верить, что в России наступает новая эпоха, он ее приветствовал, но одновременно точно знал, что сам витийствовать не должен и не будет. Противостояние приобретало всё более крайние, претящие ему формы. Правительство и не думало договариваться с бунтарями. Вскоре уже никто не помнил причин конфликта: студенты потребовали то ли побыстрее рассматривать жалобы, то ли снизить плату за обучение. Дело было совсем в другом, неизмеримо более значимом, но в чем же именно? Вечерами Менделеев лихорадочно, страница за страницей, исписывал свой когда-то мирный «гейдельбергский» дневник картинами тревожных событий, ища их суть и смысл, и с каждым днем всё более укреплялся в мысли о том, что необходимо успокоить горячих студентов, уберечь их от жертв и крови. Чего, в самом деле, можно было ждать от военного начальства, которому правительство полностью развязало руки? «Их не спросят, чего они хотят, их не будут слушать, им только велят, ударивши 3 раза в барабан, разойтись, и потом, по воле начальника военной силы, какое хотят оружие, то и употреблять, и ответственности нет никакой. Ужасные дела. Невероятно, как это прошло через руки министров и государя в наше время. Печаль, тоска, омерзение».
Он искал умеренную «партию» и не мог ее найти. Кто-то из профессоров поддерживал студентов, кто-то — правительство, кто-то равнодушно ждал развития событий. К Менделееву приходили с петициями об освобождении арестованных студентов. Он подписывал. Студентов всё равно не отпускали. Вскоре ими была заполнена вся Петропавловская крепость, на стенах которой какой-то смельчак вывел большими буквами: «Петербургский университет». Дмитрия Ивановича приглашали вместе с другими профессорами к министру. Он не ходил. Сделал попытку уйти в отставку — ректор Срезневский, слава богу, не принял заявление. Менделеев записал в дневнике: «Обуяет внутри мерзость какая-то. Видишь себя бессильным, слабым… отчаяние берет. Режут, топчут — сила физическая велика их, наша ничтожна, мало будет за них (студентов. — М. Б.), и чем больше будем толковать, тем больше делу прогресса повредишь. Надо молчать и дело делать, надо нравственную силу увеличивать, а не выбалтываться — на то много силы тратится. Жаль — России грозит опять надолго темень…» Манифестации и столкновения продолжались до середины декабря. 20-го числа университет закрыли, и Менделеев вместе с группой других профессоров был выведен за штат.
Сразу после этого события Дмитрий Иванович оказывается в числе самых энергичных организаторов свободного лектория в Таврическом дворце и училище Святого Петра (Petris-chule). Вместе с ним публичные лекции начали читать многие университетские профессора и ученые из других вузов. Несмотря на сугубо предметное содержание, лекции, безусловно, носили некий отпечаток фронды и воспринимались начальством без удовольствия. Министерство просвещения в это время вело двоякую политику в отношении университетских преподавателей: с одной стороны, стремилось выдавить из аудиторий и общественной жизни наиболее неприятных для себя профессоров (например, за одну лишь попытку высказаться по поводу происходивших событий был арестован один из активных участников лектория профессор П. В. Павлов), с другой — пыталось сохранить лояльность «тяглового» профессорского корпуса. Видимо, поэтому выведенным за штат преподавателям сохранили денежное содержание вплоть до пересмотра устава университета и вообще старались обращаться с ними поласковее, даже сняли препоны против длительных научных командировок в Европу. Что касается студентов, которым было предложено искать место в других университетах, то они уже валили из России толпами — только теперь не за наукой, а за политической свободой. Лекторий (иногда он именуется Вольным университетом) просуществовал всего месяц и был закрыт в знак протеста против ареста П. В. Павлова.
Всё это бурное время Менделеев продолжал упорно трудиться: читал лекции, ставил опыты, писал статьи, занимался переоснащением вверенной ему лаборатории Института Корпуса инженеров путей сообщения, горячо выступал на квартирных профессорских собраниях, где политические и научные новости обычно обсуждались с равным интересом. Его причудливо сбалансированная натура, несмотря ни на что, реализовывала себя во всём, включая личную жизнь. «Писать больше не могу и некогда, и мысли так врозь идут и тяжко, и свободно — всё так мешается — не разберешь, право. Надумал, наконец, —
