В годы Великой Отечественной войны, отмечал В.Н.Андрианов, в силу неподготовленности органов госбезопасности к использованию партизанских форм борьбы было много трудностей и недостатков в области взаимодействия разведывательных сил за линией фронта. Например, к началу войны имелась инструкция о взаимоотношениях разведывательных органов НКГБ, погранвойск НКВД, НКО и НКВМФ, введенная в действие 29 апреля 1941 г. Она определяла порядок обмена разведывательными сведениями между разведорганами различных ведомств, порядок подготовки и организации переброски через границу агентуры, однако не предусматривала никакого взаимодействия в условиях военного времени.
В ходе войны эту задачу приходилось решать в тяжелых условиях ожесточенных оборонительных сражений и отхода войск в глубину страны. Органам госбезопасности при налаживании взаимодействия с партизанами в разведывательной работе в какой-то мере способствовало то обстоятельство, что до лета 1942г. на них возлагалось руководство оперативной и боевой деятельностью партизанских отрядов.
Многие грубые просчеты и ошибки явились следствием ошибочных действий Л.П.Берии и его окружения в аппарате руководства НКВД, продиктованных ведомственными интересами, стремлением обеспечить не только чекистское проникновение во все доступные сферы, но и линию влияния, если не руководства.
Так, на Украине в июле 1942 г. при выделении партизанских отрядов из системы органов внутренних дел вся агентура, действовавшая в тылу врага, и оперативный состав, работавший с этой агентурой, остались закрепленными за 4-м отделом НКВД республики. Карельский ШПД и руководимые им партизанские формирования тоже остались без агентурной сети и специалистов-разведчиков. Из 13 партизанских отрядов только в одном остался заместитель по разведке, да и то малоопытный, все остальные были отозваны в распоряжение НКВД республики. Ранее добытые через агентуру и разведгруппы данные о противнике также остались в НКВД КФССР. Карельский ШПД и партизанские силы республики были поставлены в тяжелое положение, их база разведывательной работы крайне сужена. Такой местнический подход не только мешал взаимодействию разведывательных сил, но и снижал результативность их работы. Много усилий потребовалось приложить партизанам Карелии, чтобы снова наладить разведывательную работу после «реформ», проведенных летом 1942 г.
Следует сказать, что, преодолев эти трудности, разведка карельских партизан только в 1943 г. получила возможность получать подробные данные о составе и группировке противника на мурманском, кандалакшском, кестеньгском, ухтинском, ребольском, медвежегорском и заонежском направлениях в бытность деятельности активного участника партизанского движения в Карелии Ю.В.Андропова (1914 – 1984).
Трудности в организации взаимодействия возникали и в связи с тем, что некоторые руководители органов госбезопасности, внутренних дел, находившиеся под влиянием Л.П.Берии, избегали контактов с партийными органами, разведотделами ШПД по вопросам разведработы в тылу врага. Такую позицию, например, занимал бывший нарком госбезопасности Белоруссии Л.Ф.Цанава. Он постоянно оказывал давление на подчиненных, требуя от них проведения «своей линии». Вместе с тем следует подчеркнуть, что подобные ситуации не были типичными. Подавляющая масса чекистов руководствовалась, прежде всего, интересами скорейшей победы над фашизмом.
Не все обстояло благополучно и в сфере взаимодействия между разведывательными силами партизан и армии. Даже в 1943 г. в планах разведотделов штабов фронтов часто не предусматривалось использование партизан. Так, летом 1943г., перед началом и в ходе наступления советских войск на Орловской дуге, разведотдел штаба Брянского фронта разрабатывал подробные планы разведки, в которых ни словом не упоминалось о привлечении к решению разведывательных задач партизан. А между тем на территории Орловской области действовала крупная, имевшая богатый боевой опыт группировка брянских партизан. Иногда разведотделы фронтов обращались в Главное разведуправление Генерального штаба Красной Армии по таким вопросам, которые успешно могли решать партизаны. В 1941 – 1942 гг. имело место необоснованное недоверие к агентурной разведке партизан.
Отсутствие согласованности между разведорганами разных ведомств приводило к параллелизму в работе, неполному использованию агентурных возможностей, нарушению конспирации при переправе партизанских формирований и агентуры через линию фронта. Такие недостатки, например, были вскрыты на Ленинградском фронте. В целях их устранения Военный совет фронта вынес постановление от 2 августа 1943 г. «О координации действий органов разведки и контрразведки в тылу противника на временно оккупированной территории». Постановление обязывало начальника разведотдела штаба Ленинградского фронта, Управление НКГБ, Управление контрразведки «Смерш» фронта, начальника Ленинградского штаба партизанского движения и начальника разведотдела Балтфлота согласовывать планы, районы выброски агентуры, партизанских отрядов и групп, направляемых во вражеский тыл на территории Ленинградской области.
Если же рассматривать партизанское движение в первый год войны в целом, то видно, что оно действительно носило преимущественно политический характер, но не потому, что так было задумано, а в силу общей неподготовленности и тех препятствий в деле его централизации, которые чинились. Если при этом еще учесть, что партизанские силы использовались не по назначению, а «для борьбы с регулярными частями немецких войск», то становится ясно, почему спустя год после начала войны партизанская борьба все еще не получила должного размаха.
Утверждение в сознании народа освободительных идей борьбы с фашистским агрессором, осознание массами целей и причин войны, безусловно, имело огромное значение. Это положение было ориентиром в деятельности партии в годы войны и сыграло огромную роль.
Не касаясь идеологической и политической работы, направленной на развертывание партизанского движения, отметим следующее. С позиций теории партизанской войны нельзя буквально воспринимать утверждение зарубежных историков об инспирировании кем бы то ни было партизанского движения. Это сложный социальный процесс, захватывающий и увлекающий широчайшие слои народных масс. Речь может идти не об инспирировании, а лишь о том, чтобы возглавить партизанское движение, внести в него сознательность, придать ему организованность и целенаправленность, обеспечить управляемость и подчиненность решению главной задачи. Вместе с тем все это не исключает прогнозирования активной подготовительной и организаторской работы, включения в конечном счете малой войны в военную доктрину.
Поднимая народ на борьбу в тылу врага, руководство страны видело в этом не только силу, способную оказать действенную помощь Красной Армии в вооруженной борьбе с немецко-фашистскими захватчиками, но и мощное средство поддержания и укрепления морального духа широких народных масс, оказавшихся под гнетом фашистской оккупации. Налицо взаимосвязь, взаимообусловленность этих процессов.
Десятки тысяч советских людей готовы были идти добровольцами в тыл врага. Но одного патриотического желания для успешной борьбы за линией фронта было явно недостаточно. Необходима соответствующая специальная подготовка, профессионализм, знание методов и приемов боевой, диверсионной и разведывательной деятельности. Во главе партизанских формирований должны были стоять опытные и умелые организаторы-практики, усвоившие теорию партизанской войны, ее идеологию.
Между тем большая тяжесть организации партизанского движения в тылу врага легла на местные органы власти, которые практически не могли решать эти специфические вопросы самостоятельно, без помощи чекистских органов.
Партизанские силы с первых дней войны стали ощущать острый недостаток в минерах, радистах и других специалистах. Их подготовка была возложена на органы госбезопасности и внутренних дел. Они же снабжали создаваемые партизанские отряды и диверсионные группы оружием, боеприпасами, радиосредствами и др. Это не гарантировало обеспечения партизан чекистских формирований продовольственными пайками, их экипировку и т.д, на них распространялась установка на самообеспечение. В ряде случаев армейские партизаны обеспечивались лучше, чем чекисты. Отсутствие радиосредств вынуждало пользоваться курьерами-связниками.
В начале войны был слабо подготовлен для боевой деятельности и сам чекистский состав, оставленный в тылу врага. Не говоря уже о профессиональной пригодности командиров партизанских отрядов, назначаемых из числа секретарей райкомов, председателей районных и сельских советов, председателей колхозов, директоров совхозов и МТС, не имевших специальной и военной подготовки и опиравшихся лишь на авторитет прежней своей должности. Практически до начала 1942 г. шла массовая отправка в тыл врага неподготовленных и необеспеченных партизанских формирований.