Уничтожение колонии
В отсутствие Баранова на Ситхе началось восстание. Несколько сот туземцев неожиданно напали на селение русских. Большинство колонистов в то время находилось на промысле. Горстка людей старалась дать отпор во много раз превосходящему по численности противнику. Но островитянам удалось поджечь почти все строения: казармы, сараи, дом правителя, мастерские. С живых пленных они снимали скальпы.
Колония на Ситхе была уничтожена.
Среди нападавших индейцев находилось несколько европейских моряков. Незадолго до кровавых событий их высадили то ли с английского, то ли с американского корабля за какие-то преступления. Однако есть подозрение, что эти моряки оказались на острове для подготовки восстания против русских.
В своей книге Петр Тихменев сообщал об этой трагедии: «Вообще погибло в Ситхе 20 человек русских с их начальником передовщиком Медведниковым, и 130 человек партовщиков алеутов, разграблено до трех тысяч шкур морских бобров и прочие меха, и сверх того сожжено судно построенное…»
Находившийся неподалеку от места кровавых событий английский корабль под командой Барбера предоставил убежище тридцати четырем скрывшимся от расправы туземцев колонистам. Среди них было восемнадцать женщин и шестеро детей.
Правда, через несколько дней Барбер за эту услугу потребовал от Александра Андреевича оплаты. После короткого торга стороны пришли к соглашению.
Петр Тихменев приводил мнение русских колонистов о кровавой драме на Ситхе: «Между разными сведениями о том, кто наиболее способствовал туземцам и советами, и даже самым делом, то есть доставлением им оружия и пороха к разорению крепости, большая часть поставляла англичан, как главных виновников этого происшествия. Подобные рассказы тем более заслуживали вероятия, что, по показанию промышленных, хотя Барбер и его спутники говорили, что сделали всевозможное для спасения русского заселения, но на самом деле они во время нападения диких уклонились со своим судном в сторону, и тогда только начали действовать, когда все было сожжено и разграблено.
Впрочем, по другим слухам, не одни англичане участвовали в уничтожении заселения. Несколько беглых американских матросов находились в соединении с колошами (народ острова Ситха и Аляски), и без пощады истребляли и грабили все, что им попадалось».
Ободренные победой на Ситхе, в 1802 году индейцы совершили нападения на промысловые отряды колонистов и их союзников. Так в Кенайском проливе они уничтожили около девяноста алеутов. Всего в том году на Аляске туземцами было убито более двухсот русских и алеутов.
Подавление восстания
К тому времени Баранов уже имел боевой опыт. Еще в 1793 году он с небольшим отрядом исследовал побережье Аляски в районе Якутата. Однажды под утро на его лагерь напали индейцы.
Спросонья Баранов выскочил из палатки и увидел туземцев в шлемах, в масках чудовищ, в кожаных доспехах. Схватив лежавший на земле топор, он начал размахивать им и выкрикивать угрозы. Но остановить нападавших не смог. Они кололи копьями спящих через холст палатки.

Александр Андреевич, несмотря на ранение, все же сумел собрать своих людей и дать отпор. Впоследствии выяснилось, что на лагерь напали аляскинские колоши (тлинкиты) с мыса Св. Ильи.
Почти два года Ново-Архангельск, столица Русской Америки на Ситхе, находилась во власти туземцев. В 1804 году Баранову удалось собрать вооруженные силы, чтобы навести порядок на острове. К Ситхе направились корабли «Александр», «Ермак», «Екатерина», «Ростислав». На помощь этой флотилии прибыл и корабль «Нева» под командованием Юрия Лисянского.
«Нева» вместе с кораблем «Надежда» совершала кругосветное путешествие. Руководителем первой русской экспедиции был Иван Крузенштерн. Более года «Нева», прервав намеченный маршрут, выполняла охранную службу у южных берегов Аляски.

После высадки на Ситхе Баранов предложил мятежным туземцам сдаться. В ответ последовал отказ. Начался штурм захваченного индейцами укрепления.
Сражение длилось несколько дней. Баранов был снова ранен и все же не покинул поле боя. Наконец островитяне дрогнули и отступили.
Александр Андреевич великодушно простил вождю ситхских индейцев измену в ответ за обещание не нарушать мир. Никого из мятежников после сложения оружия не казнили. Однако и за этот поступок правителя Русской Америки упрекали в жестокости и соотечественники, и иностранцы.
«Страна разрастается»
Один из офицеров с корабля «Нева» в 1804 году писал на родину, что с удивлением открыл для себя Новый Свет — необычную страну, которой управляет простой олонецкий купец. И, несмотря на беды и трудности, «страна разрастается и крепнет».
Состояние русской колонии в Америке того времени описал в своей книге Петр Тихменев: «… компания (Российско-Американская) имела следующие укрепления: учрежденное Шелеховым на Кадьяке в гавани Трех Святителей, другое на этом-же острове в Павловской гавани; за тем на о. Афогнаке; Александровское на Кенайском мысу; три в Кенайском заливе: Георгиевское, Павловское и Николаевское; два в Чутацком заливе, из коих одно находилось в заливе Нучек, в гавани Константина и Елены, и другое в Деларовой гавани (залив Зайкова)…
За означенными укреплениями следовали: Симеоновское у мыса Св. Илии; два в заливе Якутат, и, наконец, Новоархангельское на острове Ситха.
Все эти укрепления большею частию были вооружены медными единорогами трех-фунтоваго калибра (чугунных пушек было весьма немного). Различного оружия при укреплениях, ружей, винтовок и штуцеров считалось до 1500 штук. Вообще надобно заметить, что все эти укрепления были достаточно сильны для защиты, при благоразумной предосторожности, от неприязненных туземцев и даже колошей. Последние были вооружены между тем никак не хуже русских…
Промысловые артели были расположены большею частию при укреплениях, и кроме того во многих местах находились временные партии, для производства промысла и торговли с туземцами. При заселениях в Уналашке и на Кадьяке… были конторы, заведывавшие подчиненными им местами, — под непосредственным начальством главного правителя колоний.
Число служащих в колониях различного звания, из прибывших из Сибири и из прочих российских губерний к 1805 году было 470 человек».
«Столица» колонии
Закладывая новый город на острове Ситха, Баранов назвал его Ново-Архангельском — в честь знаменитого города русских моряков, рыбаков, охотников, купцов Архангельска.
В столице Русской Америки (в наше время — это американский порт Ситка) по приказу Баранова был возведен деревянный острог со сторожевыми башнями. Внутри острога находилась церковь Михаила Архангела. Там же располагались жилые дома колонистов, контора Компании, продовольственные склады, школа. В центре, на площади, высилась мачта с флагом Российско-американской компании. Рядом с острогом, на берегу были построены здания адмиралтейства, верфь, казармы, торговые ряды, сушильни,