Вероятно, Алексей Михайлович высказал вскоре после этого намерение освободить невинно осужденного патриарха, потому что придворные интриганы ударили тревогу, и в начале 1668 года архимандрит Иосиф прислал в Москву донос. Дело в том, что зимою распространился в Ферапонтовом монастыре слух, что перед замерзанием рек с Волги по Шексне приезжали под видом богомольцев агенты Разина и подходили под благословение к опальному патриарху. Этим слухом воспользовались, и в доносе Иосифа оказалось, что к Никону приходили воровские донские казаки и намеревались освободить его из заточения. В Москве всполошились и произвели дознание, вследствие чего много несчастных, по одному подозрению в связях с опальным патриархом, было схвачено и подвергнуто пыткам. Донос не подтвердился, но перед кельею больного Никона стали постоянно дежурить двадцать стрельцов с дубинами; старика стеснили, в чем только была возможность, и он стал хиреть и чахнуть.
Занятый политическими делами, Алексей Михайлович забыл про Никона, пока домашнее горе не напомнило ему про горемыку. 2 марта 1669 года скончалась царица Марья Ильинична, 3 марта – дочь Авдотья, 18 июня – сын Семен, а 17 января 1670 года – сын Алексей. Царь вспомнил про ферапонтовского ссыльного и послал ему “ругу” со Стрешневым: как ни печально было материальное положение Никона, но он с гордостью отказался принять подачку. 6 июня 1670 года в Москве был казнен Степан Разин, и взволнованное им Поволжье постепенно успокаивалось, а обвинение над Никоном в связях с грозным атаманом продолжало тяготеть. Долгие физические страдания сломили энергичную натуру старика, и он стал не требовать, а просить пощады. Поэтому в конце 1671 года он послал Алексею Михайловичу письмо, в котором просил прощения за все, в чем его считали виноватым. “Я болен, наг и бос, – писал Никон, – сижу в келье затворен четвертый год. От нужды цинга напала, руки больны, ноги пухнут, из зубов кровь идет, глаза болят от чада и дыму. Приставы не дают ничего ни продать, ни купить; никто ко мне не ходит, и милостыни не у кого просить. Ослабь меня хотя немного”. При дворе в это время наибольшим значением пользовался Артамон Сергеевич Матвеев, бывший невольно причиною заговора Зюзина в пользу Никона; его дальняя родственница и воспитанница, Наталья Кирилловна Нарышкина, 22 января 1671 года сделалась второю супругою Алексея Михайловича. Под двойным влиянием кроткой жены и умного любимца-временщика царь не остался глухим к просьбе первой жертвы зарождающегося самодержавия. Не давая веры нелепому обвинению в связях с Разиным, царь приказал содержать Никона в Ферапонтовом монастыре без всякого стеснения: стражу отозвали, старику дали отдельную келью, чистую, просторную, а пища его сделалась не только обильною, но и роскошною; Кирилово-Белозерскому монастырю предписано было доставлять Никону все, что понадобится. Благодаря этому Никон смог завести собственное хозяйство, составил себе библиотеку, лечил больных и в досужное время полюбил ездить верхом; мирясь с судьбою, опальный патриарх решился принимать от царя подарки и денежную пенсию. Однако переход от голода и нищеты к относительному благосостоянию был настолько резок, что Никон стал заметно слабеть умом и телом; годы и болезни еще более подточили его силы. Его начали занимать мелкие дрязги монастырской жизни, нередко он ссорился с монахами, постоянно был чем-то недоволен, ругался без толку и писал Алексею Михайловичу забавные доносы; например, он пожаловался раз на кириловского архимандрита, что тот напускает к нему в келью чертей, которые его беспокоят.
Несколько лет положение Никона оставалось неизменным. 17 февраля 1672 года умер патриарх Иоасаф, относившийся к своему предшественнику довольно равнодушно. Новый патриарх Питирим, с июня 1672 года бывший митрополитом Новгородским, питал по-старому враждебные чувства к бывшему своему начальнику, но не мог вредить ему, так как царь открыто принял сторону Никона и не давал его в обиду. 19 апреля 1673 года Питирим умер, и его преемником с 26 июля 1674 года был архимандрит Чудова монастыря, позднее новгородский митрополит Иоаким. В юности Иоаким был ратным человеком и участвовал в войне с Польшею; чувствуя влечение к созерцательной жизни, он отказался от света и в Киеве постригся в монахи; через несколько лет Никон выписал его в Москву и назначил келарем Чудова монастыря. После отречения Никона от патриаршества Иоаким, недолюбливавший его, принял сторону врагов его, сделан был архимандритом и открыто осуждал поведение Никона. Вполне естественно, что упрямый и гордый Иоаким, достигнув патриаршего престола, вовсе не желал возвращения Никона из далекой ссылки и всеми силами старался подействовать в этом смысле на царя, который не один раз высказывал желание освободить бывшего друга от заточения. Оберегая Никона от нового патриарха и щедро посылая изгнаннику подарки и даже лакомства, Алексей Михайлович скончался 29 января 1676 года, и на престол вступил старший сын его от Марьи Ильиничны, Федор III Алексеевич.
Царь Федор Алексеевич родился 8 июня 1656 года, следовательно, вступил на престол на двадцатом году; это был болезненный молодой человек, с четырнадцатилетнего возраста пораженный неизлечимою болезнью и едва ходивший. Само собою разумеется, что власть была у него в руках только номинально, тем более, что в многочисленной царской семье был полный разлад, а своевольные бояре примыкали к той партии, у которой надеялись иметь больше выгод. Главных партий было две: во главе первой стояла умная и энергичная царевна Софья Алексеевна, сестра царя, а во главе второй – его мачеха, царица Наталья Кирилловна. На стороне царевны были бояре Иван Михайлович Милославский и Богдан Матвеевич Хитрово, открывший враждебные действия против патриарха Никона в 1658 году; на стороне царицы – боярин Артамон Сергеевич Матвеев, озлобивший всех своим быстрым повышением. Начались интриги вокруг молодого царя, и уже 4 июня 1676 года Матвеев был отправлен на жительство в Лаишев, а 11 июня 1677 года лишен боярства и сослан в Пустозерск. Одновременно принялись и за бессильного уже Никона.
Вступив на престол, набожный и честный Федор Алексеевич первым делом послал Федора Абрамовича Лопухина, будущего тестя Петра Великого, к Никону с дарами и вестью о кончине отца; вместе с тем, согласно воле отца, выраженной в духовном завещании, он приказал просить прощения и разрешения покойному царю на бумаге, выказывая этим явно, что, вопреки приговору вселенских патриархов, он считает Никона патриархом на покое, а не старцем Никоном. Но изгнанник никогда не был льстивым царедворцем и не умел поступаться своими убеждениями, поэтому он отвечал: “Бог его простит, но в страшное пришествие Христово мы будем с ним судиться. Я не дам ему прощения на бумаге”. Такой ответ, естественно, огорчил не искушенного жизнью царя, он не мог оценить всю горечь, накопившуюся в Никоне за 18 лет травли, которой на его глазах подвергся уже Матвеев. Иоаким и Хитрово воспользовались таким настроением Федора Алексеевича, чтобы отравить последние годы жизни Никону. При их тайном подстрекательстве на бывшего патриарха посыпались доносы; находившийся в монастыре писарь Шайсупов и монах Иона, когда-то служивший келейником у Никона, между прочим, доносили, что “...он называет себя по-прежнему патриархом и занимается стрельбою; застрелил птицу баклан за то, что птица поела у него рыбу; дает монахам целовать руку, называет вселенских патриархов ворами, лечит людей, которые от его лекарства умирают; напивается пьян; рассердившись, дерется сам и другим приказывает бить монахов”. Эти вздорные доносы были написаны, конечно, в уверенности, что, при изменившихся обстоятельствах, их примут на веру. Патриарх Иоаким по-своему представил все дело царю, и тот согласился, чтобы Никона перевели в Кирилово-Белозерский монастырь под надзор двух старцев монахов, которые должны были постоянно жить с ним в келье и никого к нему не допускать. Никон еще настолько владел умственными способностями, что понял постигшую его беду и пытался доказать лживость доноса, но Иоаким, конечно, не обратил внимания на его оправдания.
Однако при дворе молодого царя нашлась заступница угасающего старика; это была тетка Федора Алексеевича, царевна Татьяна Михайловна, с детства благоговевшая перед величавою личностью Никона. Кроме нее, за опального стал хлопотать бывший учитель царя, монах Симеон Петровский-Ситианович, обыкновенно называемый по месту рождения Полоцким; он приехал в Москву в 1664 году и мог, в качестве постороннего зрителя, по справедливости оценить все пошлые нападки на отрекшегося от власти патриарха. Хлопоты этих двух светлых и честных личностей не пропали бесплодно, и Федор Алексеевич своею властью облегчил положение Никона и не велел его стеснять; затем предложил патриарху Иоакиму перевести изгнанника в любимый его Новый Иерусалим. Узнав об этом, монахи созданного Никоном монастыря подали царю со своей стороны челобитную, умоляя возвратить им Никона, “как пастыря к стаду, как кормчего к кораблю, как главу к телу”. Но Иоаким заупрямился.
Не в меру ревностный архипастырь забывал, что место административной ссыпки назначали не патриархи, а светская власть в государстве. Желая оставаться на почве легальности, настойчивый, несмотря на свою болезненность, Федор Алексеевич несколько раз повторял свою просьбу, а затем созвал
