Стиль руководства Драгута сказался очень скоро. Батарею на Шиберассе усилили пятьюдесятью пушками. Новая батарея была размещена на мысе Тинье (северный берег бухты Слима-крик) для бомбардировки Сан-Эльмо с севера и еще одна на мысе Рикасоли (крайняя юго-восточная точка Большой гавани), откуда турецкие орудия могли простреливать часть Большой гавани между фортами Сан-Эльмо и Сан-Анджело, прекращая движение лодок с подкреплением. Через день после прибытия Драгута сила огня, ведущегося по Сан-Эльмо, была удвоена. 3 июня заработала новая батарея на мысе Тинье. Однако усилилась и стрельба обороняющихся.
С началом лета жара стала причинять новые неприятности и осажденным, и осаждающим, не столько из-за недостатка воды, сколько из-за разложения трупов, лежащих во рвах и траншеях. Рыцари собирали всех своих убитых внутри форта и по-христиански предавали земле, но не имели такой возможности в отношении других, поскольку практически вся земля за пределами форта была в руках турок. В то же время осаждающих начала косить дизентерия, возникшая из-за отравления мальтийцами колодцев в Марсе (крайняя южная точка Большой гавани), где турки открыли госпиталь для лечения раненых и заболевших. Однако для христиан положение ухудшилось значительнее, поскольку они лишились возможности получать подкрепления из Сан-Анджело и стали более экономны в отношении еды и снаряжения. Турки рвались в решающую атаку на форт, но Драгут выжидал, стремясь выбрать подходящий момент.
Однажды ранним утром турецкие саперы произвели разведку. Не замеченные часовыми, двое из них подобрались к стене и через нижнюю амбразуру увидели, что все христианские воины спят. Через несколько минут с диким криком янычары ринулись в атаку. Большинство застигнутых врасплох христиан было перебито, но несколько из тех, что остались в живых, сдерживали своим огнем янычар, лезущих по штурмовым лестницам и перекидным мостикам, пока оставшиеся защитники не вбежали внутрь форта и не закрыли ворота. Янычары продолжили свою атаку, но были встречены огнем из мушкетов и зажигательными снарядами. Последние представляли собой небольшие горшочки, наполненные легкогорючими смесями и снабженные запалом. Они поджигались, метались на расстояние до тридцати ярдов и, взрываясь, охватывали огнем большую площадь. Использовалось также приспособление, напоминавшее трубу и извергавшее огонь. Оно было снабжено механизмом, выбрасывавшим два небольших железных или бронзовых цилиндра, наполненных порохом, в свою очередь выстреливавших пулями. Эти виды оружия предназначались для ближнего боя и с большим успехом были использованы защитниками Сан-Эльмо против янычар.
Многие янычары превратились в живые факелы, а не нашедшие жертвы снаряды падали во рвы, которые сами турки при осаде забросали деревом, соломой и землей. Сухая трава и древесина под действием огненной смеси моментально возгорались, и стена огня препятствовала отступлению янычар. В результате всего этого погибли почти две тысячи турок, преимущественно янычар. Мустафа-паша был вынужден остановить штурм. Защитники потеряли десять рыцарей и семьдесят солдат.
Но эта блестящая победа христиан не могла значительно улучшить ситуацию для защитников форта. Понесшие чувствительные потери, лишенные поддержки, бившиеся без отдыха, испытывавшие недостаток в пище и воде и прочие тяготы осады, защитники Сан-Эльмо находились в постоянном ожидании смерти, что в конце концов исчерпало их физические и душевные силы. 8 июня гроссмейстер получил послание из Сан-Эльмо, доставленное итальянским рыцарем Вителлино Виталлески. Петиция, подписанная пятьюдесятью тремя рыцарями, начиналась детальным описанием положения форта, который они защищали, не щадя себя. Сил для дальнейшей обороны не оставалось. Рыцари писали, что форт наверняка падет, и просили прислать лодки, чтобы они могли покинуть его на следующий день. Если же это невозможно, то они готовы пойти на прорыв и погибнуть как подобает рыцарям. Считать подобное проявлением трусости или неповиновения было нельзя: рыцари лишь просили дать им возможность сохранить себя для продолжения борьбы вместо неизбежной, бессмысленной, хотя и геройской гибели. Однако это могло в конце концов перерасти в мятеж, поэтому прошение требовало быстрого ответа. В то же время следовало не спеша искать правильное решение. Ла Валлетт призвал трех рыцарей из разных «языков» и сообщил им содержание письма. Затем он попросил их проникнуть в форт и доложить о его состоянии. Ла Валлетт сказал Виталлески: «Наши законы чести не будут соблюдены, если кем-то пожертвуют без необходимости. Но обязанность солдата – подчиняться. Скажите своим товарищам, что они должны оставаться на своих постах. Я решу, что делать, когда получу доклад о ситуации в форте!» Трое рыцарей – Медина, Антуан де ла Рош и Константин Кастриола, – как и было приказано, проникли в Сан- Эльмо и в тот же день вернулись назад. Двое доложили, что нашли ситуацию безнадежной, но третий был более оптимистичен, заявив, что с небольшим подкреплением форт способен продержаться довольно долго, и в подтверждение своих слов вызвался возглавить отряд помощи. Ла Валлетт поверил его словам, и Кастриола получил около шестисот человек, готовых прорваться в Сан-Эльмо.
Ла Валлетт не предполагал выделять такое количество людей, но сделал это с целью поднятия морального духа своих рыцарей. Он немедленно отправил им новое послание, в котором сообщалось, что отряд добровольцев набран и что изнемогшие защитники Сан-Эльмо могут покинуть форт после того, как свежее пополнение займет их места. Он не забыл добавить, что, несмотря на то что они вольны так поступить, они могут быть полезны для дальнейшей обороны как люди, достойные доверия. Его план сработал, когда рыцари, получив послание, осознали, что, спасшись сами и потеряв форт, они будут опозорены. Их рыцарская гордость возобладала над чувством самосохранения. Они ответили гроссмейстеру в письме, доставленном пловцом Тони Бахада, что извиняются, просят их не заменять и обещают биться до конца.
Ла Валлетт простил их и в знак прощения послал десять рыцарей и около сотни солдат для поддержки защитников Сан-Эльмо.
Упорство защитников форта произвело впечатление даже на Драгута. Хотя форт уже был наполовину разрушен, рыцари, мальтийцы и другие воины держались стойко, и турецкий командующий полагал, что кампания складывается неудачно. Особенно плохо для турок было то, что орденская кавалерия атаковала и уничтожила турецкую батарею на мысе Рикасоли. Это снова позволяло рыцарям переправлять в форт подкрепления на лодках. Мустафа-паша был еще больше обеспокоен, тем более что постоянно опасался прибытия больших сил с Сицилии, что положило бы конец его действиям. Особенно его напугало появление 10 июня, в день, намеченный для новой атаки, двух мальтийских галер к северу от Гозо. Он посчитал эти две галеры авангардом большого флота и потребовал у Пиали-паши быстро их перехватить. На самом деле это были две галеры, отправленные Ла Валлеттом перед началом осады на Сицилию и возвращавшиеся теперь с пятьюстами испанскими солдатами. Эти солдаты были последними, которых вице-король мог прислать на данный момент. Но Пиали-паша начал охотится за ними до того, как они смогли высадиться. Затем Драгут настоял, чтобы не менее сотни судов Пиали-паши патрулировали Мальтийский пролив, дабы пресечь возможность появления других кораблей с помощью для острова. Он также распорядился возвести еще более мощную батарею на мысе Рикасоли и наполнить Большую гавань малыми судами с вооруженными людьми, чтобы не позволять отдельным лодкам рыцарей подвозить по ночам подкрепления в Сан-Эльмо. Для защитников форта оставалась одна возможность сообщения с гроссмейстером – использовать мальтийских пловцов. Предприняв все эти шаги, турки, наконец, решили провести запланированный штурм, который должен был стать последним и решительным. Атака была намечена на ночь того же дня 10 июня.
В свете факелов и фальшфейеров янычары бросились на приступ. Сан-Эльмо был так освещен, что можно было видеть все, что находилось вокруг гавани, включая Сан-Анджело, откуда бомбардиры ордена наводили свои пушки на атакующих. Турки предпринимали атаки несколько раз, но были отброшены. Они потеряли около полутора тысяч убитыми. У защитников погибли только шестьдесят человек.
Турок так взбесило поражение, что они в ярости продолжали бой без какого-либо плана и всяких мыслей о передышке. Бомбардировки и бои продолжались все последующие три дня, пока 14 июня Мустафа-паша не предложил осажденным жизнь и беспрепятственный выход в обмен на капитуляцию. Но посланец был вынужден бежать обратно под градом пуль. Бомбардировки продолжились и еще усилились огнем с кораблей Пиали-паши в преддверии новой атаки, состоявшейся 16 июня.
В этот раз Мустафа-паша выставил вперед исламских фанатиков – айяларов, одурманенных гашишем. Малая батарея встретила атаку смертников орудийным огнем прямой наводкой. Затем грянули в упор залпы мушкетов и аркебуз. Каждая пуля и каждое ядро находили свою жертву, но айялары, не обращая внимания на чудовищные потери в своих рядах, достигли стен и бросились через их бреши. Рыцари встретили их
