Учитывая общую конструкцию с одноместным вариантом, F-106B страдал во время летных испытаний более и менее от rex же проблем. В результате предварительная боевая готовность была достигнута только к июлю 1960 года, несмотря на то, что первый экземпляр для боевых частей был принят годом раньше, в феврале 1959 года.
С момента принятия F-106B на вооружение, обычно, в каждой эскадрилье ПВО с данным типом самолета имелось два двухместных истребителя для проведения тренировочных полетов, а также для полетов на перехват, хотя обычно F-106B на боевом дежурстве не числился. Главная тренировочная база ПВО Тиндэлгаг не использовала F- 106В. Причем, количество задействованных там самолетов было довольно велико. В течение 60-х годов там находилось до 30 машин данной модификации. В конце карьеры, по мере уменьшения потребности в подготовке пилотов на 'Дарт', флот двухместных машин стал все больше задействоваться для других целей.
Выпуск обоих вариантов 'Дельта дарт' завершился в течение декабря 1960 года. К этому времени были выпущены 277 F-106A и 63 F-106B. Как уже отмечалось выше, параллельная доводка и производство перехватчиков 'Конвэр' привели к тому, что парк этих самолетов оказался разношерстным. Главной причиной этому был без сомнения принцип 'сэндвича', когда ускорение процесса запуска в производство приводило почти к неизбежному и очень сильному различию в конструкции самолетов, находящихся на вооружении, так как различные модификации вносимые по результатом испытаний влияли на уже налаженное производство. В случае с F-106 разница между первым и последним серийными самолетами была особенно заметной. Командование ПВО определило не менее 130 изменений, которые следовало внести, чтобы довести первые выпущенные самолеты до стандарта последнего, сошедшего со сборочной линии в Сан-Диего.
Проект 'Вилд гус' (Дикий гусь) должен был исправить такое положение. Работа заняла один год, начавшись в сентябре 1960. Эта программа модернизации проводилась выездными группами фирмы 'Аэр материал коммэнд' вместе с обслуживающим персоналом частей ПВО. Приблизительно в то же время началась другая программа модернизации 'Броуд джамп' – более серьезная, имевшая целью значительно улучшить боевые характеристики совсем недавно выпущенного перехватчика. Программа продолжалась до 1963 года. Наиболее заметным результатом 'Броуд джамп' стало оснащение самолетов теплопеленгатором, установленным перед кабиной пилота. Для таких и других доработок самолеты направлялись в Макклеллан, Калифорния на фирму 'Сакраменто аэр материал эреа', где на каждый самолет тратилось до двух месяцев работ.
Третьей программой была 'Дельта борд', которая проводилась параллельно с 'Броуд джамп'. Это тоже была программа различных переделок, проводившаяся с августа 1961 года по апрель 1962 года. Предусматривалась установка специальной противопожарной перегородки, катапультируемого сиденья 'Конвэр' и исключения возможности воспламенения топливных паров. Эти программы были не так уж и дешевы – с 'Вилдгус' по 'Бродджамп' ВВС потратили до 15 млн. долл. Сейчас это вроде бы и небольшая сумма, но тогда это была крупная сумма.
Даже после этого 'шестерка' все еще доставляла проблемы. Наиболее серьезные трудности были связаны с электронной системой управления огнем МА-1, которая требовала довольно продолжительной 'утряски' обслуживающим персоналом, чтобы хотя как-то заставить ее работать. Программы различных доработок, проводившиеся в первой по ловине 60-х, были направлены на устранение наиболее серьезных недостатков, а также позволили увеличить дальность обнаружения и захвата цели. Н да; е после этого в течение нескольких лет 'Дельта дарг' бы.- все еще не вполне надежной машиной. К этому времени самолет прошел еще одну модернизацию – с 1965 года на боевые самолеты стали ставить навигационную систему ТАКАН (тактическая аэронавигация).
В гоже время была установлена система дозаправки топливом в полете вместе с возможностью подвески специальных высокоскоростных топливных баков. Эти доработки позволяли использовать самолет на базах за океаном, и такая возможность вскоре представилась. Самолеты из 318-й эскадрильи с Макхорд были переброшены на базу Осаи в Корее в марте 1968 года, во время демонстрации мощи США после захвата флотом КНДР в январе разведывательного судна 'Пуэбло'. Позже еще несколько частей ПВО с F- 106 побывало на Дальнем Востоке – 48-я, 94-я и 95-я эскадрильи.
Перспективные планы периода 1967-68 гг определяли необходимость в дальнейших улучшениях и доработках, но, как это часто случается, различные интересы и колебания в определении оборонной политики задержали реализацию многих перспективных идей. Одна из таких программ имело акроним СЛИМ (Упрощение тылового снабжения и улучшение технического обслуживания) и должна была обойтись в 120 млн. в ценах 1967 года. Эта программа была прекращена в конце 1967 года, когда Секретариат по обороне решил прекратить дальнейшие работы по F-12 в пользу новой версии 'Дельта дарта', получившей обозначение F- 106Х. По-существу это должен был быть полностью переработанный самолет с более мощным локатором и значительно улучшенной системой управления огнем, позволявшими вести перехват целей на фоне земли.
