РФ по национальной безопасности, возглавлял Комиссию по высшим воинским должностям, высшим воинским званиям и высшим специальным званиям Совета по кадровой политике при Президенте РФ. С 1996 года — секретарь Совета обороны Российской Федерации. В августе 1997 года был вновь назначен помощником Президента РФ.
Владеет английским и шведским языками.
В августе 1998 года Юрий Батурин в качестве космонавта-исследователя совершил свой первый космический полет в составе экипажей космического корабля «Союз-ТМ-28» и орбитальной станции «Мир». На орбитальном комплексе он находился 11 суток 19 часов 39 минут и провел более 20 важнейших научных экспериментов, за что был награжден орденом Мужества.
После недельного пребывания на борту Международного космического комплекса и полного выполнения поставленных перед ними заданий Мусабаев, Батурин и Тито вернулись на Землю на корабле «Союз-ТМ-31», который за полгода до описываемых событий доставил на МКС первый постоянный экипаж станции — Билла Шеппарда, Сергея Крикалева и Юрия Гидзенко. 6 мая в 9. 41 по московскому времени спускаемый аппарат корабля «Союз-ТМ-31» совершил посадку в Казахстане. В тот же день экипаж был благополучно доставлен в Звездный городок.
Космический полет привлек широкое внимание средств массовой информации практически всех стран мира. В первую очередь это объяснялось присутствием в экипаже «космического туриста» американца Тито. В истории пилотируемой космонавтики это была первая «экскурсия» на орбиту, принесшая, надо отметить, российской космической отрасли солидную сумму долларов. Для склонных к сенсациям журналистов это, безусловно, была новость «номер один».
Но даже досужие журналисты в то время не знали (а если бы узнали, то дали бы волю своим фантазиям!), что с момента старта на Байконуре и до возвращения в Звездный городок в компании трех космонавтов незримо присутствовал еще один «член экипажа».
Отправляясь в космический полет, Юрий Батурин в память об отце взял с собой портрет выдающегося советского разведчика-нелегала Вильяма Генриховича Фишера (Рудольфа Абеля) работы ветерана Службы внешней разведки П. Г. Громушкина. Всю космическую экспедицию на МКС он находился на рабочем месте российского бортинженера. После возвращения в Москву Юрий Михайлович передал портрет (с соответствующими свидетельствами о его космическом полете и бортовыми печатями) в Кабинет истории разведки.
За осуществление второго космического полета Указом Президента Российской Федерации Юрию Михайловичу Батурину было присвоено звание Героя России.
Приведенные выше примеры, как нам представляется, свидетельствуют в первую очередь о том, что до тех пор, пока существует преемственность поколений в служении Отчизне, Россия, как отмечал первый Директор СВР Е. М. Примаков, «никогда не будет стоять на коленях».
