Вступая на престол, Екатерина II понимала значение морской силы для осуществления ее политических и экономических планов. Чтобы определить меры для развития флота, она повелела в 1763 году создать при адмиралтействе Морскую комиссию для рассмотрения российских флотов и Адмиралтейского правления во главе с вице-адмиралом С. И. Мордвиновым. Членами комиссии стали граф И. Г. Чернышев, вице-адмирал Ф. С. Милославский и контр-адмирал Г. А. Спиридов. На них была возложена задача выработать основы организации флота, в первую очередь морского управления. Комиссия, рассмотрев ранее существовавшие документы, отвергла Адмиралтейский регламент 1722 года и предложила взять за основу регламент 1732 года, внеся в него изменения. В 1765 году был опубликован «Регламент о управлении адмиралтейств и флотов». В соответствии с этим документом Адмиралтейств-коллегия включала президента, вице-президента и пять членов-экспедиторов (генерал-кригс-комиссара; генерал-интенданта над верфями и строениями и над экипажем; генерал-цейхмейстера; генерал-шацмейстера и генерал- контролера). Кроме того, коллегия имела право избирать в свой состав двух флагманов.
Регламент 1765 года утверждал, что члены Адмиралтейств-коллегии постоянны и не входят в состав флота, но не теряют связи с ним, ибо по первому параграфу коллегия должна была состоять «…из знатных и заслуженных персон, которые искусство морской службы довольно знают». Кроме того, при вооружении флота президент или вице-президент с двумя экспедиторами и членами экспедиции (по одному от каждой, кроме счетной и казначейской) ежедневно должны были в Кронштадте составлять конференцию совместно с флагманами, капитаном над портом и делать все распоряжения по снабжению флота или эскадры, то есть власть разделяли и местные начальники. Устройство портовых учреждений регламент не оговаривал; его оставляли на усмотрение коллегии.
Перед Екатериной II в конечном счете стояли те же внешнеполитические задачи, что и перед Петром I: следовало охранять и упрочивать выход к Балтике, а также добиться выхода к Черному морю и вернуть ранее потерянные русские земли путем нейтрализации Польши. В течение ее правления эти задачи были успешно решены — в значительной степени благодаря действиям флота.
Первоначально Императрица постаралась укрепить свою позицию сильного правящего монарха успешными мирными деяниями. Когда из письма губернатора Сибири стало известно об открытии богатых пушным зверем населенных Алеутских островов, Екатерина II поддержала предложение организовать экспедиции для поиска морского пути через полярные моря из Архангельска на Тихий океан. Экспедиция В. Я. Чичагова из Белого моря и экспедиция Креницына — Левашева с Тихого океана должны были двигаться навстречу друг другу в поисках северо-западного прохода. Разумеется, деревянные парусники не пробились сквозь вековые льды, однако был получен опыт исследовательских походов.
Ранее, в 1764 году, был отправлен на Средиземное море с товарами русский фрегат «Надежда». Екатерина II хотела проложить путь для отечественных торговых судов. Однако обстоятельства складывались так, что чаще на Средиземное море шли эскадры военные.
В ходе русско-турецкой войны 1768–1774 годов для отвлечения внимания турецкого правительства от главного театра военных действий в Причерноморье было решено организовать экспедицию на Средиземное море под руководством графа А. Г. Орлова. Одна за другой с Балтики на юг были отправлены пять эскадр. Русские моряки в 1770 году разгромили при Чесме турецкий флот, затем нанесли туркам еще ряд поражений на море и прервали подвоз провизии в Константинополь через Дарданеллы. Архипелагская экспедиция отвлекла внимание турок от Причерноморья, где развивались основные операции.
Одним из наиболее заметных деятелей Архипелагской экспедиции стал С. К. Грейг, который, как советник графа А. Г. Орлова и командир флагманского корабля, участвовал в сражении при Хиосе, руководил истреблением турецкого флота в Чесменской бухте, крейсировал по Средиземному морю во главе эскадры, а в 1774 году привел из России пятую эскадру.
В начале войны была воссоздана Азовская флотилия, которая после взятия Керчи, Еникале и Крыма сухопутными войсками вышла на Черное море и добилась ряда побед над турками. Согласованные действия эскадр на Средиземном и Черном морях создали благоприятные условия для успешных действий русской армии и дипломатии. После завершения войны совместная деятельность сухопутных и морских сил позволила России не только сохранить свое присутствие в Причерноморье, но и создать в 1783 году Черноморский флот, главной базой которого стал Севастополь в присоединенном к России Крыму.
В боевых действиях на Черном море участвовали Ф. Ф. Ушаков и В. Я. Чичагов, на суше — де Рибас. После войны берега Крыма охраняла эскадра под командованием А. И. Круза, который вместе с A. B. Суворовым сделал немало для того, чтобы предотвратить новую войну.
В походе отряда судов Т. Г. Козлянинова на Средиземное море, пытавшегося пройти через турецкие проливы на Черное море с торговыми целями (1776–1779), практику в качестве командира корабля прошел Ф. Ф. Ушаков.
Когда война за независимость Северо-Американских соединенных штатов 1776–1783 годов превратилась в общеевропейскую и моря стали опасны из-за множества каперов, Екатерина II предложила в 1780 году «Декларацию о вооруженном нейтралитете», устанавливающую ограничения для действия каперов враждующих государств против нейтрального судоходства, и поддержала декларацию крейсерством русских эскадр в Атлантике и Средиземном море. В этих крейсерствах участвовали А. И. Круз, В. Я. Чичагов, И. А. Повалишин. Благодаря дальним плаваниям и постоянному присутствию на Средиземном море Россия без выстрелов приобрела высокий авторитет в мире, а ее флот получил необходимую морскую практику.
Так как проложить путь к тихоокеанским владениям России через полярные моря не удалось, был задуман проект кругосветного плавания. Капитану Г. И. Муловскому предстояло в 1788 году с группой судов пройти вокруг света, установив морской маршрут для перевозок грузов на Тихий океан и обратно, и провести разведку возможных путей для торговли со странами Дальнего Востока. Экспедиция была почти готова, когда ее пришлось отменить из-за начала войн с Турцией и Швецией.
Русско-турецкая война 1787–1791 годов разгорелась из-за попытки Турции вернуть потерянные в Причерноморье земли, в первую очередь Крым, и по-прежнему сделать Черное море своим «озером». Однако в боях 1788 года под Очаковом Лиманская флотилия контр-адмирала К.-Г. Нассау-Зигена нанесла поражение превосходящим силам турок, а корабельная эскадра, благодаря действиям командовавшего авангардом Ф. Ф. Ушакова, разбила их при острове Фидониси. В декабре Очаков пал; в его взятии участвовал О. М. де Рибас, который в следующем году прославился взятием Гаджибея, а в 1790 году успешно командовал флотилией на Дунае при взятии ряда крепостей, в том числе Измаила. Летом 1789 года буря рассеяла русские корабли и нанесла им урон, но в 1790 году Ф. Ф. Ушаков нанес поражение турецкому флоту при Керченском проливе и Тендре, в 1791 году — у мыса Калиакрия. Совпавшая с поражением войск султана на суше, последняя морская победа заставила Турцию согласиться на выгодный для России мир.
Параллельно шла война и на Балтийском море. Король Швеции Густав III, воспользовавшись тем, что главные силы русской армии ушли на юг, начал войну на море и суше летом 1788 года, чтобы вернуть земли, потерянные в предыдущих войнах с Россией. Однако наступление из пределов Финляндии на Санкт- Петербург не удалось, а шведский флот потерпел поражение в сражении при Гогланде против русской эскадры адмирала С. К. Грейга и был блокирован до зимы в Свеаборге. В 1789 году русская эскадра В. Я. Чичагова после Эландского сражения заставила шведский флот укрыться до конца кампании в Карлскроне, а гребной флот К.-Г. Нассау-Зигена нанес поражение шведскому армейскому (гребному) флоту при Роченсальме. В 1790 году эскадра В. Я. Чичагова отбила атаку превосходящего противника на рейд Ревеля (Таллина), затем А. И. Круз с кронштадтской эскадрой отразил попытку шведов приблизиться к Кронштадту. Соединенные русские силы под флагом Чичагова на месяц заблокировали неприятельские корабельный и гребной флоты в Выборгском заливе, при этом особенно отличился И. А. Повалишин. Корабли вырвались из плена с большими потерями. Не уничтожив шведский гребной флот при Выборге, Нассау-Зиген потерпел от него поражение во втором Роченсальмском сражении. Тем не менее война на севере завершилась успехом, что способствовало заключению мира с султаном.
Победы на севере и юге настолько упрочили положение России на морских театрах, что Екатерина II, пользуясь революцией во Франции, постоянном политическом противнике Российской империи, приняла участие в разделе Польши, чем укрепила западную границу. Так как развитие революционного движения начинало угрожать спокойствию Европы, Императрица оказала поддержку французским роялистам, но участие в антифранцузской коалиции ограничила действием эскадр у французских берегов совместно с
