Ревель, а 3 сентября корабли Кронштадтской эскадры направились к порту приписки. Плавания и учения проходили благополучно, если не считать случившегося в начале похода столкновения у Оденсхольма на малой скорости кораблей «Чесма» и «Память Евстафия». 29 сентября Адмиралтейств-коллегия рассмотрела рапорт Чичагова о виновниках столкновения и признала справедливым мнение контр-адмирала.
Средиземноморской эскадре требовались подкрепления. На заседании Государственного совета 13 октября 1771 года было решено направить в Архипелаг три линейных корабля Чичагова, которому следовало довести эскадру до цели и вернуться в столицу. 28 января 1772 года Адмиралтейств-коллегия приказала контр-адмиралу выехать в Ревель, принять главное командование портом с находящимися там судами и немедленно подготовить к кампании корабли «Победа», «Граф Орлов», «Память Евстафия», «Чесма», «Тверь». 7 февраля коллегия объявила В. Я. Чичагову о назначении его командующим эскадрой, идущей на Средиземное море.
Корабли «Чесма», «Граф Орлов» и «Победа» 23 апреля выстроились на рейде Ревеля. 4 мая Чичагов поднял флаг. Задержанная встречными ветрами и плохой погодой эскадра снялась только 8 мая и 16 июля прибыла в Порт-Магон на Минорке. Граф А. Г. Орлов, командовавший операциями на Средиземном море, приказал идти в Ливорно, но из-за болезней экипажей пришлось задержаться. Полтора месяца эскадра оставалась в порту на острове для ремонта и лечения массы больных; лишь 6 августа, приняв на борт 357 выздоровевших, Чичагов продолжил путь. 15 августа эскадра пришла на рейд Ливорно, а через десять дней Чичагов спустил флаг и передал командование капитану М. Коняеву. Граф А. Г. Орлов во всеподданнейшем донесении от 3 ноября 1773 года отметил, что эскадра Чичагова благополучно и вовремя прибыла, команда на кораблях находится в желаемом состоянии. Это свидетельствовало, что Чичагов и его офицеры заботились о людях.
Коняев с двумя кораблями присоединил фрегат «Святой Николай», «Слава», шебеку «Забияка», поляки «Модон» и «Ауза» отряда И. Войновича. Граф Орлов послал его с целью наблюдать за судами дульциниотов — союзников султана, которые намеревались с турецким флотом напасть на остров Парос, где была база русского флота. Коняев в Патрасском бою 26–27 октября разгромил Дульциниотскую эскадру из 9 фрегатов и 16 шебек; неприятелю удалось спасти лишь 7 судов. Итак, приведенные Чичаговым на Средиземное море моряки в первые же месяцы действий добились серьезной победы, разрушив планы неприятеля вернуть господство в Архипелаге.
После возвращения Чичагова Императрица пожаловала его орденом Святой Анны. 22 ноября Адмиралтейств-коллегия повелела ему ехать в Ревель главным командиром, и 20 декабря слушала рапорт контр-адмирала о вступлении в командование портом. Но 21 декабря генерал-казначей А. Е. Шельтинга обратился к коллегии с просьбой за старостью направить его главным командиром Ревельского порта. Просьбу уважили, и Шельтинга 2 января произвели в контр-адмиралы. Он сменил Чичагова, которого определили главным командиром Кронштадтского порта.
21 мая 1773 года Императрица предписала отправить из Ревеля и Кронштадта практические эскадры, которым предстояло под командою Чичагова и Базбаля готовить кадры для флота. В Кронштадтскую эскадру Чичагова вошли 6 кораблей, 4 фрегата и пакетбот. 15 мая эскадра вышла на рейд, 30 мая Чичагов поднял флаг на корабле «Святой Андрей Первозванный», 3 июня состоялся депутатский смотр. 7 июня, отправив корабль и фрегат на соединение с эскадрой Ревельской, Кронштадтская эскадра двумя колоннами направилась к Ревелю, а после стоянки — далее к Готланду мимо острова Даго. Эскадра крейсировала, отправляя больных моряков и поврежденные корабли в Ревель. Тем временем Адмиралтейств-коллегия послала в Ревель приказ немедленно возвратить крейсирующие корабли. Вызов этот был связан с именным указом от 24 августа об отправке эскадры на Средиземное море и мерами по подготовке этой эскадры. 19 сентября Чичагов прибыл в Кронштадт; он вновь принял командование Кронштадтским портом. Ревельская эскадра возвратилась еще 27 августа. Часть ее кораблей составила эскадру С. К. Грейга (2 корабля, 2 фрегата), которая вышла 21 октября, 27 октября присоединила 2 корабля у Наргена и 16 декабря собралась на Портсмутском рейде. Плавание ее успешно продолжалось в 1774 году. Интересно, что если из 15 судов эскадры Спиридова в 1769 году Средиземного моря достигла только часть, то эскадры, подготовленные Чичаговым, доходили до цели полностью.
Вскоре моряку поручили не менее важные обязанности по созданию обороны берегов Крыма.
Созданная в 1769 году контр-адмиралом А. Н. Сенявиным Донская (Азовская) флотилия со временем выросла и получила возможность выходить на Черное море, оборонять Керченский пролив и Крымский полуостров. Но больной Сенявин еле успевал решать вопросы административные, и Императрица 4 ноября 1773 года направила ему в помощь Чичагова, которого перед отъездом на юг по указу от 26 ноября 1773 года наградили орденом Святого Георгия IV степени за 20 кампаний в море.
В конце января 1774 года В. Я. Чичагов прибыл к Сенявину, который направил его в Крым для подготовки кораблей к кампании. 15 марта Оенявин докладывал Императрице, что эскадра под командованием Чичагова пошла из Азовского в Черное море для прикрытия Керченского пролива и Крымского побережья от высадки десантов, оставив в проливе бомбардирский корабль и батареи на берегу; корабли, зимовавшие в Балаклаве, должны были прикрывать конвои на Ялту и Козлов. Ожидалось прибытие новых фрегатов, строившихся на Дону, пока же превосходство оставалось на стороне турок.
18 апреля Сенявин направил Чичагова с фрегатами «Первый», «Четвертый» и кораблем «Азов», чтобы они при соединении с кораблями «Журжа», «Корон» и малым бомбардирским крейсировали у входа в Керченский пролив, от мыса Таклы (Такиль) до Кызылташской пристани, с целью не допускать неприятеля войти в пролив или высадить десант на крымский берег. Базировавшийся на Балаклаву отряд капитана 2-го ранга Кинсбергена (фрегат «Второй» и палубный бот) с 17 апреля патрулировал от Ялты до Козлова, прикрывая берега и судоходство; в помощь ему послали корабль «Таганрог». Остальные боевые корабли либо проходили ремонт, либо не были достроены. Сам Сенявин в середине мая уехал в Таганрог для ускорения постройки фрегата «Третий». Чичагову предстояло действовать самостоятельно.
Контр-адмирал рапортовал Сенявину, что неприятельских судов нигде не видно. Лишь в 13.30 9 июня с русской эскадры из 3 фрегатов и 2 кораблей, крейсировавшей у Керченского пролива, заметили неприятеля. Русские пошли на сближение, и к 16.00 стало ясно, что в турецкой эскадре 5 линейных кораблей, 9 фрегатов, 26 галер и шебек, несколько малых судов во главе с адмиралом и вице-адмиралом. Чичагов стремился держаться ближе к Крымскому побережью. При виде его эскадры передовые турецкие суда стали одерживать, чтобы подтянулись концевые, после чего 7 фрегатов, 6 шебек и 11 галер пошли прямо на русские корабли, тогда как адмирал и вице-адмирал с 4 кораблями, 6 галерами и 4 шебеками спускались по ветру.
Разделение турецких кораблей не обмануло Чичагова, который понял демонстративный характер первой группы. В девятнадцатом часу он повернул эскадру и построил линию из 3 фрегатов и корабля («Модон» не смог вступить на свое место); турки, пройдя некоторое расстояние встречным курсом, будучи на ветре, повернули и легли параллельным курсом, а в двадцатом часу выстрелом с адмиральского корабля начали бой, открыв огонь по передовому фрегату «Четвертый»; русские фрегаты по сигналу ответили. Вскоре турецкий адмирал направил эскадру в пролив, чтобы отрезать русские корабли либо взять их в два огня; так как сумерки и пороховой дым скрыли неприятеля, Чичагов повернул на другой галс и также пошел к проливу. Турки не преследовали; поняв, что хитрость не удалась, они удалились в море. К ночи русская эскадра встала у мыса Таклы.
В двенадцатом часу 10 июня на юго-востоке была замечена турецкая эскадра из 5 кораблей и 9 фрегатов под флагами адмирала и контр-адмирала, шедшая к проливу, ввиду численного превосходства противника и неспособности «Четвертого» держаться в строю, Чичагов решил войти глубже в пролив и встал у Керченских садов, притянув корабль «Журжа» и малый бомбардирский, чтобы выполнить основную задачу — защиту прохода в Азовское море; он ожидал также прибытия корабля «Хотин» из Таганрога. Но получившие подкрепление турки (24 корабля и фрегата, 14 галер и шебек) остановились у мыса Таклы, к ним подходили новые суда. 11 июня турецкие корабли вошли в пролив, два дня менялись местами, а 13 июня двинулись вперед, стреляя по русским кораблям, выстроившимся перед узкостью Керченского пролива. Однако их ядра не долетали и до половины дистанции. Турки встали на якоря вне русских выстрелов. Прибывший 23 июня Сенявин на следующий день наблюдал через пролив турецкий военный лагерь, с которым флот поддерживал сообщение гребными судами. Ожидая десанта, вице-адмирал остался на берегу вблизи эскадры Чичагова, чтобы при необходимости легко переместиться в пункт высадки противника.
