Ханко с прилегающей к нему акваторией (радиусом в 5 миль к югу и востоку и 3 мили к западу и северу) и множеством малых островков (около 400), разбросанных по ней. Государственная граница (и граница базы) проходила по перешейку, в том месте, где летом 1714 г. по приказу Петра I была прорублена просека и началось строительство переволоки для галер.
Договор предусматривал создание на полуострове советской военно-морской базы. Финляндская сторона обязывалась в течение десяти дней с момента вступления договора в силу вывести все свои войска и более трех тысяч гражданского населения с полуострова, после чего он переходил в управление СССР.
Военно-морская база Ханко занимала выгодное положение, контролируя вход в Финский залив. Тяжелые артиллерийские батареи, установленные на полуострове Ханко, а также на острове Хиума (Даго) и небольшом островке Осмуссаар у противоположного берега залива, вместе с минными заграждениями и во взаимодействии с кораблями и авиацией могли преградить вход в Финский залив всем кораблям и транспортам противника. База должна была обеспечивать и базирование кораблей.
Несмотря на стратегически выгодное положение полуострова и условия его аренды, создававшейся военно-морской базе изначально были присущи недостатки.
Границы арендованной территории были определены явно не в нашу пользу. Площадь базы — 115 км?, при протяженности от перешейка до западной оконечности 22 км. Артиллерия того времени, даже полевая, имела дальность огня порядка 22–25 км. Значит, на арендованной территории не было ни одного квадратного метра, недосягаемого для артиллерийского снаряда. Финское правительство, передав нам полуостров, тотчас окружило его своими артиллерийскими батареями с востока, северо-востока и с севера. А если учесть, что оба финских броненосца береговой обороны «Вяйнемяйнен» и «Ильмаринен», имевших на вооружении 254-мм пушки, находились западнее Ханко, то получалось, что база — не только в артиллерийском окружении, но и под перекрестным огнем береговых и корабельных орудий. Так оно и случилось в первые же недели Великой Отечественной войны.
19 марта вышло постановление Комитета Обороны при Совете Народных Комиссаров (СНК) СССР, а 20 марта 1940 нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов приказал командующему КБФ сформировать военно-морскую базу Ханко в составе: управление базы (командование и штаб, политотдел), 3-й дивизион эскадренных миноносцев («Артем», «Володарский», «Карл Маркс», «Энгельс»), 2-й дивизион тральщиков («Т-208», «Т- 210», «Т-213»), 26-й дивизион подводных лодок («М-90», «М-95», «М-96», «М-97»), 2-й отряд торпедных катеров (три звена), звено сторожевых катеров (три катера «МО-4»), отдельный артиллерийский дивизион (трехорудийние 130-мм батареи № 178, 179, 180, трехорудийная 100-мм батарея № 174 и трехорудийные 45 -мм батареи № 165, 166, 167, 168, 169, 170[3]), участок ПВО (61-й и 93-й артиллерийские зенитные дивизионы), 8-я отдельная стрелковая бригада, смешанный авиаполк, охрана рейдов, военный порт 2-го разряда со складами и производственными предприятиями; санитарный отдел с военно-морским госпиталем, ряд других частей и подразделений. В дальнейшем состав и штат базы неоднократно менялся.
В ходе формирования базы решался вопрос о том, кто возглавит базу и, в случае войны, будет нести ответственность за оборону Ханко. Нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов высказывался за обеспечение единства командования. Начальник Генерального штаба Б. М. Шапошников против этой точки зрения не возражал. Более того, после некоторых колебаний он согласился даже на то, чтобы все сухопутные части на полуострове подчинялись командиру военно-морской базы, а через него — командующему КБФ. Решающую роль в данном случае сыграло то обстоятельство, что добирались до полуострова и доставляли туда грузы преимущественно морем. В результате Ханко стала единственной базой ВМФ, где накануне Великой Отечественной войны было создано единое командование.
Отсутствие единого командования и единой организации обороны силами армии и флота привело к оставлению Лиепаи на пятые сутки войны.
Уже в ходе войны Верховное командование пришло к тому, что оборону военно-морских баз возглавляли флотские начальники, которым подчинялись и армейские части. Оборону Одессы с августа 1941 г. возглавил командир ОВМБ контр-адмирал Г. В. Жуков. Командующий КБФ вице-адмирал В. Ф. Трибуц руководил обороной Главной базы флота Таллина. Оборону Севастополя с ноября 1941 г. возглавил командующий Черноморским флотом вице-адмирал Ф. С. Октябрьский.
Командиром базы и начальником гарнизона был назначен капитан 1-го ранга Сергей Филиппович Белоусов, до того командир линкора «Марат». В июне 1940 г. его сменил генерал-майор береговой службы Алексей Борисович Елисеев.
Спустя всего два дня после приказа Наркома — 22 марта на полуостров на самолетах прибыли командир базы капитан 1-го ранга С. Ф. Белоусов, начальник тыла КБФ капитан 1-го ранга М. И. Москаленко, представители погранохраны и ряд других должностных лиц. Прибывшие командиры осмотрели территорию, где им предстояло создавать новую ВМБ.
Город Ханко был расположен на восточном берегу полуострова. Он состоял в основном из чистеньких кварталов одноэтажных деревянных домиков, окруженных кустами шиповника, елями и дубами. В центре города два-три каменных здания. Рядом с городом большой парк, пляж, кабинки для купания. На горе, над парком и россыпью одноэтажных домиков города господствовали два строения, описанные во всех лоциях, используемые мореплавателями как ориентиры: продолговатое красное здание кирхи с остроконечной колокольней и граненая водонапорная башня с часами на вершине.
Дома в городе были покинуты прежними жителями и еще не обжиты новыми жильцами.
Командир базы поселился в красивом двухэтажном доме, стоявшем на высотке отдельно от окружавших его зданий. Этот дом использовался и как гостиница. В других домах разместились отделы и службы базы, гражданские учреждения, а также семьи командного и начальствующего состава. Штаб базы располагался на привокзальной площади в трехэтажном каменном доме. Командный пункт базы оборудовали в подвале этого дома. В бывшей ратуше разместился Дом Флота, в кирхе — армейский клуб. Улицам и площадям города дали новые названия: площадь Первого мая, улицы Суворова, Кирова, летчика Борисова, Бульварная…
На набережной, над бухтой стоял обелиск в честь немецкого генерала фон дер Гольца — командира германской Балтийской дивизии, высадившейся на Ханко в 1917 г. Уже после начала войны моряки снесли этот обелиск.
У побережья Ханко имелись три рейда: Восточный на юго-запад от города; Малый к северу от линии Густавсверн — Густав-Адольф; Большой — к востоку от островов Густавсверн и Руссаре. Доступные для самых больших кораблей и судов, они могли вместить целый флот. Гавани порта были оборудованы железнодорожными ветками и кранами, а набережные облицованы гранитом.
На Большом рейде, закрытом от ветров, одновременно могла стоять целая эскадра. Якорная стоянка была хорошей. Подходы имели типичный шхерный характер с сильно изрезанной береговой чертой.
С первых же дней выяснились недостатки новой базы. Во-первых, все снабжение, в том числе продовольствие, надо везти издалека или получать от финнов. Согласно специальному соглашению финское правительство брало на себя обязательство ежедневно обеспечивать гарнизон военно-морской базы Ханко молоком, мясом и другими продуктами в счет межгосударственных расчетов. Во-вторых, доступ к базе оказался очень сложным. Существовало несколько путей: морской — по Финскому заливу, замерзающему зимой; по суше — поездом через всю Финляндию до ее юго-западной оконечности; воздушный — самолетами через Палдиски. В-третьих, границы базы ограничивали выбор более выгодных в тактическом отношении позиций и рубежей.
Для транспортировки людей и грузов на полуостров первоначально, пока залив был скован льдом, предназначались многомоторные бомбардировщики ТБ-3, которые заранее были переброшены на аэродром вблизи Палдиски. Первый самолет отправился на Ханко 22 марта с первым сводным отрядом из военных моряков и солдат. Вплоть до середины апреля 1940 г. Палдиски был промежуточной базой для переброски войск на полуостров.
2 апреля из Ленинграда к Ханко вышел первый караван судов с личным составом береговых батарей, стрелковых и других частей (около 7 тыс. бойцов и командиров), материальной частью артиллерии, танками и другим имуществом. В переходе участвовали транспорты «Днепр», «Вторая пятилетка», «Волголес», «Луначарский», «Эльтон», вспомогательный ледокол «Трувор». Флагманом шел ледокол «Ермак». Но даже с его помощью транспорты пробились к полуострову лишь 22 апреля.