3. бывшие крупные помещики, фабриканты и крупные чиновники бывшего госаппарата Литвы, Латвии и Эстонии,
4. бывшие офицеры польской, литовской, латвийской, эстонской и белой армий, на которых имелись компрометирующие материалы.
Кроме вышеперечисленных категорий лиц подлежали направлению в ссылку в отдаленные районы СССР, сроком на 20 лет с конфискацией имущества члены их семей и иждивенцы, а также лица, прибывшие из Германии в порядке репатриации.
В Прибалтику был направлен нарком Меркулов и его заместители Серов и Абакумов. Помимо них для участия в операции были направлены 208 курсантов Высшей школы НКГБ СССР. литовцы, латвийцы и эстонцы по национальности. На все мероприятия отводилось три дня.
О результатах проведенной операции руководство НКГБ СССР рапортовало следующими цифрами: «… Бывших офицеров литовской, латвийской и эстонской армий, служивших в территориальных корпусах Красной армии, на которых имелся компрометирующий материал, арестовано. 933 человека, в том числе: по Литве. 285 человек, по Латвии. 424 человека, по Эстонии. 224 человека». Однако эти меры во многом уже запоздали.
С первых минут немецкого вторжения в СССР литовское подполье вступило в действие. Вооруженные легким оружием отряды националистов нападали на отдельные группы военнослужащих РККА и милицию, подавали сигналы немецким самолетам. Радиофицированная агентура передавала оперативную информацию. Среди коммунистической верхушки Литвы царила паника. По свидетельству очевидца тех событий: «Вместо того чтобы отступать организованно и в порядке вместе с действующей армией, эти руководители Литвы поспешили удрать на машинах первыми, а за ними потянулись милицейские органы, тем самым были развязаны руки контрреволюционным бандам в Литве и пятой колонне в целом во главе со сброшенными парашютными десантами. К тому же Каунас и вся Литва вообще в течение нескольких дней находились без гражданских властей. 23 и 24 июня контрреволюция организовала боевые дружины, привлекая гимназистов 5-го класса, они стали патрулировать и задерживать бежавшее население».
От «партизанских отрядов» к шуцманшафту.
Холокост по-литовски
В Каунасе местными националистами были созданы четыре крупные «партизанские группы», с которыми немцы сразу же установили связь. Общего руководства они не имели, но каждая из них координировала свои действия с частями Вермахта.
Вскоре немцы придали им статус вспомогательных частей и поручили командование ими литовскому журналисту Климайтису. Личный состав вспомогательных частей носил литовскую военную униформу либо гражданскую одежду с различными нарукавными повязками. На головные уборы обычно крепилась литера «D» белого металла, обозначавшая «Draugovninkas», что в переводе с литовского значит «помощник». Вооружение отрядов составляло легкое стрелковое оружие со складов литовской армии, трофейное советское или немецкое.
С самого начала войны излюбленной мишенью литовских коллаборационистов стало еврейское население. По сравнению с Латвией и Эстонией ненависть к евреям в Литве достигла такого масштаба, что даже сотрудники немецких спецслужб удивлялись рвению своих литовских помощников.
Из донесения командира айнзатцгруппы А бригаденфюрера СС В. Штальэккера о деятельности группы в оккупированных областях Белоруссии и в Прибалтике становится ясным механизм раскрутки еврейских погромов руками литовских коллаборационистов. С истинно тевтонской коварностью немцы не стали напрямую приказывать литовцам произвести погром, все было обставлено иначе:
«Для этой цели был использован Климайтис, руководитель партизанского отряда, который преуспел в возбуждении погрома только после совета, данного ему небольшим отрядом, действовавшим в Ковно, и сделал это таким образом, что извне не было заметно никакого германского руководства или подстрекательства. В течение первого погрома (в ночь на 26 июня) в Литве уничтожили более чем 1500 евреев, сожгли несколько синагог, разрушили и сожгли еврейский квартал, где было примерно 60 домов. В течение последующих ночей примерно 2300 евреев было обезврежено подобным же путем. В других частях Литвы имели место такие же действия по примеру Ковно, хотя менее значительные и направленные против оставшихся в тылу коммунистов.
Эти самоочистительные действия проходили гладко, поскольку армейские власти, которые были информированы обо всем, помогали в этой процедуре».
Местом массовых казней евреев гитлеровцами и их литовскими пособниками были избраны форты Каунаса, а также специально созданный лагерь в местечке Понеряй (Поныри), где только за один день в апреле 1943 года было уничтожено два эшелона советских граждан в количестве около 5 тысяч человек. В понеряйских расстрелах принимал активное участие литовский батальон под общим руководством сотрудников Гестапо. В девятом каунасском форте было расстреляно 80 тысяч человек, в шестом.35 тысяч, в седьмом. 8 тысяч. В октябре 1941 года немцы и литовцы вывезли из каунасского гетто 10 тысяч человек евреев и уничтожили их.
Штандартенфюрер СС Карл Егер докладывал 1 декабря 1941 года в своем отчете командующему полиции безопасности и СД Штальэккеру, что литовскими партизанами и оперкомандами айнзатцгруппы А было уничтожено с 2 июля 1941 года 99 804 еврея и коммуниста.
Провоцируя литовское население к расправе над евреями и коммунистами, немецкие спецслужбы собирали компрометирующие литовцев материалы, которые впоследствии могли быть использованы против националистов, в случае если они станут выдвигать перед оккупантами политические требования.
Органами «СМЕРШа» 3-го Белорусского фронта после освобождения в 1944 году Литвы было установлено, что практически все еврейское население республики было уничтожено гитлеровцами и их литовскими пособниками. 24 июня 1941 года в Каунасе начала работу литовская комендатура (в октябре ее переименуют в «Штаб охранных батальонов») во главе с бывшим полковником литовской армии И. Бобялисом. Тогда же началось формирование «Батальонов охраны национального труда» (сокращенно «ТДА», от литовского «Tautas darbo apsaugas batalionas»).
В первые же дни оккупации были образованы литовская полиция безопасности, костяк которой составили 40 бывших служащих литовской полиции, в большинстве своем выпущенные из тюрем, а начальником стал бывший литовский полицейский Денаускас. Сходным образом была создана литовская полиция в Вильнюсе и Шауляе. В местах проживания польского населения была создана польская вспомогательная полиция, но из-за вражды между поляками и литовцами последние могли производить аресты только под немецкой охраной. Вскоре польскую полицию распустили.
После того как Литва была полностью оккупирована, разрозненные повстанческие группы были