В состав флотилии входили: плавучая база «Эльба» (Elbe) и катера-тральщики R-1, R-3, R-4, R-5, R-6, R-7, R-8, R-9, R-10, R-11, R-12, R-13, R-53, R-54, R-55, R-56, R-57, R-58, R-59, R-60, R-61, R-62, R-63, R-64, R-89, R-90, R-113, R-121, R-122, R-124, R-238, R-250, R-265, R-269, R-273.
Командиры: капитан-лейтенант Гемейн (8.1939—6.1940); капитан-лейтенант Добберштейн (6.1940— 2.1943); капитан-лейтенант Клееман (3.1943—2.1945); капитан-лейтенант Ганс Алекси (2.1945— 5.1945).
Первоначально в состав флотилии входили катера-тральщики R-1, R-3, R-4, R-6, R-7, R-8, R-9, R-10, R- 11, R-12, R-13, R-14, R-15, R-16, R-115, R-187. Затем на Средиземноморье состав флотилии был следующим – RA-10, RD-116, RD-117, RD-118, RD-119, RD-120, RD-121, RD-122, RD-127, RD-128, RD-129, RD-130, RD- 131.
Командиры: капитан-лейтенант Россов (8.1941); капитан-лейтенант Рейшауер (8.1941—6.1943); капитан-лейтенант Клемм (7.1943—4.1945).
В состав флотилии входили: плавучая база «Везер» (Weser) и катера-тральщики R-151, R-152, R-153, R-154, R-155, R-156, R-157, R-158, R-159, R-160, R-161, R-173, R-202, R-223, R-262, R-277.
Командиры: капитан 3-го ранга фон Фёрстер (10.1940—11.1942); капитан 3-го ранга фон Квюднов (11.1942—5.1944); капитан-лейтенант Хойзер (5.1944—5.1945).
В состав флотилии входили: плавучие базы «Надир» (Nadir) и «Швертфиш» (Schwertfisch; он же противолодочный корабль KUJ-5), а также корабль-общежитие МТ-2 и катера-тральщики R-92, R-93, R-94, R-95, R-96, R-97, R-98, R-99, R-100, R-101, R-117, R-118, R-113, R-130, R-146, R-147, R-257, R-258, R- 409.
Командиры: капитан-лейтенант Мэргнер (1.1942—1.1943); капитан 3-го ранга Музер (1.1943—2.1945); капитан-лейтенант Бросс (2.1945—5.1945).
В состав флотилии входили: плавучая база «Альдерс» (Alders) и катера-тральщики R-85, R-87, R-88, R- 103, R-104, R-105, R-107, R-108, R-109, R-110, R-111, R-112, R-131, R-148, R-149, R-247, R-251, R-412, R-413, R-414, R-415, R-416, R-417, R-419.
Командиры: капитан-лейтенант Пивоварски (6.1942—2.1943); капитан-лейтенант Хартрумпф (2.1943— 12.1943); капитан-лейтенант Фок (1.1944—1.1945); капитан-лейтенант Фридрих Ролл (2.1945—5.1945).
В состав флотилии входили: плавучая база «Фон дер Липпе» (Von der Lippe) и катера-тральщики R-175, R-176, R-177, R-179, R-180, R-181, R-182, R-183, R-184, R-190, R-213, R-214, R-217, R-218, R-219, R-221, R- 222, R-224, R-234.
Командир: капитан-лейтенант Нау (2.1942—8.1944).
В состав флотилии входили: плавучая база «Везер» (Weser) и катера-тральщики R-111 (бывший «J. C. Wriede»), R-112 (бывший «Brix Hansen»), R-113 (бывший «Diamant»), R-114 (бывший «Martha»), R-115 (бывший «Seeadler»), R-116 (бывший «Presto»), R-117 (бывший «Landrat Kuster»), R-118 (бывший «Amor»).
Командиры: капитан-лейтенант Губерт Шлютер (9.1939—12.1939); капитан-лейтенант фон Фёрстер (12.1939—10.1940).
В состав флотилии входили катера-тральщики R-161, R-162, R-189, R-190, R-191, R-192, R-198, R-199, R-200, R-201, R-212, R-215.
Командир: капитан-лейтенант Феликс Фрейтаг (9.1942—5.1944).
В состав флотилии входили: плавучая база «Фон дер Грёбен» (Von der Groeben) и катера-тральщики R- 34, R-38, R-40, R-178, R-185, R-186, R-188, R-190, R-191, R-194, R-195, R-210, R-211.
Командиры: капитан 3-го ранга Маурер (5.1942—8.1943); капитан-лейтенант Маллман (8.1943— 2.1945).
В состав флотилии входили: плавучая база «Нордзее» (Nordsee) и катера-тральщики R-132, R-133, R- 134, R-135, R-136, R-137, R-138, R-139, R-140, R-141, R-142, R-144, R-177, R-252.
Командиры: капитан-лейтенант Георг Шульце (11.1943—4.1944); капитан-лейтенант Эйцингер (4.1944 —5.1945).
В состав флотилии входили: плавучая база «Барбара» (Barbara) и катера-тральщики R-18, R-214, R-219, R-225, R-226, R-227, R-228, R-229, R-230, R-231, R-232, R-233, R-235, R-236, R-237, R-242, R-259, R-263.
Командир: капитан-лейтенант Нордт (12.1943—5.1945).
В состав флотилии входили катера-тральщики R-239, R-240, R-241, R-243, R-244, R-245, R-254, R-255, R-256, R-409, R-410, R-411.
Командир: капитан 3-го ранга Мергельмейер (7.1944—5.1945).