В октябре 1942 года «Принц Евгений» был переброшен на сербо-черногорскую границу. Небольшой бой с партизанами в горной местности восточнее реки Ибар — правого притока Дрины — успеха не принес. Затем дивизия была переброшена в район Аграм — Карловац.
Первая половина 1943 года была заполнена двумя большими операциями против сильных партизанских отрядов. Первая проводилась с января по середину марта концентрированно с юго-востока, от Мостара — 6-й итальянской армией (генерала [Марио] Роатты), с севера — двумя немецкими дивизиями, с северо-запада — «Принцем Евгением» в район восточнее Бихача, в тяжелых условиях и при сильных морозах. Успеха не последовало, поскольку Тито со своими партизанами смог отойти на юго-восток через Наренку. Вторая операция была проведена сразу вслед за первой — до конца мая — в Западной Черногории. Две дивизии вермахта были развернуты у Фочи и Сараево, две болгарских — у Преполья, итальянцы — у Цетине, дивизия СС «Принц Евгений» — у Мостара. После того как последняя пробилась через область, контролируемую итальянцами, она продвинулась на восток до района у Никшича. Партизаны понесли большие потери. Однако силами примерно в 3000 человек Тито удалось прорваться у Фочи. Вскоре он сформировал новые отряды севернее Сараево. Таким образом, и эта операция не увенчалась решающим успехом.
Политическая ситуация ухудшалась. Ежедневно можно было ожидать измены итальянцев, которые в конце концов капитулировали в сентябре 1943 года. Положение стало критическим, поскольку к партизанам перешли итальянские позиции и вооружение. Дивизия СС «Принц Евгений» получила приказ захватить район Сплит (Спалато) — Меткович — Дубровник (Рагуза) на далмацском побережье и разоружить итальянские войска.
В сентябре завязались тяжелые бои в предместьях Сплита за старую турецкую крепость Клис и за Меткович. Взятие Сплита стало возможным лишь после поступления подкрепления. Было захвачено 18 000 итальянцев и множество военной техники. Остальные войска были вывезены под прикрытием английских военных судов по Адриатике. К ноябрю были захвачены острова Брач, Хвар и Корчула. Штаб V горнострелкового корпуса СС в октябре принял на себя командование дивизиями СС «Принц Евгений» и «Ханджар», а также тремя дивизиями вермахта.
Использование корпуса в декабре 1943 года против отрядов Тито в районе северовосточнее Сараева с севера и юга не принесло никаких результатов. Тито прорвался на запад, преследование «Принцем Евгением» через Травник было за пределами сил дивизии.
До конца февраля 1944 года дивизия отдыхала, получая подкрепления и проводя постоянные тренировки, стараясь приспособиться к новому руководству. Она стояла в резерва в районе Сплит — Рагуза. После переброски в Центральную Боснию у Травника обучение было продолжено до конца апреля уже в условиях реального боя. В начале мая была сделана попытка захватить главный штаб Тито в районе Дрвара. В то время как «Принц Евгений», подкрепленный небольшими частями вермахта, с востока прорывался через горный лесистый массив Увала, парашютисты 501-го батальона СС высадились в Дрваре. Тито с остатками 1-й и 6-й дивизий [НОАЮ] удалось бежать, сначала на юг, затем на восток. Преследование «Принцем Евгением» закончилось в начале июня на Дрине у Фочи практически полным разгромом 1-й дивизии [НОАЮ]. Этот успех показал, что боевая готовность «Принца Евгения» снова находится на прежнем уровне.
Развитие событий на Восточном фронте, разгром группы армий «Центр» в ходе летнего наступления Красной Армии повлияли, начиная с осени, и на развитие событий на Балканах, в Венгрии и Румынии. Тито перебросил свои основные силы в Сербию.
Три партизанских корпуса были собраны у Валево для удара по Белграду. Дивизия СС «Принц Евгений» в августе была переброшена для наступления в Чачак. Операция, однако, была остановлена, дивизия отозвана и переброшена в Лесковац, южнее Ниша, для смены 1-й горнострелковой дивизии. Здесь она должна была охранять дорогу Скопье — Ниш — Белград, обеспечивая движение отступавших из Греции войск группы армий [«Е» генерал-полковника Александра] Лёра. Оборонительные бои против нескольких болгарских и советских дивизий были полностью успешными. Однако севернее большие силы русских продвигались через Алекшинац на Крушевац. Одна группа дивизии смогла отразить сильнейшую угрозу, хотя при этом она была практически уничтожена. Части дивизии у Ниша были отрезаны с севера, обойдены с юга, с тыла им угрожали партизаны, связь с XXXIV корпусом была утеряна. 10 октября дивизия выдвинулась на запад. С фланга ее атаковали болгары, что привело к большим потерям. Были потеряны практически весь штаб дивизии, артиллерия, почти вся техника и более 1000 солдат. Остатки (около 4000 человек) были собраны и без боеприпасов и продовольствия отведены — под сильным давлением русских на севере и болгар на юге — через Копавниковские горы к Ибару.
Здесь остаткам дивизии удалось соединиться с основной немецкой группировкой. Эсэсовцев, хотя они и были полностью измотаны и почти без оружия, тут же использовали для удержания плацдарма у Ибара восточнее Кральево, до тех пор пока группа армий Лёра не переправилась из долины Ибара на запад. Маршбросок, рассчитанный на десять дней, затянулся почти на шесть недель — до конца ноября. Все это время нужно было держаться. Этот подвиг вошел в историю дивизии как особенная славная страница.
Далее дивизия, действуя в арьергарде немецких войск, отошла к Чачаку. В то время как части группы армий Лёра отступали к Сараево, «Принц Евгений» продвигался через Любовию на Дрине к Брко на Саве. Из-за наводнения был уничтожен мост через Дрину. Саперному батальону за 18 часов удалось навести канатный мост длиной более чем в 150 метров. Несколькими контрударами окруженные части вермахта были деблокированы. В состав этой группировки войск теперь также вошли части дивизии СС «Скандерберг». После этого до конца года дивизия находилась в обороне.
Военные действия в 1944 году
До данного момента силы обеих сторон на Восточном фронте были примерно равными. Затяжные оборонительные бои сменялись наступательными операциями. В начале года линия фронта проходила примерно по линии: Крым — южнее Днепра через Припятские болота, через Оршу — Витебск — озеро Ильмень — Ленинград. Положение в тылу армии теперь находилось под постоянной угрозой со стороны партизанских отрядов. Но и общая ситуация для Германии ухудшилась: «ось» развалилась, под угрозой оказалась Румыния. Сталин все настойчивее требовал открытия «второго фронта» на Западе. Советские солдаты за годы войны значительно повысили свое умение в обращении с артиллерией и танками, да и материальная поддержка союзников, несомненно, сильно помогала СССР.
Этот год показал, что требования рейхсфюрера СС сформировывать новые соединения войск СС не могли уже быть успешно выполнены. Три с половиной дивизии, имевшиеся в распоряжении в 1940 году, теперь, после всех потерь, не могли покрыть потребность в опытных офицерских и унтер-офицерских кадрах.
