ментальность населения и даже некоторые климатические процессы, были определены приоритеты и выработана своеобразная антинаркотиковая стратегия Кыргызстана. Ее реализация в дальнейшем позволила заметно активизировать борьбу с наркотизмом, привлечь к ней новые силы.
В июле 1993 года по инициативе ГККН была принята первая Национальная программа борьбы с наркотизмом в Кыргызской Республике на 1993–1995 годы, а следом, с учетом новых реалий, на 1996–1998 годы. В разработке программы принимали участие научные коллективы, министерства, ведомства, а также ведущие специалисты из Международной ассоциации борьбы с наркоманией и наркобизнесом.
В апреле 1994 года, после большой организаторской работы, проведенной сотрудниками Госкомиссии, Кыргызстан первым среди государств СНГ присоединился к трем действующим антинаркотиковым конвенциям ООН, что позволило ему интегрироваться в международный процесс противодействия наркотизму. Событие это, а также вся антинаркотиковая активность республики не осталась незамеченной международным сообществом, побудило Организацию Объединенных Наций оказать ГККН техническую помощь. В мае 1994 года Кыргызстан с официальным визитом посетил заместитель Генерального Секретаря ООН, Исполнительный Директор антинаркотиковых программ ООН Джорджио Джакомелли. Он детально познакомился с деятельностью ГККН, Национальной программой борьбы с наркотизмом и высоко оценил усилия Кыргызстана. «Мы помогаем только тем, кто хорошо делает антинаркотиковое дело сам», буквально заявил Дж. Джакомелли на пресс-конференции 27 мая 1994 года. Он выразил удовлетворение проводимой руководством республики политикой в сфере антинаркотизма, поддержал предусмотренные Национальной программой мероприятия по подготовке кадров, проведению целевых межрегиональных симпозиумов, приобретению технологий и спецоборудования.
Вскоре Государственная комиссия подписала с Международной программой по контролю наркотиков проект об оказании правоохранительным органам республики технической помощи на сумму 500 тысяч долларов США. Были приобретены автотранспорт, средства связи для областных отделов по борьбе с наркобизнесом, оборудование для телестудии Бишкекской высшей школы МВД Кыргызской Республики, широко используемые в деятельности органов внутренних дел республики химические тесты для определения вида изъятого наркотика, приборы, оборудование и химические препараты для проведения химических экспертиз и исследований наркотических веществ Центральной научно-исследовательской лаборатории судебных экспертиз (ЦНИЛСЭ) Министерства юстиции Кыргызстана. Двое ведущих сотрудников лаборатории были обучены проведению новейших исследований в Братиславе.
Во второй половине 1990-х годов проблему для правоохранительных органов республики представляло хранение наркотиков, изъятых из незаконного оборота. Переполненные, плохо оборудованные хранилища при ОВД представляли серьезную опасность, и прежде всего, как возможный источник коррупции.
Учитывая серьезность положения, Госкомиссия вступила в переговоры с шымкентским (Казахстан) химико-фармацевтическим предприятием, чтобы там перерабатывать изъятый из незаконного оборота наркотик. В качестве оплаты за сырье предполагалось получать готовые лекарственные препараты в счет квоты, определяемой республике специальным комитетом ООН (Вена, Австрия). Сотрудники госкомиссии выезжали в Шымкент, встречались со многими уполномоченными лицами Республики Казахстан. Но там предложение ГККН не поддержали, т. к. наладить переработку сырья и производство лекарств экономически выгодно было только при наличии большого, не менее 5 тонн, количества чистого опия, чего Кыргызстан гарантировать не мог. И тогда, с привлечением специалистов других ведомств, Госкомиссией по контролю наркотиков была разработана Инструкция о порядке хранения и комиссионного уничтожения изъятых из незаконного оборота наркотиков, которые с тех пор сжигаются.
Серьезное внимание ГККН уделяла и проблеме уничтожения главной сырьевой базы наркомании — дикорастущей конопли. Ею было в 1996 г. разработано «Положение о специализированных хозрасчетных бригадах по уничтожению дикорастущей конопли.» Этот вид работ был включен в утвержденный правительством перечень оплачиваемых общественных работ. Такой подход позволил предоставить сезонную работу свыше 2000 безработных, начать под контролем милиции массовое уничтожение сорняка. Министерство труда и социальной защиты, Главное управление занятости населения поддержали предложения ГККН, разработали для акимов, начальников областных Управлений внутренних дел и занятости населения детальный механизм формирования и системы оплаты хозрасчетных бригад. Эта добрая инициатива, к сожалению, оказалась временной и через два года практически заглохла, поскольку в те годы института представителей Госкомиссии на местах не существовало, и инициировать создание хозрасчетных бригад на местах оказалось некому. Позднее, когда институт представителей Государственной комиссии по контролю наркотиков на местах был создан, весьма нужное начинание оказалось уже забытым.
Серьезным вкладом ГККН в реализацию антинаркотиковой стратегии Кыргызстана стала разработка предложений в Организацию Объединенных Наций о понижении спроса на наркотики, предусматривающего открытие реабилитационного центра для наркоманов; об уничтожении сырьевой базы гашишной наркомании зарослей дикорастущей конопли — в Чуйской, Ферганской, Кетмен-Тюбинской долинах, в Прииссыккулье после предварительного картирования мест ее произрастания. Оба документа были разработаны Госкомиссией совместно с учеными, специалистами Минздрава, Минсельхоза, Национальной Академии Наук и предложены Международной программе ООН по контролю за наркотиками. На этой основе Программа ЮНДКП разработала международный проект по картированию мест произрастания наркосодержащих растений в Кыргызстане, Таджикистане и Казахстане, выделив на его реализацию около 1 миллиона долларов США. При этом были учтены все предложения и потребности кыргызской стороны. Проект начал реализовываться в декабре 1996 года, им подготовлены подробные карты мест произрастания наркотикосодержащих растений (конопли, эфедры, опийного мака) во всех трех странах участницах проекта. Их применение повышает эффективность работы правоохранительных органов по пресечению сбора и изготовлению наркотиков, Минсельхоза и других заинтересованных министерств и ведомств — по их целенаправленному уничтожению.
Помимо тесных рабочих контактов с Международной Программой ООН, Государственная комиссия при правительстве Кыргызской Республики по контролю наркотиков установила тесные деловые контакты и с рядом международных и национальных антинаркотиковых организаций Европы и США, Израиля, Ирана. Такие контакты обеспечили поступление аналитических материалов, широкий обмен опытом антинаркотиковой деятельности, позволили принимать участие в международных форумах.
Рост наркоэкспансии из Афганистана в Россию через южный регион Кыргызстана побудил ГККН обратиться к российским коллегам с предложением выработать «тактику на опережение»: осуществлять вахтовым методом совместные дежурства на досмотровых постах с использованием специальных, обученных на отыскание наркотиков, собак; применении вертолетов для выявления наркотрафикантов на горных, труднодоступных тропах. Инициатива была поддержана, в конце 1994 года был разработан проект Соглашения о сотрудничестве с Россией в борьбе с наркотизмом.
По инициативе Госкомиссии из числа специалистов силовых структур была также сформирована экспертная группа для выработки предложений по выявлению и перекрытию каналов проникновения афганского опия в Кыргызстан по трассе Хорог — Ош, детально обследовавшая горно-бадахшанское приграничье. 16 сентября 1994 года председатели ГККН и Комитета Национальной безопасности, силовые министры, директор Гостаможни и Командующий группой пограничных войск Российской Федерации в Кыргызстане впервые вместе облетели кыргызский участок трассы, уточнили дислокацию контрольно- пропускных пунктов, количество дежурных смен, наличие оборудования. Подобные облеты в дальнейшем стали регулярными. Полученные наблюдения были обобщены и внесены ГККН на рассмотрение республиканского Совета Безопасности. По результатам рассмотрения был издан Указ Президента Кыргызской Республики от 21 ноября 1995 года «О неотложных мерах по усилению борьбы с незаконным оборотом наркотиков», который в целях перекрытия каналов поступления наркотиков по памирскому тракту из Афганистана и пресечению их дальнейшего распространения в странах ближнего и дальнего зарубежья представил группе пограничных войск Российской Федерации в Кыргызской Республике (ГПВ РФ) право ведения оперативно-розыскной деятельности по вопросам борьбы с незаконным оборотом наркотиков в зоне пограничного контроля на памирском направлении во взаимодействии с Государственным Комитетом Национальной безопасности Кыргызской Республики. Указ обязал республиканские хозорганы выделить ГПВ РФ два сборных щитовых дома и 12 блоксекций для вновь создаваемых пограничных застав и постов, а также четыре самолета АН-2.
