В конце 1942 г. на Восточном фронте в составе бомбардировочных эскадр начали действовать четыре эскадрильи тяжелых истребителей Первоначально основным назначением Ju 88С была борьба с железнодорожными перевозками. Фашистское командование отмечало большую роль машин из 9(Z)/KG 3.14(Z)27 и 9(Z)/KG 55 в контрнаступлении под Харьковом в феврале 1943 г.
Базировавшаяся в Таганроге 4(Z)/KG 76 имела штурмовики-'ловушки', закамуфлированные под обычные бомбардировщики: поверх отсека с вооружением было нарисовано остекление. Командование 'люфтваффе' отлично понимало, что бомбардировочные соединения 'восемьдесят восьмых' не могут больше выполнять боевые задачи днем без тяжелых потерь. Однако, программа создания нового самолета Ju 288, несмотря на огромные возлагавшиеся на нее надежды провалилась. Затянулись работы и над запасным вариантом – более традиционным Ju 188. В то же время большое количество имевшихся Ju 88А обусловило Их дальнейшее широкое применение. Свыше двухсот 'юнкерсов' в пяти группах участвовали в Курской битве. Особенность их применения здесь – сосредоточение всех ударов на поле боя. Совместно со штурмовиками и одномоторными пикировщиками Ju 88 старались всеми способами 'протолкнуть' свои войска через нашу оборону. Теперь широкое распространение получила модификация А-14. Импровизированную установку пушки заменили стандартной, теперь ее ставили в нижней гондоле. Чуть безопаснее чувствовали себя экипажи за более мощной броней. Многие самолеты теперь не имели тормозных решеток. Относительно редко встречалась еще одна модификация – А-15. У нее сократили число огневых точек и экипаж, но увеличили размеры бомбоотсеков, которые теперь вмещали 12 бомб по 250 кг (до этого внутри подвешивались только бомбы по 50 кг). Бомбардировщики 'люфтваффе' осуществляли широкий маневр по фронту, непрерывно меняли тактику, но достигнуть поставленных целей не смогли. Лишь 2-3 дня они господствовали в небе, после чего 'Яковлевы' и 'лавочкины' начали их уверенно перехватывать. Ju 88 оказался среди наименее защищенных машин противника, их потери непрерывно росли.
Чтобы спасти бомбардировочную авиацию от полного перемалывания, в конце июля немцы перебросили большую ее часть в район р.Миус. Там группы 'юнкерсов', численностью до сотни каждая, пытались ликвидировать намечавшийся прорыв войск Южного фронта. 30 и 31 июля 1943 г. было зафиксировано до 1800 самолето-пролетов фашистской авиации – почти как под Сталинградом. Вместе с немцами на р.Миус воевали и румыны, на Ju 88 действовала их 5-я бомбардировочная группа.
Передача 'юнкерсов' союзникам Германии началась еще в конце 1942 г. Тогда румыны получили 50 машин модификаций А и D. Но самолет был непрост в освоении и первые бои выявили слабую подготовку румынских экипажей. Боевые и небоевые потери значительно превышали немецкие. Все три эскадрильи 5 -й группы вскоре пришлось вывести на переформирование. Более удачно сражались на Ju 88 финны. Весной 1943 г. они купили 23 машины (еще один самолет разбился при передаче). А в августе того же года 44-я эскадрилья подполковника Б.Габриельсона уже мешала советским войскам наступать в районе Финского залива.
В конце 1943 – начале 1944 гг. стало ясно, что очередного кризиса бомбардировочная авиация немцев уже не переживет. В июле-августе 1944 г. количество отмеченных самолето-пролетов Ju 88 было в 7 раз меньше, чем год назад.
Для ударов по наступающим советским войскам привлекались в основном истребители- бомбардировщики и штурмовики. а бомбардировочные эскадры выводили с фронта и перевооружали. На Ju 88 продолжала действовать только 14-я эскадрилья эскадры KG 3.
В 1944 г. приоритет выпуска германская авиапромышленность отдала истребителям. Среди них были и Ju 88С и G (дальнейшее развитие варианта ночного истребителя). Они использовались в основном в ПВО Рейха, но встречались и на Востоке. Летом 1944 г. группа I/NJG 200 в Прибалтике и I/NJG 100 на центральном участке имели несколько 'юнкерсов''. Последняя серьезно потрепала советскую авиацию дальнего действия во время Белорусской операции. Особенностями действий ночных истребителей на Востоке были почти полная автономность и базирование вблизи железнодорожных узлов. Вскоре после высадки союзников во Франции, немецкая система ПВО рухнула. Ночные 'юнкерсы' Перебрасывали на Восток, где из них формировали ночные штурмовые группы, учитывая хорошую подготовку и опыт экипажей. Остатки тяжелых истребителей Восточного фронта свели в эскадру ZG 1. Летом и осенью 1944 г. она действовала в Румынии, пытаясь защитить нефтеносные районы от ударов советских войск.
Лучше всего Ju 88 сохранились в разведывательных подразделениях. Кроме уже известной модели D, появилась и принципиально новая модификация Т. Конструкторы фирмы 'Юнкерс' на этот раз сделали акцент на максимальное повышение скорости, считая, что это лучшая защита от советских истребителей. У новых машин появились более мощные и живучие двигатели, была облагорожена аэродинамика, сокращено оборонительное вооружение и облегчено бронирование. Аналогичная бомбардировочная модификация S нашла применение главным образом на Западном фронте. Ju 86 с моторами BMW 801G развивал максимальную скорость 568 км/ч на высоте 6200 м. При достижении 7900 м она уменьшалась до 551 км/ч. но использование закиси азота для форсирования мощности позволяло достичь скорости 595 км/ч при 'чрезвычайном' режиме работы. Естественно, перехватить и сбить высотного разведчика было нелегко даже днем. Но это удалось 8 марта 1945 г. летчикам В.Рыбину и А.Федотову из 11-го и 102-го гв.иап. вооруженных 'Спитфайрами' IX. имевшими отличные высотные характеристики.
Установка на Ju 88 еще более мощных моторов Jumo 213 повысила скорость разведчика до 640 км/ч на 8540 м. Изучение одного из таких сбитых самолетов показало, что у них не только высокие летные данные, но и совершенное навигационное оборудование.
Длинноволновая радиостанция имела приставку для самопеленгации, а коротковолновая – автоматическую настройку. В оборудование входил автоответчик 'свой-чужой'. Поскольку самолет предназначался для действий над морем, то он имел радиовысотомер и локатор для обнаружения кораблей противника. Эти машины совместно с торпедоносцами Ju 88А-17 до конца войны действовали в Арктике против союзных конвоев, но единственным их существенным успехом было потопление фрегата Генри Бэкон' 23 февраля 1945 г.
В конце войны Ju 88 нашли применение в составных самолетах ('мистелях'). Непилотируемые 'юнкерсы' заправляли горючим и начиняли взрывчаткой; управлялись они с расположенного сверху
