Искренне веря, что конкуренция в проектировании новых самолетов (особенно появление конкурирующих проектов разработкам ЦАГИ) всегда приводит к ненужному, по его мнению, распылению средств, Андрей Николаевич предпринял энергичные шаги и добился, чтобы у руководства возобладало мнение о целесообразности проектирования металлических машин лишь в одной организации — ЦАГИ.
3 февраля 1925 г. на коллегии Главного экономического управления ВСНХ было признано необходимым сосредоточить дело опытного строительства металлических самолетов в ЦАГИ НТО ВСНХ, что в целом имело негативные последствия для развития отечественной авиации. Конструкторские коллективы, относящиеся к Главному управлению военной промышленности, мгновенно лишились права вести разработку соответствующих боевых машин. На заводе № 1 были прекращены работы по организации серийной постройки истребителя ИЛ-400, а также других новых самолетов. Часть оборудования пришлось перевезти на Кольчугинекий завод. Тем не менее металлургическое производство на ГАЗ № 1 отстояли.
Главкоавиа пыталось протестовать, но безуспешно. Удалось добиться лишь четкого разграничения полномочий: за ЦАГИ — металлическое самолетостроение, за предприятиями Главкоавиа — создание машин деревянной и смешанной конструкции. Но это была пиррова победа…
В сложившихся условиях Николай Николаевич был вынужден заново перепроектировать ИЛ-400б, исключив из его конструкции дюралюминий. Этот проект явился основой для создания головного серийного самолета деревянной конструкции, получившего обозначение ИЛ-3. Григорович оказался в более выгодном положении, занимаясь лишь доводкой И-2. Все же проект ИЛ-3 был завершен к августу 1925 г., а с июля началось изготовление отдельных деталей и узлов.
Между тем 13 апреля 1925 г. ИЛ-400б после ремонта вышел на испытания в НИИ, которые продолжались чуть более месяца. 20 мая 1925 г. при посадке лопнула камера правого колеса. Самолет скапотировал, но пилотировавший его летчик Ширинкин отделался лишь небольшими ушибами. В результате аварии сломаны правое колесо, винт, руль направления, концевая часть лонжеронов фюзеляжа.
Дальнейшая судьба этой машины такова. После восстановления и некоторых доработок ИЛ-400б использовался заводом в качестве экспериментального истребителя под обозначением «ИЛ-3 ремонтный» для проверки изменений, вносимых в серию. Например, в октябре 1925 г. на нем испытывался усовершенствованный сотовый радиатор. После прекращения программы в конце 1929 г. самолет был уничтожен.
Постройка ИЛ-3 в двух экземплярах с заводскими номерами 2888 и 2889 продолжалась сравнительно долго. Но еще до ее завершения с начала января 1926 г. Поликарпов занимался проектированием морской модификации истребителя на поплавковом шасси. Предполагалось, что после завершения испытаний ИЛ-3 с июля 1926 г. можно будет приступить к изготовлению морского самолета.
В феврале 1926 г. до предъявления расчетов ИЛ-3 в НТК ВВС по указанию Авиатреста на заводе № 1 была создана специальная комиссия по проверке расчетов, выявлению запаса прочности и определению летных характеристик истребителя ИЛ-3 под председательством помощника директора ГАЗ № 1 И. М. Косткина. В ее состав входили конструкторы Н. Н. Поликарпов, В. Л. Моисеенко, В. Д. Яровицкий и летчики В. Н. Филиппов, К. К. Арцеулов, Я. Г. Пауль, летавшие на ИЛ-400б. После некоторых уточнений 1 марта все расчеты по самолету (кроме расчетов устойчивости) были отправлены в НТК ВВС. Их обсуждение прошло без серьезных замечаний.
В феврале 1926 г. первый головной серийный самолет ИЛ-3 (заводской номер 2888) наконец был собран. Культура производства сказалась на увеличении массы фюзеляжа.
10-11 февраля при определении центровки выяснилось, что она достигает 38,83 % САХ. До конца февраля устранялись выявленные в пробежках и подлетах недостатки, после чего летчик В. Н. Филиппов совершил на машине первый полет.
27 февраля директор завода № 10нуфриев и начальник Опытного отдела Поликарпов направили письмо в Авиатрест с просьбой разрешить дальний перелет на самолете ИЛ-3 no маршруту Москва- Севастополь-Москва протяженностью 2400 км для более полного и всестороннего определения летных характеристик машины. Пилотом предполагалось назначить заведующего Летно-испытательной станцией Опытного отдела В. Н. Филиппова. В ответном письме от 4 марта 1926 г. Авиатрест сообщил, что он
В. Н. Филиппов довольно быстро провел заводские испытания ИЛ-3. После первых полетов на истребителе летали и другие летчики — Арцеулов, Громов, Екатов, Жуков, Михайлов, Пауль. Несмотря на ряд достоинств, ИЛ-3 имел некоторые особенности в технике пилотирования, которые многим не нравились. В своем отзыве о самолете, написанном 8 марта 1926 г., В. Н. Филиппов в целом характеризовал ИЛ-3 положительно. Вместе с тем он отметил:
На заводских испытаниях ИЛ-3 развивал у земли максимальную скорость 273,3 км/ч на номинальном режиме работы двигателя «Либерти» и 295,36 км/ч на форсированном — весьма большую по тем временам. Посадочная скорость равнялась 75 км/ч. Правый вираж на высоте 1000 м самолет выполнял за 8-11 секунд, левый — за 7-10 секунд. Для парирования реакции винта правая и левая консоль крыла устанавливалась под разными углами атаки: 5 угловых минут и 30 угловых минут, соответственно.
После небольшой доработки поведение самолета в воздухе несколько улучшилось.
18 марта в инструкции о пилотировании ИЛ-3 Филиппов писал: