Мальте был построен и новый большой госпиталь.
18 мая 1565 года тридцатитысячная турецкая армия, состоявшая только из янычар, высадилась на Мальте. Во главе ее стоял знаменитый сераскер Мустафа – паша, штурмовавший в 1522 году Родос. У Великого Магистра было шестьсот рыцарей и семь тысяч солдат. Чуть позже из Сицилии удалось перебросить на Мальту пятьсот рыцарей и тысячу испанских аркебузиров.
Форт Сент-Эльмо защищали сто двадцать рыцарей и рота испанцев. Турецкие штурмы и канонады форта следовали один за другим. В течение месяца яростно отбивался гарнизон, пока не погиб, положив под стенами Сент-Эльмо десять тысяч янычар.
15 июля 1565 года ожесточенный штурм выдержала Бирга. Тысяча янычар на десяти кораблях попробовали обойти Биргу через южную сторону форта Сан-Анжело, но тут же попала под убийственный огонь засадной рыцарской батареи. Орудийные залпы отправили на дно девять судов и восемьсот янычар.
До 7 августа продолжался непрерывный обстрел Бирги, совсем разрушенной. Штурм крепости почти закончился победой турок, но Ла Валлет еще до рассвета 7 августа направил рыцарский отряд в турецкий лагерь. Рыцари стали громить лагерь, и турки, ворвавшиеся на остатки стен Бирги, вернулись его отбивать. 18 августа следующий яростный турецкий штурм был отбит благодаря изумительному мужеству отчаянно рубившихся рыцарей во главе с раненным Ла Валлетом.
6 сентября 1565 года на восточном побережье Мальты высадился небольшой отряд солдат, присланный из Сицилии испанским королем Филиппом II. На следующий день остатки турецкой армии, потеряв двадцать пять тысяч солдат, сняли осаду с Бирги и покинули Мальту. Потери ордена составили двести шестьдесят рыцарей и семь тысяч солдат. Описание осады из вековой давности дошли до нашего времени:
«Сто пятьдесят турецких военных кораблей, с армией до сорока тысяч человек, показались на горизонте Мальты. Командующий Мустафа-паша решил сейчас же атаковать Сент-Эльмо, так как от владения этой крепостью зависело владение гаванью, представлявшей безопасную якорную стоянку флоту.
Несмотря на сильнейший артиллерийский огонь из крепости и невообразимые затруднения, были проложены в скалистой почве, под надзором искусных турецких инженеров, углубления, которые, хотя и стоили жизни тысячам людей, но уже 24 мая 1565 года давали возможность обстреливать вражеские укрепления из пушек разного рода, так что внешние стены и укрепления в короткое время были обращены в кучи мусора. Равелин крепости скоро был захвачен турками, которые неустанно, даже ночью, при помощи фашин и наполненных шерстью и землею мешков, возвышали эти захваченные передовые шанцы, пока не достигли возможности, под прикрытием помещенных здесь пушек, вопреки отчаянному сопротивлению гарнизона, построить мост к брустверу, на котором завязалась ужасная резня, стоившая жизни большому числу жителей, чем пало с начала обороны.
16 июня галеры с моря, а 36 тяжелых орудий с суши открыли страшную пальбу, которою и последние остатки укреплений были разрушены. Герои-защитники образовали из себя несокрушимый вал, так как рыцари распределились между солдатами и ободряли их своим примером к устойчивости. Ла Валетт велел сделать множество деревянных кругов, которые макались в кипящее масло, затем обматывались шерстью или бумагой и насыщались, вместе с оберткой, составом, смешанным с селитрой и порохом. Эти кольца, зажженные и брошенные в ряды осаждающих, производили такое смятение и такой ужас, даже у храбрейших, что они начинали колебаться и, наконец, со всех ног бежали к морю. Поле боя было покрыто двумя тысячами турок, тогда как гарнизон потерял семнадцать рыцарей и около трехсот солдат.
После этого постыдного поражения Мустафа-паша решился вполне окружить Сент-Эльмо, гарнизон которого постоянно получал подкрепления из крепости Святого Ангела и столицы. Выполнив это, он 21 июня возобновил приступ. Но еще раз геройство гарнизона оспаривало у него победу: так он был три раза отбиваем, пока наступившая ночь не прекратила кровопролития и не дала защитникам крепости, лишенным всякой помощи извне и убежденным в своей близкой смерти, короткого отдыха. 23 июня нападения возобновились и кончились смертью последнего человека из гарнизона. Слишком дорого, потерею 8 000 человек, купили турки развалины одной маленькой крепости. Но еще чувствительнее были потери ордена – 130 рыцарей и около 1300 солдат.
5 июля Мустафа-паша приступил к обстреливанию замка Святого Ангела, крепости Святого Михаила и находившихся в гавани кораблей ордена. Десять дней длился разрушающий огонь артиллерии, наконец, когда укрепления уже были сильно повреждены, 15 июля начался приступ. С ужасным остервенением продолжался бой, в котором, со стороны осажденных, участвовали даже толпы детей, пока наступающие не обратились в дикое бегство. Более четырех тысяч турок погибло на этом приступе. Новый, предпринятый 2 августа приступ мог еще быть счастливо отражен; но когда нападение возобновилось 7 августа, казалось, что настал последний час ордену. Сам Мустафа повел восемь тысяч войска против замка Святого Михаила, между тем, как одновременно происходил натиск на другие укрепления также значительными по численности колоннами. За всякую голову христианина была назначена награда.
Именно в эту минуту наибольшей опасности, когда гарнизон замка Святого Михаила был не в состоянии продолжать оборону, рыцари выслали отряд всадников в лагерь турок, и отряд этот произвел там страшную резню. По донесении об этом Мустафа тотчас же приказал прекратить приступ в убеждении, что подходит подкрепление из Сицилии.
Приступы повторились 18,19,20 и 24 августа, и все разы они кончались полнейшим истощением обеих сторон. Ла Валетт, несмотря на свои 70 лет, обнаруживал истинно изумительную деятельность; не боясь никакой опасности, он показывался на опаснейших местах и распоряжался везде, где надо было ободрить сражающихся, причем, хотя был ранен, принимал участие в схватке.
По отступлении турок на всем острове осталось под оружием едва 600 защитников, почти все переранены».
Мальтийский орден стали называть морским щитом Европы, а Бирга получила название «Чита Витториза» – «город Победы».
В 1566 году султан вторично приказал штурмовать Мальту, но поход не состоялся. Перед отплытием флота в Стамбуле взорвался арсенал, уничтожив большую часть турецких галер, весь порох и запасы продовольствия также взлетели на воздух.
28 марта 1568 года на восточном побережье острова Мальта на горе Сцебрасс был основан город Лавалетта, названный так в честь Великого Магистра – победителя турок. Жан да Ла Валетт умер 21 августа 1568 года и был погребен в построенной им самим церкви Матери Божией Победительницы. Планирование и строительство города вели Джероламо Кассар и специально присланный римским папой известный архитектор Франческо Лапарелли. 15 марта 1571 года в новую столицу Мальты торжественно въехали рыцари во главе с Великим Магистром. Орден отчеканил памятные медали с изображением нового города и надписью «Malta renescens» – «Возрождающая Мальта», и датой. В 1573 году в Лавалетте действовал самый большой госпиталь, в котором лечились одновременно несколько тысяч человек. В 1577 году на Мальте был построен Кафедральный собор святого Иоанна и Дворец великих магистров. В 1616 году в Лавалетту был проведен водопровод, который обеспечил население столицы питьевой водой. На острове прекратились частые прежде эпидемии.
С 1565 года флот мальтийских рыцарей постоянно участвовал в совместных походах и морских сражениях европейских христианских государств Испании, Рима, Венеции, Генуи, Неаполя, Пармы против Турции.
7 октября 1571 года три галеры Мальтийского ордена под началом Пьетро Джустиниани на левом фланге в составе объединенного испано-венецианского флота участвовали в грандиозном морском сражении с двухсот сорока судами турок при Лепанто. Три мальтийские галеры выдержали страшный удар тридцати турецких судов, потеряв только один свой корабль. Общие потери турок составили сто сорок судов и тридцать тысяч солдат. Еще пять тысяч солдат были взяты в плен. Турция больше не властвовала на Средиземном море.
В начале XVII века флот Мальтийского ордена имел славу лучшего флота в Средиземном море. Мальтийский орден участвовал в военных действиях испанцев против Алжира в Северной Африке. Только за первую половину века рыцари одержали двадцать больших побед на море над тунисскими и алжирскими пиратами. В 1602 году мальтийские рыцари на западном побережье Пелопонесского полуострова захватили
