странствуя многие годы, могли утвердить себе постоянное жилище и употреблять силы свои и оружие против вероломных врагов святой веры, из особенного Нашего благоволения к этому ордену, решили Мы добровольно дать им убежище, где бы они могли обрести себе постоянное пребывание и не были бы принуждены скитаться из одной страны в другую.
Ради этого силой и властью настоящей грамоты Нашей, с Нашего ведома и с Нашей воли данной, по зрелом рассуждении и по собственному Нашему побуждению, уступали Мы и добровольно даровали за себя и за Своих преемников и наследников Королевств Наших, на вечные времена упомянутому честнейшему Великому Магистру этого ордена и упомянутому ордену святого Иоанна Иерусалимского в ленное, благородное, вольное и свободное владение город Триполи и острова Мальту и Гоццо с замками, городами и со всеми землями, со всеми правами собственности, господства и владычества, с отправлением верховного суда, с правом жизни и смерти над жителями мужского и женского пола, ныне там живущим, или которые впредь проживать там будут, на вечные времена, какого бы чина, звания и состояния они не были, со всеми прочими привилегиями, доходами, правами и вольностями.
С условием однако же, чтобы они и впредь признавали эти владения за ленные короны Нашей Сицилийской, и преемников Наших в этом Королевстве, сколько их будет, не обязуясь ни к какой-либо повинности, кроме присылки в день Всех Святых сокола представлять ежегодно вице-королю Сицилийскому, в знак признания их этих островов за Наши ленные. После этого они будут свободны от всякой Нам службы военной и другой, которой ленные владельцы повинны главным владетелям.
Все Великие Магистры обязаны давать от своего имени и от имени всего ордена присягу в том, что они не допустят в упомянутых городах, замках, городах и островах какой-либо вред, ущерб или оскорбление Нас, Наших владений, королевств и государств, как на море, так и на суше. Более того, они должны подавать помощь против всех, кто бы причинил им вред.
Этим повелеваем и силой власти Нашей приказываем всяким людям обоего пола, какого бы звания и состояния они не были, ныне в упомянутых городах, островах, землях и замках обитающим, или впредь обитать имеющим, признавать Великого Магистра и орден святого Иоанна Иерусалимского за полновластных своих государей, за законных властителей, и поэтому оказывать им всякое повиновение, которым верные подданы обязаны своему государю».
25 апреля 1530 года Жалованную грамоту императора Карла V утвердил римский папа. Верховная власть иоаннитов на Мальте была признана всеми христианскими государствами, которые установили с Орденом иоаннитов дипломатические отношения.
26 октября на Мальту прибыл Великий Магистр Филипп Виллье да л’Илль-Адам с Советом и главными командорами. Единственным укрепление Мальты был небольшой замок Святого Ангела, вокруг которого находилось рыбацкое селение. Командоры и рыцари разместились в рыбацких хижинах и шалашах. Через несколько дней Великий Магистр принял во владение Мальту. Столичный город Бирга, откуда орденские рыцари должны были защищать южное побережье Франции и Италии от постоянных набегов турок и пиратов, имел в диаметре менее километра.
Орден иоаннитов стал именовать себя сувереном Мальты. Рыцари Мальтийского ордена святого Иоанна Иерусалимского разделялись на восемь языков, или наций – Прованс, Овернь, Франция, Италия, Арагон с Каталонией и Наваррой, Кастилия с Португалией, Германия и Англия (позднее Бавария). Отдельный язык или нацию составляли рыцари одного государства, командоры, рыцари Большого Креста. Они образовывали великое приорство в этом государстве. Каждое приорство разделялось на судебные округа бальяжи, состоявшие из командорств. В каждом приорстве была своя казна, деньги в которую собирались в сборных пунктах, располагавшихся на торговых путях, и направлялись в резиденцию Ордена на Мальту.
Высшим органом Ордена являлся Священный Капитул, созывавшийся Великим Магистром во всех важных случаях. Непосредственное управление мальтийскими рыцарями осуществлял Совет Ордена, состоявший из Великого Магистра, епископа Мальты, приора церкви святого Иоанна, восьми представителей языков и провинциальных приоров. Совет ведал приемом в Орден новых членов, установлением пенсий, назначением на должности, рассматривал отчеты командоров, руководил внешней и внутренней политикой Ордена. Великий Магистр на Мальте имел титул «Преимущественное Величество» и являлся правящим государем. Во всех делах Ордена ему принадлежал решающий голос. Только он назначал рыцарей на все орденские должности.
После смерти Великого Магистра Совет и Священный Капитул собирался в церкви святого Иоанна, месте избрания нового гроссмейстера. На время избрания храм запирали. Все делегаты писали имя своего кандидата на листах и опускали их в особый ящик. Великий Магистр избирался большинством голосов.
Так же, в церкви, обычно принимали в члены Ордена простых рыцарей. Одетый в длинную одежду без пояса кандидат становился перед алтарем на колени и просил о принятии в Орден иоаннитов, мальтийских рыцарей. Ему давали в руки белую восковую горящую свечу, которая означала любовь к Богу и ближнему. Во имя Отца и Сына и Святого Духа кандидат принимал позолоченный меч для защиты католической веры, отражения и усмирения неприятелей, прощения покорившихся, и предоставления себя самого, в случае необходимости, за веру на смерть. Его опоясывали шарфом в знак хранения целомудрия и, вынув из ножен меч, трижды ударяли плашмя по плечу кандидата, напоминая о тех подвигах, которые он должен совершить во имя Господа. Сам вступающий получал меч и трижды вскидывал его вверх, во имя Пресвятой Троицы, вызывая на бой врагов христианской веры. Потом он вкладывал меч в ножны, что подтверждало то, что кандидат чужд всех пороков. Два рыцаря надевали ему на сапоги золотые шпоры. Ему читали проповедь непрестанно стремиться к похвальным делам и попирать золото ногами. После этого со свечами в руках все слушали торжественную мессу. Затем будущего иоаннита спрашивали, не женат ли он, не имеет ли долгов, не давал ли он обета в другом ордене. Кандидат отвечал, брал в руки Священное Писание и трижды торжественно клялся в том, что отвечал. После этого его ставили в рыцарский строй. На шею ему вешалась веревка, означавшая иго Господне, а в руки давался вышитый на чистом полотне восьмиконечный крест, напоминавший новому рыцарю о необходимости проливать свою кровь, защищая от врагов христианскую веру. После поступления в Орден рыцарь-иоаннит мог добавлять в свой герб орденскую символику.
В 1535 году большой флот иоаннитов был восстановлен после ужасного мальтийского урагана 23 октября 1533 года. Трижды в год выходил рыцарский флот в крейсерское плавание в открытое море из Большой Мальтийской гавани, закрываемой железной цепью. В 1535 году флот мальтийских рыцарей совместно с испанскими кораблями совершил рейд на алжирских пиратов Хайруддина Барбароссы. Испанцы и рыцари осадили и взяли турецкую крепость Гуллету, служившую Барбароссе арсеналом, захватили триста пушек, девяносто галер и освободили десять тысяч христианских пленников. Штурмом был взят Тунис, бывший тогда пиратской базой. Многие годы рыцари освобождали тысячи пленных христиан, громили пиратов. Борьба с ними принесла флоту мальтийских рыцарей европейскую славу.
В 1547 и 1551 годах турецкий десант высаживался на Мальте. Турки были сброшены в море, но успели разграбить плохо укрепленные районы островов Мальта и Гоццо. Рыцари выбили десант в море и начали укрепление островов фортификационными сооружениями. У входа в Большую Мальтийскую гавань они выстроили мощный форт Сент-Эльмо, отстроили форт Сан-Анжело, первый форт Святого Ангела, укрепили Биргу. У нового города Сенглеа был построен форт Сан-Микаэль. Современники писали, что Мальтийский орден «ревностно преследовал африканских пиратов, чуть ли не ежедневно привозя в Большую Мальтийскую гавань захваченные корабли с богатой добычей, так что морские силы ордена развились небывалым образом».
В 1551 году турецкие войска на ста двадцати кораблях с двенадцатью тысячами солдат во главе с Синан – пашой попыталась высадиться на Мальте, но были отброшены рыцарями. Турецкий флот пошел на Триполи. Гарнизон мальтийских рыцарей во главе с маршалом ордена Гаспаром да Валлье мужественно оборонял замок Триполи, который туркам все же удалось захватить. Через девять лет восемь галер Мальтийского ордена совместно с испанскими кораблями участвовали в попытке возвращения этого важного стратегического порта в Северной Африке, то Триполи отбить не удалось.
В августе 1557 года Великим Магистром Мальтийского ордена был избран гасконец Жан Паризо де ла Валетт. Он уже участвовал в защите Родоса в 1522 году от армии Сулеймана Великолепного. Ла Валетт часто выходил в море еще и как адмирал мальтийского орденского флота. Новый Великий Магистр, знавший итальянский, испанский, греческий, арабский и турецкий языки, пригласил на Мальту знаменитого военного инженера и фортификатора Бальтазаре Ланчи, который занялся укреплением фортов Мальты. На
