Анастасий IV буллой «Christianae Fidei Religio» разделил членов Ордена на рыцарей, одевавшихся в малиновую одежду и черный плащ и оруженосцев. В 1259 году была окончательно утверждена иерархия Ордена, которому давали привилегии папы Адриан IV, Александр III, Иннокентий III. Папа Климент IV присвоил главе Ордена титул: «Великий Магистр святого Госпиталя Иерусалимского и Настоятеля Рати Христовой».
Многие короли и владетельные сеньоры христианских государств жертвовали иоаннитами деньги и земли, из которых были созданы крупные земельные образования, получившие названия командорств или комтурств, отчислявшие свои доходы в орденскую казну. Управляющие ими рыцари назывались командорами или комтурами и подчинялись приорам или великим приорам – провинциалам, контролировавшим все командорства. Из бальяжей составлялись приорства и великие приорства, которые объединялсиь в «языки» или нации. Первым земельным владением иоаннитов стало приорство Сен-Жиль в Провансе, командорства в Шампани и Аквитании. Вскоре иоанниты имели десятки приорств во Франции, Испании, Португалии, Италии, Англии, Ирландии, Германии, Чехии, Венгрии и Польше.
Земли иоаннитов в виде командорств могли сдаваться в аренду рыцарям, которые были обязаны ежегодно вносить в орденскую казну респонсии, налоги за пользование землей. Командорства в ордене давались по старшинству. Рыцари – владельцы командорств именовались наставниками, praeceptores, или командорами – комтурами – управляющими недвижимым имуществом Ордена. Должности командиров давали и за особые заслуги.
Командоры подчинялись приорам, великим приорам и провинциалам. Приорства и командорства объединялись в судебные округа. Судьи – бальи делились на капитульских, монастырских и бальи по милости. Восемь главных сановников ордена, пилиеры – столпы, pilieru – ballivi conventuales, выбирались из монастырской бальи в столпы языков.
Великий Магистр, правящий государь Ордена, избирался пожизненно в течение трех дней после смерти своего предшественника. Он имел решающий голос во всех орденских делах, назначал на орденские должности и присваивал почетные звания. Он получал доходы от одного из командорств. Верховную власть в Ордене осуществлял Священный Капитул, периодически созывавшийся Великим Магистром. Капитулу подчинялся постоянный Совет, consiglio ordinario, который состоял из Великого Магистра, восьми столпов, провинциальны приоров и капитульских бальи. Совет осуществлял управление Орденом.
Рыцари иоаннистов участвовали во всех Крестовых походах, во время одного из которых, в 1191 году, английский король Ричард Львиное Сердце взял отделившийся от Византии остров Кипр. К концу XIII века крестоносцы потеряли все завоеванные ими земли на Востоке. Орден иоаннитов прибыл на Кипр, где король Ги де Лузиньян подарил им земли. Госпитальеры построили замки в Никосии, Колосси. В Лимассоле двадцать лет находилась резиденция Ордена иоаннитов. В кипрских гаванях началось строительство рыцарского флота. У Кипра начались сражения кораблей иоаннитов с пиратами. Иоанниты на Кипре находились в определенной зависимости от Ги де Лузиньяна. Они несли воинскую повинность королю Кипра, платили ему большие налоги. Орден получал большие поступления из Европы. Оттуда шли все новые и новые рыцари и иоанниты за двадцать лет восстановили былое могущество. Госпитальерам стало тесно на Кипре. Великий Магистр Гийом де Вилларе принял решение захватить отделившийся от Византии остров Родос.
Родос, остров в Эгейском море, у юго-западных берегов Малой Азии, в полторы тысячи квадратных километров, был отделен от материка проливом двадцатикилометровой ширины. В конце мая 1306 года Великий Магистр Гийом де Вилларе и генуэзский корсар В. Виньоли подписали договор и через несколько дней тридцать пять рыцарей и пятьсот солдат с шести судов высадились на Родосе, имевшем две великолепные гавани Порто дель Мандраччино на севере и Порто – Мерконтильо на юге острова. Четыре года иоанниты воевали за Родос, пока не укрепились на нем, изгнав турок и арабов.
В 1310 году на Родос и близлежащие семь островов иоанниты перенесли резиденцию Ордена, который стал называться сувереном Родоса, что было утверждено римским папой Климентом V. На островах были выстроены большие госпитали и странноприимные дома, обновлены фортификационные сооружения. Иоаннитов стали называть родосскими рыцарями.
На Родосе был построен великолепный орденский дворец, поражающий воображение. Началось строительство знаменитого флота родосских рыцарей, ставшего основой военного могущества Ордена.
Родосским рыцарям, иоаннитам, теперь принадлежал Родос и почти семьсот командорств в Европе. В1312 году после разгрома ордена тамплиеров – храмовников большая часть его недвижимости и имущества в соответствии с буллой римского папы Климента V было передано родосским рыцарям.
На Родосе окончательно сформировался устав Ордена, одной из главных задач которого была «особая обязанность Христовых воинов бороться за веру и славу Божию».
На Родосе окончательно сложилась иерархическая структура ордена иоаннитов. Великий Магистр избирался пожизненно рыцарями – выборщиками, находившимися в Ордене не менее тринадцати лет и воевавшими не мене трех лет. Совместно с восемью столпами – начальниками «языков» Прованса, Оверни, Франции, Арагона, Кастилии, Италии, Англии, Германии. Великий Магистр руководил Советом и Священным Капитулом Ордена. Столп Франции и Великий Госпитальер считался первым заместителем Великого Магистра. Столп Прованса считался казначеем Ордена, столп Арагона – интендантом. Столп Кастилии и Великий Канцлер являлся министром иностранных дел и хранителем архива. Столп Оверни и Великий Маршал командовал орденской пехотой, столп Англии – кавалерией. Столп Германии и Великий Бальи был главным фортификатором. Позднее в Ордене была введена должность Главного санитара – инфермерария. Столп Италии и Великий адмирал командовал орденским флотом. В 1448 году папа Николай V в очередной раз признал юрисдикцию Ордена родосских рыцарей над его территорией, независимость иоаннитов от властей, право обмена посольствами с другими странами, право чеканить монету и взимать налоги. Эти права подтверждались папами Пием II (1458-1464) и Иннокентием VIII (1484-1492). Орден родосских рыцарей в духовно-религиозных вопросах подчинялся Святому Престолу и в решении политических и светских проблем был совершенно независим.
На Родосе рыцари создали великолепный военно-морской флот, использовав лучшие достижения моряков всего мира. Были построены большие галеры с обшивной броней и пятьюдесятью гребцами в двух рядах. На галере находились несколько рыцарей и двести солдат. Иоанниты в морском бою использовали знаменитый греческий огонь, горючую смесь из нефти и серы. Самый большой корабль иоаннитов «Святая Анна», построенный в XV веке, по праву называли первым броненосцем. Иоанниты сражались с мамелюками, совершали рейды на сирийское и ливанское побережье.
В 1310 году флот родосских рыцарей разгромил у острова Аморгоса, находившегося в ста пятидесяти километрах от Родоса, турецкую флотилию нового Османского государства, образованного в 1299 году Осман-беем и Орхан-беем. Через восемь лет у острова Хиос рыцари просто разогнали по морю восемьдесят турецких судов. В 1320 году тридцать рыцарских кораблей отбросили восемьдесят турецких судов, попытавшихся высадить на Родосе десант. В 1347 году флот иоаннитов в сражении при острове Имроз разгромил турецкий флот из ста судов. В 1365 году иоанниты в союзе с войсками кипрского правителя Пьера да Лузиньяна участвовали в разгроме египетского флота и взятия Александрии. Иоанниты совершали рейды на города Леванта, Малой Азии, Египта, постоянно увеличивая свою военную мощь.
В 1440 году рыцари отбросили от Родоса десант египетского султана, потеряв в десять раз меньше воинов, чем египтяне. В 1140 году рыцари снова отбились от египтян, выдержав сорокадневную осаду двадцатитысячной армии, осадившей столицу Родоса. Египетский флот сумел блокировать родосские гавани, но неоднократные штурмы египтян к успеху не привели.
Султан поклялся разорить Родос, но в 1448 году иоанниты подписали мирный договор с Египтом.
В 1453 году в результате длительной осады и кровавого штурма войска турецкого султана Мехмеда II взяли Константинополь и уничтожили Византийскую империю. Через год Мехмед потребовал от родосских рыцарей ежегодной уплаты большой дани в две тысячи дукатов. Турецкому послу ответили, что Орден иоаннитов состоит из военных монахов, а Родос приобретен рыцарской кровью. Орден с радостью готов посвятить жизни своих рыцарей на защиту христианского острова. Султан пришел в ярость и объявил войну Родосу. Тридцать турецких галер высадили большой десант на родосский берег. Рыцари подождали, пока высадятся все солдаты и стерли их с земли острова.
Рыцари начали активно укреплять Родос. Готовясь к турецкому нашествию, иоанниты построили много укреплений. Со стороны моря была построена стометровая стена высотой до десяти метров, выкопаны
