1591 году он погиб. Согласно официальной версии, царевич нечаянно нанес себе смертельную рану, забавляясь с ножичком, на который и напоролся горлом, когда его настиг приступ эпилепсии. После смерти царевича Нагие сознательно распространили слух о том, что его зарезали подосланные Борисом Годуновым люди. Возникшая на основании этого слуха легенда получила широкое распространение; когда умер царь Федор Иванович, пресеклась династия потомков Ивана Калиты и новым царем был избран Борис Годунов. Позже появилась и версия, что в Угличе было убито другое лицо, а царевичу Димитрию удалось спастись. Последняя версия послужила поводом к началу Смутного времени и была широко использована польскими феодалами для выдвижения самозванцев Лжедмитриев. В 1606 году на престол вступил Василий Шуйский. Желая торжественно доказать самозванство Лжедмитрия I, он приказал перевезти объявленные святыми мощи царевича Димитрия из Углича в Москву. Поскольку необходимым доказательством святости должна быть нетленность тела, которое пролежало в земле уже 15 лет, то, по рассказу очевидца этих событий К. Буссова, «Шуйский приказал сделать новый гроб. Он приказал также убить одного девятилетнего поповича, надеть на него дорогие погребальные одежды, положить в этот гроб и увезти в Москву». Этот факт подтверждается и другими свидетельствами. В связи с вышеуказанным представляется весьма интересным, что именно боярин Василий Шуйский возглавлял комиссию, расследовавшую обстоятельства смерти царевича Димитрия по свежим следам и пришедшую к выводу о его нечаянном самоубийстве, что, однако, не помешало Шуйскому в 1605 году временно перейти на сторону Лжедмитрия I.
До 1589 года Русская православная церковь, являясь официальной религией могущественного государства, претендовавшего заменить собой Византийскую империю (к этому времени попавшую под власть турецких завоевателей), формально оставалась всего лишь одной из митрополий константинопольского патриархата. Необходимо было ликвидировать эту номинальную зависимость, приведя правовое положение русской церкви в соответствие с ее фактическим положением среди других православных церквей. Учреждение патриаршества диктовалось также угрозой православию со стороны католичества, которая нависла над Юго-Западной Русью, входившей в состав Польско-Литовского государства: с установлением в Русском государстве патриаршества Киевская митрополия подпала бы под эгиду Русской православной церкви и получила бы защитника. Благоприятная ситуация для решения указанной проблемы возникла, когда в 1588 году в Москву за «милостыней» (так называли тогда денежные субсидии) приехал константинопольский патриарх Иеремия. Здесь он попал в сети, расставленные Борисом Годуновым, который был уполномочен царем Федором Ивановичем вести переговоры. Когда Иеремия отказался произвести в сан Патриарха Московского и всея Руси русского митрополита Иова, было решено не выпускать его из России до тех пор, пока он не даст согласия на учреждение новой патриархии, причем в качестве приманки было дано пустое обещание сделать русским патриархом его самого. Иеремия неосмотрительно согласился, после чего ему предложили жить не в Москве, а в захолустном Владимире, мотивируя это незнанием им русского языка и местных обычаев, а также нежеланием царя отпускать из Москвы митрополита Иова. Стать русским патриархом на таких условиях Иеремия отказался, однако взять назад свое согласие относительно учреждения в Русском государстве патриаршества уже не мог. В январе 1589 года в Москве был созван церковный собор из высших иерархов, на котором митрополит Иов был рукоположен как Патриарх всея Руси. Кстати, спустя 9 лет после указанных событий, в феврале 1598 года, поддержка патриарха Иова сыграла решающую роль в избрании царем Бориса Годунова.
Весной 1653 года Патриарх Московский и всея Руси Никон с согласия царя Алексея Михайловича начал церковную реформу, отдав распоряжение о правке литургических текстов в соответствии с греческими оригиналами. Следствием этой реформы стал раскол Русской православной церкви на никонианцев и старообрядцев (раскольников). Русские богослужебные книги и религиозные обряды отличались от греческих, причиной этих отличий были ошибки при переводе или переписывании текстов. Необходимость правки текстов и обрядов была вызвана также присоединением к Русскому государству Украины, где сохранилась более близкая к византийской православная традиция. Правка эта чаще всего касалась обрядовых формальностей (так, двоеперстие было заменено троеперстием, земные поклоны поясными). Несмотря на отставку Никона в 1658 году, старообрядчество навсегда осталось в оппозиции, обвиняя официальную церковь в отступлении от «древлего благочестия». Особенно массовый характер движение раскольников приняло после церковного собора 1666–1667 годов, на основании решений которого были казнены или отправлены в ссылку многие идеологи раскола, объявленные еретиками. В 1682 году был сожжен на костре протопоп Аввакум, один из первых противников патриарха Никона. Продолжение преследований привело к тому, что раскол стал знаменем неповиновения правительству: старообрядцы отказывались служить в армии и принимать присягу, участвовали во многих восстаниях и смутах. Преследования раскольников придали им ореол защитников «истинного православия» и обеспечили поддержку различных слоев общества. Многие приверженцы старой веры бежали в глухие места Севера, Поволжья и Сибири и создали там свои общины. В XIX—ХХ веках раскол, в котором оформились внутренние различия (прежде всего по вопросу создания собственной священнической организации), стал в первую очередь религиозным явлением.
Когда в октябре 1700 года умер патриарх Адриан, дальновидный царский «прибыльщик» Алексей Курбатов посоветовал Петру I с избранием нового патриарха не торопиться, а временно поставить во главе церкви несамостоятельного архиерея. Совет этот вытекал из хозяйственных соображений (появилась возможность обратить на государственные нужды огромные доходы церкви), однако он соответствовал и политическим расчетам царя. Петру была хорошо известна история борьбы патриарха Никона с его отцом, знал он и взгляды патриарха Адриана относительно роли церкви в государстве: «Царство власть имеет только на земле, между людьми… священство же власть имеет и на земле, и на небе». Петру были известны также распространявшиеся среди духовенства слухи о том, что он, Петр, не настоящий царь, что настоящего царя подменили на иностранца еще в годы младенчества. В декабре 1700 года «местоблюстителем и администратором патриаршего престола» стал Стефан Яворский, 42-летний рязанский епископ, родом из Киева, не имевший прочных связей среди московского духовенства. Активным сторонником петровских преобразований Яворский не был, но на самостоятельность не претендовал и опасался любого проявления недовольства со стороны Петра, что облегчало проведение реформ, направленных на ослабление церкви в материальном и других отношениях. Зато другие представители духовенства относились к Петру недоброжелательно, что также было ему хорошо известно. «Когда б не монахиня, не монах и не Кикин, Алексей не дерзнул бы на такое зло неслыханное. Ой, бородачи, многому злу корень – старцы и попы. Отец мой имел дело с одним бородачом, а я с тысячами», – говорил Петр. Вместо патриарха церковь получила в 1721 году свой высший орган – Синод, первым президентом которого стал тот же Стефан Яворский. Рассказывают, что царь, присутствуя на собрании церковных иерархов и обнаружив их желание иметь патриарха, достал из кармана Духовный регламент и не допускающим возражений голосом объявил: «Вы просите патриарха – вот вам духовный патриарх!» Затем извлек из ножен кортик, ударил им по столу и добавил: «А противомыслящим вот булатный патриарх!»
В XVIII веке в Российской империи в среде приходского духовенства повсеместным и чуть ли не священным обычаем стала наследственная передача церковных должностей. Взрослый сын наследовал место отца, и притом именно то, которое занимал отец. При отсутствии сыновей место передавалось дочери, те есть ее мужу. Невеста выбирала себе жениха и представляла его на утверждение владыки. Так как от кандидатов на священнические места требовался образовательный ценз, то «жених без ума» не годился, искали жениха «с умом». Если невеста по бедности прихода или по своим личным качествам попадала в такое неприятное положение, что к ней «не случается ни философ, ни богослов», на помощь приходил архиерей. Он отправлял невесту в бурсу, и училищное начальство объявляло о ней всем «философам и богословам», а для удобства «оглядин» ставило невесту у дверей класса. Если не всегда находился жених «с умом», то не всегда оказывалась и невеста «с местом». Иной раз при слаженном уже
