13 февраля 1570 г.) совершал свои страшные казни, от которых погибло несколько тысяч новгородцев и окрестных поселян. Ограблены были не только жилища граждан, особенно богатых, но и все монастыри, все церкви, начиная с Софийского собора; из них взяты были кроме казны священные сосуды, лучшие иконы, ризы, колокола и отправлены в Москву. До пятисот игуменов, иеромонахов, иеродиаконов и старцев собраны были из всех новгородских монастырей, всенародно поставлены на правеж и по повелению царя забиты палицами до смерти, а потом развезены по своим монастырям для погребения. Всех священников и диаконов новгородских церквей заключили в оковы и ежедневно с утра до вечера секли на площади, требуя с каждого по двадцати рублей пени. Архиепископ Пимен, которого Иоанн называл главным изменником и виновником казней, постигших Новгород, подвергся крайнему поруганию: с него сняли святительские одежды и сначала отдали его под крепкую стражу, назначив для прокормления его только по две деньги на день, а потом в худой одежде посадили его на белую кобылу и привязали к ней ногами, вручили ему бубны и волынку и, как шута, возили по улицам города. В таком же виде отправлен был несчастный в Александровскую слободу; чрез несколько месяцев его лишили сана и заточили в Веневский монастырь, где он вскоре и скончался. Другое страшное бедствие, случившееся во дни митрополита Кирилла, разразилось над Москвою. Пользуясь указаниями наших беглецов и изменников, крымский хан Девлет-Гирей с огромным войском успел беспрепятственно достигнуть до самой нашей столицы, в которой, кроме собственных жителей, сосредоточилось тогда много ратных людей и еще больше окрестных поселян, искавших спасения от неприятеля. Хан приказал (24 мая 1571 г.) зажечь предместия Москвы в разных местах. Поднялся необычайный вихрь и пламя разом охватило весь город с такою силою, что чрез три часа его не стало, а народу в нем погибло около осьмисот тысяч. Уцелел один Кремль. Митрополит Кирилл со всем освященным Собором просидел в церкви Успения Пресвятой Богородицы. Этот первосвятитель правил митрополиею недолго: только три года и без малого три месяца и 8 февраля 1572 г. скончался.
Для избрания нового митрополита съехались в Москву три архиепископа: Леонид Новгородский, Корнилий Ростовский и Антоний Полоцкий, семь епископов: Макарий Вологодский, Варлаам Суздальский, Сильвестр Смоленский, Сергий Рязанский, Савва Тверской, Давид Коломенский и Герман Сарский, множество архимандритов и игуменов. Но прежде нежели собравшиеся приступили к своему главному делу, царь Иоанн Васильевич пригласил их к себе, бил пред ними челом и просил у них прощения и разрешения по случаю своего четвертого брака, в который он уже вступил самовольно. «Первую мою жену, – говорил царь, – Анастасию, с которою я жил тринадцать с половиною лет, злые люди отравили; вторую, Марию, после семилетней супружеской жизни также отравили, третью, Марфу, испортили еще до венца, и хотя я женился на ней в надежде ее выздоровления, но чрез две недели она скончалась, сохранив ненарушимым свое девство. В глубокой скорби я хотел было облечься в иноческий образ, но, видя бедствия государства и еще несовершенный возраст моих детей, дерзнул приобщиться четвертому браку. И ныне умиленно прошу святительский Собор простить меня и разрешить и молиться о грехе моем». Речь Иоанна и его смирение и скорбь глубоко тронули и прослезили слышавших. И они немедленно сделали соборное заседание в храме Успения Пресвятой Богородицы, прочитали и обсудили церковные правила относительно троеженцев и четвероженцев и постановили: благоверного царя ради его теплого умиления и покаяния простить и разрешить, но для очищения грехов наложить на него трехлетнюю епитимию. В первый год ему совсем не входить в церковь до Пасхи (это соборное определение состоялось 29 апреля, следовательно, вскоре после Пасхи); на Пасху духовник разрешит ему войти в церковь, подойти к принятию антидора и вкушать пасху. Во второй год царю стоять в церкви с припадающими, а на Пасху духовник разрешит ему вкушение и антидора, и пасхи. На третий год стоять царю в церкви с верующими, и, когда уже придет третья Пасха, духовник совершенно разрешит его и удостоит приобщиться Святых Христовых Тайн. Но если государь пойдет войною против неверных за святые церкви и за православную веру, в таком случае епитимия ему разрешается, а примут ее на себя на три года его богомольцы, весь освященный Собор. Из прочих же людей, кто бы они ни были, никто да не дерзнет сочетаваться четвертому браку; в противном случае будет предан проклятию. Надобно еще удивляться, как присутствовавшие на Соборе, зная характер Иоанна, осмелились если не расторгнуть его своевольный четвертый брак, то наложить на царя такую тяжкую епитимию и на три года отлучить его от святейшего таинства Евхаристии. Впрочем, Иоанн хотя и подчинился было соборной епитимии, но только на самое короткое время. Через месяц отправившись в Новгород и заехав (31 мая) в Хутын монастырь, он действительно не входил в церковь, а стоял у церковных дверей, пока царевичи слушали в церкви молебствие. Но 7 августа, получив в Новгороде известие о победе, одержанной нашими войсками над крымскими татарами неподалеку от Москвы, отправился в Софийский собор на молебен, а 15 августа присутствовал в том же соборе и за литургиею. Этого мало: прошло два-три года, и царь развелся с своею четвертою женою, отпустив ее в монастырь, а сам женился на пятой жене (около 1575 г.) и вскоре потом на шестой и на седьмой (в сентябре 1580 г.), и все это делал без всякого разрешения со стороны церковной власти, и не считал нужным даже просить у нее прощения и молитв, как просил по вступлении в четвертый брак.
Решив вопрос о четвертом браке царя Иоанна, Собор немедленно занялся избранием митрополита, и в мае 1572 г. избран и поставлен на Русскую митрополию один из присутствовавших на Соборе, именно архиепископ Полоцкий Антоний. При этом митрополите снова поднят был вопрос о церковных имуществах. Мы уже знаем, что Стоглавый Собор, оградив неприкосновенность прежних владений духовенства, постановил только, чтобы ни владыки, ни монастыри
На его место избран и поставлен (в феврале 1581 г.) игумен Хутынского монастыря Дионисий. Этому
