Могиле и тем, естественно, возбуждал сопротивление ему и в своих приверженцах. Могила нашелся вынужденным употребить против них самые крутые меры, испытав, вероятно, бесполезность всех других. Он запретил или низложил попов, посвященных Исаиею и, должно быть, упорствовавших в непокорности новому митрополиту, а самого Исаию велел взять из Михайловской обители, где прежде находилась митрополитская кафедра, и перевезть в лавру, чтобы Исаия не возмущал его своими претензиями и жалобами в судах духовных и светских и не имел к тому средств. Усердные исполнители воли Могилы, может быть, без его ведома будто бы прибыли к Исаии ночью, схватили дряхлого и больного старика в одной власянице и, перебросивши его через коня, как мешок какой-либо, в таком положении отправили его в лавру. Исаия, впрочем, скоро освободился или был освобожден из лавры, дав, вероятно, обещание Могиле жить спокойно, не действовать против него, и в 1634–1635 г. несомненно управлял Михайловским монастырем, но, как увидим, вражда и борьба между обоими митрополитами продолжалась и впоследствии. Другое сопротивление встретил Петр Могила в Киево-Николаевском монастыре, на который получил привилегию от короля. Там думали, что Могила получил ее противозаконно, желая только завладеть деньгами, которые скопил в продолжение двадцати лет игумен Серапион Бильский, и не хотели покориться. Понадобилось обратиться к силе. Могила привел к монастырю несколько сот человек с пушками, овладел им и, не нашедши игумена, успевшего бежать, приказал сечь одного за другим иноков, пока они не открыли, где спрятаны были монастырские деньги, более же упорных чернецов совсем выгнал из монастыря с бесчестием, вследствие чего некоторые из них будто бы перешли в унию, а другие предались бродяжничеству. Не обошлась без сопротивления и прискорбных столкновений и передача Киево- Софийского собора Петру Могиле. Наместник униатского митрополита Станислав Корсак, узнав, что хотят отобрать у него этот собор, скрылся. В его отсутствие, как сам он потом рассказывал в своей жалобе, поданной в киевский городской суд, назначенные Петром Могилою принципалы печерской и кафедральной русской капитул отцы Анатолий Мужиловский, Сильвестр Коссов, Софроний Почапский и другие со множеством киевских мещан, бояр, слуг, казаков, всего до пяти – или шестисот человек, прибыли 12 (по старому календарю 2) июля к Софийскому собору и к дому Корсака, где находились тогда несколько родственников его и духовных лиц латинской веры, и начали требовать ключи от собора. И так как жена Корсака не согласилась выдать ключей, то отбили все замки у собора и забрали из него все книги и всю церковную утварь. На другой день снова явились к дому Корсакову, выгнали из него всех жильцов, забрали его в свою власть, равно и всех жителей окрестной слободы, принадлежавшей Софийскому собору. Наконец, 17, т. е. 7, июля прибыл и сам Петр Могила с подчиненными ему принципалами и принял в свое ведение как Софийский собор и принадлежавших ему слобожан окрестного местечка, так и три приписные к собору церкви этого местечка: деревянную святого Николая, называвшуюся десятинною, другую – деревянную святого Симеона, находившуюся подле ворот местечка, и третью – каменную святого Василия, называвшуюся нагорною.
Кроме диплома король Владислав пожаловал православным во время своей коронации и вскоре за тем многие другие грамоты, более частного характера, которыми передавал им некоторые церкви от униатов, утверждал и охранял существовавшие православные братства и монастыри, восстановлял прежние, разрешал учреждение новых. Для передачи церквей православным король назначал особых комиссаров, но униаты везде оказали им сопротивление. В Вильне приказано было (грамотою от 16 марта) возвратить православным две церкви: святого Иоанна Предтечи и Пятницкую или, вернее, пляцы этих церквей с принадлежностями, так как самые церкви уже не существовали. Но когда королевский комиссар виленский же городничий Константин – Евстафий Залесский, пригласив с собою нескольких духовных особ от Свято- Духовского братства, явился (11 июля) на означенные пляцы, то на одном из них встретил отца Николая Рубицкого, пресвитера Пречистенского собора, а на другом – отца Сильвестра Котлубая, которые от своего имени и от имени митрополита Рутского протестовали на словах и подали комиссару свою протестацию на бумаге. Залесский не решился делать насилия, а донес о всем королю и предоставил обеим сторонам ведаться пред самим королем. То же повторилось и в Минске. Когда назначенный комиссар Христофор Володкович, земский писарь Минского воеводства, вместе с игуменом минского православного Петропавловского монастыря Феофилактом и другими православными монахами и дворянами пришел (2 июня) к Свято-Троицкой церкви, которую велено было возвратить православным, то увидел вокруг нее множество униатов, и в числе их игумена минских униатских монастырей и наместника митрополичьего Иосафата Бокиа. Выслушав грамоту короля, они не хотели ей покориться и подали комиссару свою протестацию, в которой заявляли: в дипломе, который дал король православным во время своей коронации от лица всей Речи Посполитой, он обязался приступить к исполнению «Статей», утвержденных им при его избрании, не прежде первого имеющего быть сейма; следовательно, тогда может последовать и передача православным назначенных им церквей, а отнюдь не теперь. Комиссар принял протестацию и донес о всем королю. Удачнее, по-видимому, обошлось дело в Пинске. Здесь 14 мая воспротивились передаче православным церкви святого Феодора Тирона униатские священники и вся капитула в присутствии возного и шляхты и говорили королевскому комиссару Феодору Корсаку, что об этой передаче вовсе не упомянуто в дипломе, который дан православным королем и всею Речью Посполитою на коронационном сейме. Комиссар принял протест и удалился, а между тем, когда с 15 на 16 мая священник Федоровской церкви пришел в третьем часу ночи к заутрене, то увидел, что церковные ворота и самая церковь отперты, что в церкви находилось множество православных и совершалось православное богослужение. Тогда Пинский епископ Рафаил Корсак занес об этом протестацию в пинские городские книги. Еще удачнее, казалось, совершилась передача церкви Богоявления в Бельске мещанам, составлявшим при ней некогда, до появления унии, православное братство. Комиссар Семен Гулевич-Воютинский, земский писарь луцкий, в сопровождении возного и многих дворян воеводства Подляшского, пришедши к этой церкви (3 августа), беспрепятственно отомкнул ее и передал православным мещанам со всею утварью, также с школою, госпиталем, поповским домом и церковными грунтами, и православные спокойно начали отправлять в ней свое богослужение. Но как только узнал об этом Владимирский униатский епископ Иосиф Баковецкий, он прислал в Бельск своего наместника Симоновича, который, собравши толпы латинян и униатов, вооруженных разным оружием, напал на Богоявленскую церковь (8 сентября) и отнял ее у православных со всеми ее принадлежностями. Такое же сопротивление оказали униаты в Гродне, Слониме, Новогрудке, Клещелях и других местах. Были, однако ж, города, в которых униаты не могли воспрепятствовать исполнению королевской воли: например, в Могилеве все церкви по грамоте Владислава от 2 июня были распечатаны и отданы православным. Вообще униаты, несмотря на то что новый король во время своей коронации роздал множество грамот и их духовным – митрополиту, епископам, монастырям, мужским и женским, были очень недовольны его благосклонностию к православным; думали, что распоряжения его о передаче им некоторых церквей незаконны, по крайней мере преждевременны, и надеялись, что следующий сейм, может быть, еще не утвердит «Статей» примирения, данных Владиславом при его избрании, или изменит их, в чем отчасти, как увидим, и не ошиблись.
Из православных братств весьма милостивую грамоту пожаловал король (18 марта)